Протестующие партии выступили в виде тайных общин, противопоставили блеску и светскому великолепию господствующей церкви, бесстыдному своекорыстию и нравственному одичанию ее служителей апостольскую бедность и простоту образа жизни, потребовали вместо нормального богослужения и жертвоприношения наставлений из священных книг, которые были совершенно недоступны мирянам, и употребления родного языка при исполнении церковной службы; отвергли таинства и на место чувственно воспринимаемого крещения водой поставили духовное освящение посредством рукоположения; исторического Христа заменили идеальным сыном Божиим, плодом своего воображения, и истолковали всю историческую жизнь Иисуса как ряд аллегорий. Лежащая в первобытном христианстве идея коммунизма неоднократно стремилась к осуществлению и в этих сектах.

Восточная секта павликиан, которая уже в VII в. противопоставила застывшей греческой церкви нечто вроде реформаторского направления, составила из дуалистического принципа манихеев и других старинных фантазий причудливую религиозную систему.

Родственны с ними были богомилы (друзья Бога) среди славянских народностей нижнего Дуная. По их тайному учению, сотворение мира было делом Сатанаила. Этот носитель злого начала влек мир и человечество на край гибели, но Бог прислал своего второго сына Христа, который сломил могущество враждебного ему брата. Однако лишь те верующие получили искупление, которые при помощи особого посвящения приняты в круг святых.

Над прозелитом, который должен был с успехом вынести довольно продолжительное и суровое время искуса, посвящение производилось посредством призывания Св. Духа и рукоположения и считалось у богомилов самым священным символическим действием. Напротив того, Св. Таинства, поклонение святым, почитание мощей, вообще все церковное служение они презирали и называли делом демонов. Однако, чтобы избежать нареканий, их сторонники имели разрешение внешним образом принимать во всем этом участие. Благодаря этому, тайной секте, действительно, удалось просуществовать долго без стеснения, пока и на нее судьба не обрушилась в виде кровавых преследований. Тем не менее маленькие общины богомилов и павликиан сохранялись в долинах Гема в виде тайных сообществ в течение всех средних веков.

Гораздо более глубокое влияние оказали на западную культурную и религиозную жизнь вальденсы и катары (чистые).

Происхождение широко распространенной в северной Италии и южной Франции секты катаров покрыто неизвестностью. Однако как имя, так и основные черты их учения указывают на восточный, главным образом на манихейский, круг представлений.

Подобно богомилам, катары отвергали всякое внешнее проявление религиозной жизни в определенных формах и заменяли чувственно воспринимаемое крещение духовным освящением через рукоположение, которое они называли consolamentuvi (утешение) и которое совершалось после трехдневного покаяния и поста.

Consolamentum обязывало к самому строгому воздержанию от наслаждений, даже к отказу от животной пищи и от супружеского общения. Поэтому духовному крещению подвергался лишь избранный класс «совершенных». Большинство катаров оставалось в низшем звании «верующих» и лишь при приближении смерти получало необходимое лекарство «утешения». Кроме верующих, в секте существовали еще «аудиторы» или «катехумены».

Из ограниченного числа «совершенных», истинных носителей и исполнителей катарских учений и обычаев избирались начальствующие лица; с течением времени потребность в порядке и дисциплине выработала среди них соответствующую иерархию — епископов, викариев, диаконов. Католическую иерархию они отрицали, однако, самым решительным образом. В их молитвенных домах, лишенных всяких украшений, совершалось нечто вроде трапезы, причем «совершенные» ломали и благословляли хлеб Катары, считали лишь Новый Завет священной книгой. Принимая запреты горной проповеди в буквальном смысле, они проклинали войну, смертную казнь и клятву. Чудеса и всю историческую жизнь Иисуса они истолковывали аллегорически.

В противоположность им еврейско — христианская секта пассаджеров, распространившаяся в последние десятилетия XII в. в северной Италии, соединяла с христианскими учениями буквальное соблюдение законов Моисея, за исключением жертвоприношений. Во всем остальном они чрезвычайно сходились с другими еретическими сектами того времени в полемике против католической церкви.

Во время долголетней борьбы Гогенштауфенов с папством, вследствие которой преследования еретиков в значительной части прекратились, эта мистическая секта, члены которой узнавали друг друга по тайным знакам, широко распространилась. Таинственность, присущая им и их учению, святая жизнь «совершенных», добродетельный образ жизни и нравственная серьезность, отличавшие всех катаров, наконец, мужественная стойкость некоторых мучеников из их среды беспрестанно увеличивали число их членов.

Сходным по стремлениям и целям с катарами, но свободным от их мистических и аскетических увлечений было веровавшее в Библию общество вальдеисов.

Своим происхождением и именем они обязаны одному богатому лионскому купцу, Пьеру Вальдо, который — глубокая и искренняя натура — пришел, благодаря одному потрясающему событию, к убеждению в ничтожестве всего земного и, раздав свои обширные богатства бедным, выступил в 1170 г. в округе Роны в роли проповедника покаяния и наставника вероучения.

Его речи притягивали многочисленных слушателей и завоевали ему много сердец. Напрасно архиепископ Лионский запрещал ему и его приверженцам проповедовать. Босые и облаченные в шерстяные покаянные одежды, они по двое бродили по стране, имея — подобно Спасителю и его апостолам — все общее.

Но тут в 1184 г. папа Люций III произнес над ними церковное отлучение. Но, не тревожась угрозами и опасностями, вальденсы посвящали себя добровольно принятому на себя делу наставления и проповеди, основывали общины в южной Франции и в северной Германии, в горных долинах Коттских Альп, распространяли свои взгляды от Меца по всей Лотарингии и до Рейна, переходили через Пиренеи в Испанию.

В тайных собраниях они читали и толковали Библию, противопоставляя таинственным средствам спасения, которые предлагала церковь, веру и внутреннее христианское покаяние.

В начале XIII в. катары и вальденсы приобрели в южной Франции решительное преобладание над церковью. Видя это, церковь призвала всю Францию к крестовому походу против еретических соперников. После двадцатилетней ожесточенной борьбы победившая церковная иерархия прошла в кровавом триумфальном шествии по развалинам народного счастья и благополучия. По окончании войны инквизиция, это ужасное судилище, позорящее всякое правовое чувство и все начала человечности, завершила насильственное обращение несчастной страны.

Альбигойскаие войны (1215–1235) поразили общины вальденсов в самое сердце. Однако многие из их сочленов избегли общей погибели и спасли свою веру и свои церковные формы для позднейших времен. «Как лучи света среди тьмы они жили, нередко скрытые среди католического мира, узнавали друг друга по тайным знакам, распространяя вместе с Библией евангельские добродетели, и готовые с энергией истинных христиан принять, на основании Святого Писания, участие во всяком культурном начинании».