Пограничные посты подвергались нападениям. Рано утром 13 июля около четырехсот моджахедов и солдат 55-й пехотной дивизии афганской армии устроили массированную атаку на 12-ю заставу, где служили 48 пограничников. Гарнизон предупредила о нападении сторожевая собака. Под огнем с окружающих холмов и с афганской стороны они бросились занимать позиции. Первыми погибли члены экипажа единственной на заставе БТП: они даже не успели забраться в машину. Когда был убит и 25-летний командир заставы, его заместитель решил, что выжившим следует прорываться в безопасное место. На выручку осажденному гарнизону послали небольшую группу солдат 201-й дивизии и таджикской армии, а также пару вертолетов. На единственной дороге, ведущей к заставе, они столкнулись с минами и засадами. Таджикские солдаты повернули назад. Добравшись до заставы, российская группа поддержки обнаружила 25 погибших и изувеченных бойцов. Шесть участников обороны (четверо — посмертно) получили звание Героя России. В 80-х годах Героями Советского Союза стали 86 участников войны.

Солдаты, перешедшие Мост дружбы ц февраля 1989 года, вернулись в свою страну, которой оставалось жить всего два года, страну в своем роде не менее расколотую, чем только что покинутый ими Афганистан. В результате радикальной избирательной реформы высшие офицеры потеряли места в парламенте, которые считали своими по праву. Недовольство в национальных республиках СССР звучало все громче. Экономика быстро приходила в упадок. Пресса, всегда относившаяся к военным с уважением, получила свободу беспощадно их критиковать. Поводов для негодования было немало, но особенно возмущало солдат стихотворение Евгения Евтушенко, описывающее мысли афганского муравья, ползущего по носу погибшего советского солдата.

Удары, нанесенные после этого по советской армии, почти разрушили ее.

Как считали командиры 40-й армии, она покинула Афганистан, сохранив свою репутацию и честь. Она решила те ограниченные задачи, что ставили перед ней политики: удержать города, обеспечить доступность коммуникаций, удерживать мятежников на расстоянии, чтобы у правительства в Кабуле была возможность укрепить свои позиции и сохранить власть хотя бы на время. Солдаты выполнили свой долг и не понесли поражения в бою. Война была мучительной, но, по крайней мере, с точки зрения армии, не унизительной. Теперь же в считанные месяцы 40-я армия, одна из самых боеспособных в советской истории, была распущена, ее генералов, командиров дивизий и их заместителей перевели на другие посты или отправили преподавателями в военные академии, а полковых командиров направили в части, разбросанные по всему СССР.

Когда менее чем два года спустя Советский Союз начал распадаться, многие из этих офицеров оказались служащими армий независимых государств. Они приносили присягу Советскому Союзу, и некоторые из них отказались присягать новой стране, оставив военную карьеру.

Многие из офицеров обратились к традициям. Они испытывали стыд за Россию, за землю своих отцов, за опустевшие деревни, где стоят разрушенные церкви и брошенные кузницы, за страну, которая изменилась практически до неузнаваемости, оставленную и забытую, как один из них заметил, «мной и такими, как я». Они разделяли чувства своих прадедов, офицеров царской армии, вынужденных выбирать ту или иную сторону в гражданской войне. Теперь, когда на страну, казалось, снова надвигалась гражданская война, они снова оказались перед выбором. Встать на сторону Горбачева? Или Ельцина? Или сделать все возможное, чтобы сохранить лучшие черты советской власти?

Волей-неволей они втягивались во все более запутанную и ожесточенную внутреннюю политику. 345~й гвардейский отдельный парашютно-десантный полк вошел в Афганистан одним из первых и покинул его одним из последних. Полк перевели в Кировабад в Азербайджане, где не было ни казарм, ни автопарка, ни жилья, ни денег. В начале апреля 1989 года, всего через два месяца после ухода из Афганистана, полк срочно направили в Тбилиси для подавления антиправительственных демонстраций. Солдаты применяли газ и саперные лопатки. Погибли девятнадцать демонстрантов, большинство — женщины и девушки. Кто несет ответственность за акцию, неясно, но солдаты по большей части винили Горбачева. Москва возложила вину на грузинские власти и местных армейских командиров. Генерала Родионова, командующего Закавказским военным округом и заслуженного командира 40-й армии, сняли с должности и назначили начальником Академии Генштаба. Девять месяцев спустя, в январе 1990 года, в Баку в столкновениях с армией погибли двести демонстрантов. Среди участников событий были и офицеры, служившие в Афганистане.

В сентябре 1990 года советское правительство согласилось на объединение Германии. В глазах многих офицеров это было предательством со стороны Горбачева, Шеварднадзе и других «продажных либералов», управлявших теперь страной. К тому моменту уже начался вывод войск из Восточной Европы. Осенью 1989 года один британский генерал побывал в танковой дивизии на Украине, которую вот-вот должны были распустить. Генерал-майор, командовавший дивизией, заявил ему в присутствии своих офицеров: «Некоторые уже говорят, что всю армию выбрасывают на свалку… Я согласен с ними». В следующие несколько лет ГДР и страны Восточной Европы покинули почти пятьсот тысяч советских военных и членов их семей. Солдаты вернулись в страну, охваченную хаосом и нищетой. Многим офицерам было негде жить, и они со своими семьями занимали палатки и даже контейнеры. Офицеры советовали сыновьям выбрать другую профессию.

Партия всегда стремилась не допускать политизации армии, увольняя (или расстреливая, как при Сталине) генералов, заподозренных в «бонапартизме», и предоставляя в распоряжение армии значительную часть экономических ресурсов страны для разработки и производства оружия, сопоставимого с вооружениями другой супердержавы — США. Теперь ситуация приобретала все более зловещий характер: армия выходила из-под контроля политиков. Осенью 1990 года на Горбачева начали резко нападать — как негласно, так и на публике, — два «черных полковника» Алкснис и Петрушенко. Они обвиняли его в измене, и это сходило им с рук. Члены партии писали гневные письма, обвиняя Горбачева в предательстве Восточной Европы и уничтожении Вооруженных сил. В декабре 1990 года 53 видных военных, в том числе генерал Варенников, который после Афганистана был назначен Главнокомандующим Сухопутными силами, начальник Генштаба генерал Моисеев и Главнокомандующий ВМФ адмирал Чернавин, публично призвали ввести чрезвычайное положение и президентское правление в зонах конфликтов, если конституционные методы оказываются неэффективны. Накануне нового года двадцать высших офицеров, включая маршала Ахромеева, в частном порядке предъявили Горбачеву ультиматум.

Это была беспрецедентная ситуация: армия открыто никогда не вмешивалась в политику. В январе 1991 года она перешла от слов к действию. В ходе акции спецназа погибли тринадцать человек, выступавших за национальную независимость в Вильнюсе, столице Литовской ССР. Обстоятельства трагедии остались неясными. Неясно, было ли Горбачеву известно об этой акции заранее и одобрил ли он ее. Среди тех, кто участвовал в ее планировании и реализации, был генерал Варенников.