На первых порах Эйзенхауэр вполне доверял Страуссу. Вскоре, однако, выяснилось, что адмирал занимается преимущественно не продвижением программы «Атом для мира», а раздуванием склоки с Оппенгеймером, что, в свою очередь, вызвало его конфликт фактически со всем научным сообществом. Взаимные обвинения вовлекли Дуайта в свой водоворот. Ограниченный жесткими рамками, в которых приходилось действовать, он был вынужден — возможно, вопреки своему желанию — стать на защиту национальной безопасности, оказавшейся, по уверениям Страусса и некоторых других советников, под серьезной угрозой.

Оппенгеймер действительно ошибся в оценке советских возможностей создания термоядерного оружия. В упомянутой статье он утверждал, что СССР отстает от США в этой области не менее чем на четыре года, и на этом основании призывал не форсировать американские работы, полагая, что они могут привести к непредвиденным катастрофическим результатам.

Еще 1 ноября 1952 года на острове Элугелаб (Маршалловы острова) с соблюдением мер строжайшей секретности состоялось первое испытание американского термоядерного устройства мощностью около десяти мегатонн, представлявшего собой пятидесятитонный куб размером с двухэтажный дом, наполненный жидким водородом. Подрыв атомного заряда создал температуру в миллионы градусов, необходимую для начала реакции термоядерного синтеза. В результате взрыва на месте острова образовалась огромная впадина. Теперь предстояло думать, как можно было создать портативную бомбу.

Но не прошло и месяца после выхода статьи Оппенгеймера, как в СССР был произведен взрыв водородной бомбы: советским ученым удалось создать такое устройство, о котором пока только мечтали американцы. Лишь 21 мая 1956 года США провели испытание «Чероки» — первый сброс термоядерной бомбы с самолета.

Ошибка Оппенгеймера была отличным предлогом для начала атаки Страусса. В сентябре 1953 года по его ходатайству директор ФБР Эдгар Гувер распорядился об установлении наблюдения за ученым, включая перлюстрацию его корреспонденции, прослушивание телефонных разговоров, контроль за передвижениями и контактами. В результате в ФБР стало накапливаться огромное досье Оппенгеймера, насчитывающее многие тысячи документов.

Неизвестно, с прямой подачи Страусса (скорее всего) или другими путями в ноябре 1953 года директору ФБР Гуверу, а затем министру обороны Уилсону поступит секретный доклад бывшего исполнительного директора комиссии Конгресса по атомной энергии Уильяма Бордена, в котором утверждалось: «…имеется высокая степень вероятности, что Роберт Оппенгеймер является коммунистическим шпионом». Этот вывод основывался на результатах прослушивания ФБР домашних и служебных разговоров, доносах и прочих материалах, которые ни один суд не принял бы к рассмотрению в связи с их ненадежностью.

Тем не менее и Гувер, и Уилсон немедленно доложили о документе президенту. Эйзенхауэр оказался в сложном положении. В прошлом он доверял Оппенгеймеру, но представленные «факты» показались ему достоверными, хотя большинство их можно было отнести лишь к догадкам или «логическим следствиям».

Эйзенхауэр чувствовал себя глубоко уязвленным, однако, чтобы сохранить хорошую мину, попытался на проведенном 3 декабря совещании высших должностных лиц перевести стрелки на Страусса, потребовав у того объяснений, как можно было допустить подозреваемого в коммунистических взглядах ученого к Манхэттенскому проекту. Адмирал ответил, что без Оппенгеймера атомный проект вообще не смог бы состояться. Президент пришел к выводу, что, хотя в письме Бордена не содержится убедительных фактов виновности Оппенгеймера, тот может представлять угрозу национальной безопасности, то есть повторил термин, изобретенный Страуссом. Президент распорядился «воздвигнуть глухую стену» вокруг Оппенгеймера, не допускать его к секретной информации, пока не будет завершено расследование.

Для проведения расследования президент назначил комиссию, которая пользовалась материалами ФБР. Гора родила мышь. Помимо перечисления «грехов» Оппенгеймера: что в прошлом он придерживался левых взглядов, а ныне критикует американскую закрытость в области новейших достижений ядерной физики и позволяет себе высмеивать некоторых государственных деятелей (в первую очередь имелся в виду Страусе), не способствует прогрессу в создании водородной бомбы, а предпочитает работать над атомными бомбами «тактического характера», ученого «уличили» лишь в одном факте обмана: он сообщил начальству, что едет в Вашингтон по вызову президента, тогда как на самом деле отправился на встречу с журналистами. Некоторые коллеги (например, известный физик Уиллард Либби, работавший над проблемой разделения изотопов для атомной бомбы и получивший в 1960 году Нобелевскую премию) высказывали мнение, что Оппенгеймера не следует привлекать к работе Комиссии по атомной энергии, но отнюдь не потому, что он представляет «риск с точки зрения безопасности», а в связи с тем, что сам он «не проявляет энтузиазма» по отношению к работе этой комиссии.

В то же время расследование ФБР позволило установить ряд фактов деятельности советской агентуры в американских атомных проектах и подтвердило виновность супругов Этель и Джулиуса Розенберг в передаче СССР ценной информации, позволившей ускорить создание советского атомного оружия.

Из соображений безопасности, опасаясь за собственную репутацию и под давлением правой фракции республиканцев Эйзенхауэр полностью отстранился от дела Оппенгеймера, по существу отказав в поддержке ученому, с которым ранее тесно сотрудничал. Президент дал согласие на расследование этого дела Управлением безопасности Комиссии по атомной энергии, которое продолжалось в апреле — мае 1954 года. В ходе расследования Страусе опирался на данные ФБР, полученные в том числе путем прослушивания бесед Оппенгеймера со своими адвокатами. В результате было подтверждено отстранение ученого от исследовательских работ в области ядерного оружия, что повлекло за собой отказ в доверии многим лицам, с которыми он общался.

Преследование знаменитого физика привело к тому, что значительная часть научной общественности отвернулась от Эйзенхауэра. Исключение составлял фактический соперник Оппенгеймера Эдвард Теллер, который теперь возглавил работы в области водородного оружия. Во время слушаний по делу Оппенгеймера Теллер выступил с грубыми обвинениями в его адрес, за что подвергся остракизму со стороны коллег.

В научно-популярных журналах Эйзенхауэра именовали солдафоном, который топчет сапогами творческую мысль, а Страусса откровенно называли «охотником за ведьмами». Он заработал такую репутацию, что в конце концов Эйзенхауэр, вопреки своему желанию, был вынужден снять его с должности председателя атомной комиссии, предложив в качестве компенсации пост министра торговли. В этом качестве Страусе прослужил около десяти месяцев, однако так и не был утвержден — это был единственный случай, когда сенат забаллотировал предложенную Эйзенхауэром кандидатуру на министерский пост. Наблюдатели признавали, что основной причиной неудачи адмирала была его позиция в деле Оппенгеймера.

Взбешенный Эйзенхауэр назвал 19 июня 1959 года, когда было принято сенатское решение, «позорным днем в истории сената». Его эмоции вряд ли были оправданны. Это событие скорее продемонстрировало устойчивость американской демократической системы, способной выдержать разного рода сотрясения.