Около этого времени начались опалы и на членов самой царской семьи. Летом 1563 года двоюродный брат Ивана удельный князь Старицкий Владимир Андреевич, вместе с матерью своей Евфросинией, был обвинен в каких-то замыслах по доносу собственного своего дьяка Савлука Иванова, которого он за что-то держал в тюрьме. По ходатайству митрополита Макария и епископов царь простил Владимира и Евфросинию; но ради предосторожности взял у него бояр, дьяков и детей боярских к себе, а к нему назначил из собственных бояр, дьяков и стольников. Княгиня же Евфросиния принуждена была постричься в монахини с именем Евдокия и отправилась в Воскресенский монастырь на Белоозере, где, по воле государя, она в изобилии снабжена была всякими припасами, утварью и прислугой; для ее «береженья», а вместе, конечно, и для надзора за нею были приставлены к ней два государственных чиновника с подьячим. Не ограничиваясь этими мерами предосторожности, Иоанн вскоре взял у Владимира Андреевича некоторые его волости, а ему взамен дал другие. В ноябре следующего, 1564 года скончался родной брат Ивана IV, слабоумный и бездетный Юрий. Спустя несколько меяцев его супруга Юлиания постриглась в московском Новодевичьем монастыре, с именем Александра. Царь назначил ей на ее пожизненное содержание несколько городов с волостями и селами, дал ей приказных и дворовых людей и вообще обставил ее монастырскую жизнь всяким довольством.

Около того же времени скончался престарелый митрополит Макарий (31 декабря 1564 г.), более двадцати лет с честью занимавший первосвятительскую кафедру, муж ученый, оставивший после себя большие книжные труды. Он с прискорбием смотрел на перемену в поведении Иоанна, и если не имел охоты или мужества усовещевать тирана, зато часто докучал ему своими печалованиями об опальных. Перед кончиной он, по обычаю той эпохи, написал прощальное послание, которое и было прочитано на его погребении; в этом послании он исповедовал свою веру, давал благословение царю, царице, царевичам, епископам, боярам и всему православному народу и разрешал всех тех, которые перед ним чем-нибудь провинились. Когда в феврале собрался в Москве собор русских епископов для выбора нового митрополита, царь предварительно поставил собору вопрос о белом клобуке. Почему покойный митрополит носил черный клобук, спрашивал он, тогда как прежние первопрестольники Петр и Алексей, а также Леонтий, Игнатий, Исаия Ростовские изображаются в белых клобуках, новгородские архиепископы тоже носят белый клобук? Собором решено было, чтобы впредь митрополит носил белый клобук и печатал свои грамоты красным воском; на одной стороне печати быть изображению Богородицы с Младенцем, а на другой именной митрополичьей подписи. После чего собор, по воле государя, избрал на митрополичий престол чудовского старца Афанасия, прежде бывшего благовещенского протопопа и государева духовника Андрея. 5 марта на торжественном его поставлении в Успенском храме, когда он облачился и приведен был к горнему святительскому месту, царь подошел к нему, сказал приветственное слово и вручил новопоставленному святительский посох. Царевичи и епископы провозгласили ему многая лета. Потом митрополит благословил государя и держал к нему ответную речь: почти буквальное повторение той сцены, которую мы видели около 70 лет назад, при поставлении митрополита Симона; очевидно, теперь это был уже священный обычай.

Измена Курбского, последовавшие за ней наступательные действия литовцев и нападение крымского хана во время мирных переговоров — все это произвело чрезвычайное впечатление на подозрительного тирана; ему стали повсюду мерещиться бояре-изменники; он жаждал их казней, но как бы боялся каких-то помех, укоров и заступничества. Наконец, с помощью Басманова и других любимцев, он придумал нечто странное и нелепое: он придумал опричнину.

Москвичи уже привыкли к частым поездкам Иоанна то на богомолье по монастырям, то на «свои потехи», то есть на охоту. Но его выезд 3 декабря 1565 года не был похож на прежние выезды; народ с недоумением смотрел, как снаряжен был огромный обоз из саней, которые нагрузили всем царским добром, дорогими иконами и крестами, золотой и серебряной посудой, платьем, денежной казной. С царем отправилась теперь большая толпа бояр, дворян и приказных людей; многим из них он велел взять с собой жен и детей; поезд сопровождал значительный конный отряд боярских детей, не только московских, но и вызванных из дальних городов. Отслушав обедню в Успенском соборе, приняв благословение от митрополита и простясь с народом, Иоанн сел в сани с царицей и царевичами и отправился в ближнее село Коломенское, где праздновал Николин день; но сделалась оттепель с дождями и распутица, которая задержала его здесь на две недели. Когда реки снова стали, он поехал в село Тайнинское; оттуда в Троице-Сергиев монастырь, а из Троицы в Александровскую слободу. Митрополит, пребывавшие тогда в Москве некоторые епископы, бояре и все московские граждане оставались в тяжелой неизвестности о том, что означал такой торжественный и вместе таинственный царский выезд. Неизвестность продолжалась ровно месяц. 3 января явился в Москву дьяк Константин Поливанов с товарищами и вручил митрополиту царскую грамоту, обращенную к духовенству и боярам. В этой грамоте написаны были «измены боярские и воеводские и всяких приказных людей». Тиран повторял обычные свои жалобы на то, что во время его малолетства бояре и приказные люди поступали своевольно, расхищали поместья, вотчины и кормления, о государе же и государстве не радели; от крымцев, литвы и немцев христианство не обороняли. А затем, когда он хочет своих бояр и служилых людей наказать, епископы, игумены заодно с боярами и дьяками стараются их покрывать. Посему, «не хотя их многих изменных дел терпети», царь и великий князь положил на них свою опалу, оставил свое государство и поехал жить там, где Бог укажет. Но кроме этой грамоты Поливанов привез другую, обращенную к московским гостям, купцам и простым людям. Ее прочли всенародно; в ней хитрый тиран писал, что его опала и гнев их не касаются.

Расчет на сильное впечатление и разъединение сословий оказался верен. Опасаясь коварства и какой-либо западни, бояре вместе с народом завопили, что без государя им быть нельзя, как овцам без пастыря, и начали просить митрополита, чтобы он, епископы и весь освященный собор вместе с ними ехали к государю бить челом и молить его о прощении и возвращении. «А изменников и государевых лиходеев государь волен казнить, и никто за них стоять не будет», — прибавляли они. Немедленно отправились в путь многочисленные челобитчики. Митрополит Афанасий остался оберегать столицу от беспорядков, так как все дела остановились и приказы сделались пусты. Вместо себя он послал новгородского архиепископа