В приписке к письму сэр Кристофер заметил: «Я должен вам сообщить, что весь Совет просил меня рекомендовать вторично допустить сэра Генри Моргана в Совет, что я охотно делаю».

Перед Рождеством герцог принял сэра Генри в своем доме в Порт-Ройяле.

«Морган поднимал бокал за бокалом за здоровье своего товарища по лондонским похождениям, — описывает эту встречу Жорж Блон. — Нет нужды говорить, сколь он был рад вновь свидеться с другом-аристократом. Адмирал вспоминал три года, проведенные в столице в шумных пирах, называл имена собутыльников и сотрапезников, имена женщин и — внезапно заходился в долгом приступе кашля. Герцог молча ждал окончания приступа, пытаясь скрыть тревогу и изумление при виде того, в какую развалину превратился гуляка-адмирал».

11 (21) февраля 1688 года в письме министрам торговли и плантаций герцог Альбемарль снова поднял вопрос о возвращении сэра Генри в Совет Ямайки: «Я думаю, что для королевской службы действительно необходимо постоянно иметь значительное количество членов Совета, проживающих на острове. Сэр Чарлз Модифорд умер, полковник Коуп безнадежно болен, а болезни и иные несчастные случаи отвращают некоторых от участия в заседаниях настолько, что однажды мы не смогли набрать достаточно людей для кворума и Совет пришлось отложить. Несколько раз с трудом набиралось до пяти человек, и то после долгого ожидания. Я надеюсь, что вы одобрили кандидатуру сэра Генри Моргана и представили его королю как подходящего человека для здешнего Совета, ибо Совет рекомендовал его мне, как я вам уже рассказывал».

Весной король Яков повелел, чтобы отставка сэра Генри Моргана была отменена. Авизо с этой новостью прибыло на Ямайку в июле.

В письме министрам торговли и плантаций, датированном 8 (18) августа, герцог Альбемарль сообщил, что, выполняя волю короля, вернул сэра Генри Моргана в состав Совета Ямайки. «Но я боюсь, — добавил герцог с ноткой грусти, — что он не будет жить долго, поскольку чрезвычайно плох. Полковник Джон Коуп, другой член Совета, умер несколькими днями ранее».

Действительно, бренные дни сэра Генри были уже сочтены. Знаменитый врач и коллекционер, основатель Британского музея Ганс Слоан, прибывший на Ямайку вместе с сэром Кристофером, был приглашен доктором Роузом осмотреть больного. Моргана он нашел «худым, с землистым цветом кожи, глаза желтоватые, живот выпуклый, или вздутый». Пациент жаловался на отсутствие аппетита, слабость, тошноту и понос. Слоан решил, что виной тому — «пьянство и ночная жизнь», и прописал Моргану целый букет мочегонных и слабительных средств. Сэру Генри стало легче, однако он не захотел менять своих привычек и продолжал вести разгульный образ жизни. В результате его самочувствие вновь резко ухудшилось. Слоан и Роуз прописали больному новые снадобья, которые дали временный положительный эффект, но после очередной пьянки Морган опять почувствовал себя плохо. Не доверяя больше дипломированным специалистам, он обратился за помощью к колдуну-африканцу. Последний, как писал Слоан, «поставил ему клистир с мочой и облепил его с ног до головы глиной с водой, чем усилил кашель. Тогда он отказался от черного доктора и послал за другим, который посулил ему исцеление, но больной продолжал слабеть, кашель усиливался, и вскоре он умер».

Сэр Генри Морган скончался в Лоренсфилде 25 августа (4 сентября) 1688 года. Тело умершего доставили в Порт-Ройял, в церковь Крайст-Чёрч, где отпевание провел доктор Джон Лонгворт. Краткое сообщение о похоронах сэра Генри нашло отражение в шканечном журнале капитана фрегата «Эсистенс» Лоренса Райта:

«Август 1688 года.

Суббота 25-го. В этот день около одиннадцати часов утра сэр Генри Морган умер, а 26-го был перевезен из Пэссидж-Форта в Королевский дом Порт-Ройяла, оттуда — в церковь, а после заупокойной службы отвезен на [кладбище] Палисадос и там похоронен. Все форты произвели равное число пушечных залпов, мы сделали двадцать два пушечных выстрела, а после нас и “Дрейка”, который тоже стрелял, выстрелили и все торговые суда».

Таким образом, бывшему «королю» флибустьеров Ямайки были оказаны адмиральские почести.

Сохранилось завещание сэра Генри Моргана, датированное 17 (27) июня 1688 года, в котором говорилось: «Во-первых, я желаю передать и завещаю мою душу Всемогущему Господу, чтобы вручить оную, твердо веруя и надеясь на прошение и сострадание ко всем моим грехам посредством воздаяния и ходатайства моего благословенного Владыки и Спасителя Иисуса Христа. Тело мое я завещаю предать земле, чтобы быть ему благопристойно погребенным на усмотрение душеприказчика и поверенного, твердо веруя в радостное воскресение. Что касается распоряжения тем мирским состоянием, каковое по милости Господа было жаловано мне, я желаю передать и завещать его по наследству так, как указано далее. Итак, я желаю передать и завещаю моей дражайшей и возлюбленнейшей жене госпоже Марии Елизавете Морган все мое действительное имущество, земли, дома и наследства со всеми принадлежностями, к ним относящимися… на период и в течение срока ее земной жизни со всеми доходами, вытекающими из оного, ради и в отношении оплаты моих долгов без какой-либо иной выгоды для каких-либо иных лица или лиц».

Кроме того, в завещании указывалось, что после смерти Марии Елизаветы Морган имение Пенкарн в приходе Сент-Джордж должно перейти к Моргану Биндлоссу, несовершеннолетнему сыну Роберта Биндлосса, когда он достигнет совершеннолетия; поместье Артуре-Лэнд в приходе Сент-Мэри было завещано Ричарду Эллетсону, сыну и наследнику Роджера Эллетсона, а имение Дэнкс в Кларендоне следовало продать для уплаты долгов. Земли, принадлежавшие леди Морган, должны были после ее смерти последовательно передаваться Чарлзу Биндлоссу, Пёлышцу Биндлоссу, Генри Арчболду, Анне Марии Биндлосс и Кэтрин Марии Биндлосс — ее племянникам и племянницам, а также их наследникам мужского пола при условии, что его друг полковник Томас Баллард получит «зеленое седло со всеми принадлежностями», а Роджер Эллетсон — «одну из лошадей, мое голубое седло и снаряжение вместе с пистолетной кобурой, украшенной серебром»; двое его крестников, Генри Арчболд и Ричард Эллетсон, как и племянник его жены Томас Биндлосс, должны были получить по сабле с серебряными эфесами и по траурному кольцу. Приходу Сент-Мэри Морган завещал 100 фунтов стерлингов. Еще 60 фунтов стерлингов ежегодно полагалось выплачивать родной сестре сэра Генри — Кэтрин Ллойд, которой эти деньги должен был передавать «кузен Томас Морган из Тредегара». Десять негров, двух мулов или двух лошадей следовало подарить Моргану Биндлоссу после достижения им двадцати одного года.

Кроме того, сэр Генри завещал передать по 20 фунтов стерлингов двум дочерям Роберта Кука из Спаниш-Тауна, по 50 фунтов стерлингов — сервентам Юан Дэвис и Джоан Поттер, десять фунтов стерлингов — Рису Моргану и пять фунтов стерлингов — сервенту Роджеру Шуринни. Траурные кольца были подарены герцогу и герцогине Альбемарль, сэру Фрэнсису Уотсону и его жене, полковнику Томасу Балларду и его жене, сэру Ричарду Дерему, подполковнику Джону Парнаби и его жене Энн, майору Томасу Балларду, майору Джону Пику, капитану Джону Фиппсу и его жене Ребекке, майору Уильяму Арчболду и его жене Мэри, а также некоторым иным друзьям и родственникам. Наконец, своему приятелю доктору Джону Лонгворту сэр Генри завешал десять фунтов стерлингов и траурное кольцо, а священнику Филиппу Беннету — пять фунтов стерлингов и траурное кольцо.