Исидор же в 1614 году устроил фарс с мощами князя Фёдора Ярославовича, родного брата Александра Невского. А дело обстояло так. Шведские солдаты грабили Юрьев монастырь в двадцати верстах от Новгорода. Кому-то пришла мысль вскрыть гробницы в древнем Георгиевском соборе. В большинстве могил лежали лишь рассыпавшиеся кости, но, подняв очередную надгробную плиту, шведы остолбенели: там лежал... живой человек. Через несколько секунд испуг солдат прошёл — это был мертвец. Он был одет в роскошные княжеские одежды, которые здорово истлели от времени, но сам труп не подвергся тлению. Шведы забрали все драгоценности, а тело поставили у церковной стены «яко живо». Шведский командир расценил это как курьёз и звал сослуживцев в церковь, как в кунсткамеру.

Слух об этом дошёл до новгородского митрополита Исидора, и тот обратился к шведскому главнокомандующему Якобу Делагарди с просьбой отдать нетленное тело. Дела к тому времени у шведов пошли неважно, и ссориться из-за пустяков с митрополитом Делагарди не захотел. Тело перенесли в Софийский собор в новгородском Кремле. Не мудрствуя лукаво, Исидор признал тело за нетленные мощи князя Фёдора Ярославовича, который княжил в Новгороде с 1228 по 1233 год. Мощи были торжественно захоронены в Софийском соборе.

Исидора нимало не смутило, что хорошо сохранившийся труп принадлежит мужчине лет сорока. Между тем князь Фёдор умер в возрасте 14-15 лет. Уже в советское время историки и криминалисты занялись изучением «святых мощей» и выяснили, что они принадлежат великому князю Дмитрию Юрьевичу Шемяке, умершему в 1453 году. Судебно-медицинская экспертиза выдала заключение, что князь был отравлен мышьяком, это привело к сильному обезвоживанию организма и мумификации трупа. Самое забавное, что в 1446 году Дмитрий Шемяка собором русской церкви был предан анафеме.

Надо ли говорить, что ни Исидор, ни Пафнутий не удовлетворяли царя Василия. Слабому царю нужен был сильный патриарх. На эту роль среди всех иерархов русской церкви подходил только Гермоген. Но тут хитрый царь решил сблефовать и предложил патриарший престол своему недругу — ростовскому митрополиту Филарету. Официально Филарет не был поставлен в патриархи, но о его избрании сообщили боярам, народу и даже польским послам. Как уже говорилось, царь предложил Филарету разыскать и привезти в Москву мощи царевича Дмитрия. Филарет и сам был заинтересован в экскурсии в Углич, поскольку его сторонники готовили свержение Шуйского.

Попытка переворота 25 мая сильно скомпрометировала Романовых, и ко времени приезда в Москву (3 июня) Филарет уже не считался патриархом (формально — кандидатом в патриархи), а таковым стал Гермоген.

Митрополит Гермоген мог присутствовать при венчании Василия Шуйского 1 июня и произнести речь, а мог и вообще не быть в Москве. Речь же Пафнутия или Исидора могли впоследствии приписать Гермогену.

Гермоген не захотел участвовать или, по крайней мере, проявлять активность в глупейшем фарсе с чудесами вокруг гроба царевича Дмитрия в Архангельском соборе. И лишь когда весь спектакль закончился, 3 июля Гермоген официально принял сан патриарха.

Новый патриарх мог по мелочам конфликтовать с Шуйским, но во всех важных внутриполитических вопросах он безоговорочно поддерживал царя Василия. Естественно, делалось это не из любви к Шуйскому, а потому что Гермоген считал царскую власть единственной опорой русской государственности и православной церкви.

Одной из первых совместных акций патриарха Гермогена и царя Василия стала реабилитация царя Бориса Годунова и патриарха Иова. Раз царевич Дмитрий оказался расстригой Гришкой Отрепьевым, то все его акции по свержению династии Годуновых и патриарха Иова были незаконны.

Поздней осенью 1606 года царь и патриарх устроили народу новое шоу. По их приказу при огромном стечении народа вынули тела Годуновых из ямы в ограде Варсонофиевского монастыря. Останки Годуновых были уложены в гробы. Бояре и монахини пронесли гробы через всю Москву. Ксения Борисовна (инокиня Ольга) провожала гробы своих родных и по обычаю громко рыдала о своих несчастьях: «Ах, горе мне, одинокой сироте. Злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мёртвый он терзает русское царство, суди его, боже!»

Похоронили Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре. Шуйский решил не хоронить Бориса в усыпальнице русских царей в Архангельском соборе, где уже покоились мощи царевича Дмитрия. Тогда получилось бы, что тела убитого и убийцы лежали бы рядом.

В начале 1607 года Шуйский придумал ещё одну душещипательную церемонию. 3 февраля царь вызвал к себе патриарха Гермогена и других высших духовных лиц, чтобы обсудить с ними государственные дела, а также велел привезти в Москву из Старицы бывшего патриарха Иова. Иов должен был простить всех православных христиан в их клятвопреступлениях.

В Старицу за Иовом отправился крутицкий митрополит Пафнутий с грамотой от Гермогена.

14 февраля Иова привезли в Москву в роскошной царской карете, подбитой соболями, и отвели ему покои на подворье Троицкого монастыря. 16 февраля Иов с Гермогеном и архиереями написали следующую грамоту: «Царь Иван Васильевич повелел царствовать на Российском государстве сыну своему Феодору Ивановичу; а второму сыну своему, царевичу Дмитрию Ивановичу, дал в удел город Углич, и царевича Дмитрия в Угличе не стало, принял заклание неповинное от рук изменников своих. По отшествии к богу царя Феодора Ивановича мы и всякие люди всего Московского государства целовали крест царю Борису Фёдоровичу. Во времена царства его огнедыхательный дьявол, лукавый змей, поядатель душ человеческих воздвиг на нас чернеца Гришку Отрепьева. Когда царя Бориса Фёдоровича не стало, все православные христиане целовали крест сыну его Фёдору Борисовичу; но грех ради наших расстрига прельстил всех людей божиих именем царевича Дмитрия Ивановича; православные христиане, не зная о нём подлинно, приняли этого вора на Российское государство, царицу Марью и царевича Фёдора злою смертью уморили, множество народа вошло в соборную церковь с оружием и дрекольями во время божественного пения и не дав совершиться литургии, вошли в алтарь, меня, Иова патриарха, взяли и, таская по церкви и по площади, позорили многими позорами, а в царских палатах подобие христова тела, богородицы и архангелов, что приготовлено было для плащаницы, раздробили, воткнули на копья и на рогатины и носили по городу, забыв страх божий. Потом этот враг расстрига, приехавши в Москву с люторами, жидами, ляхами и римлянами и с прочими осквернёнными языками и назвавши себя царём, владел мало не год и каких злых дьявольских бед не сделал и какого насилия не учинил — и писать неудобно. Люторами и жидами христианские церкви осквернил и, не будучи сыт таким бесовским ядом, привёз себе из Литовской земли невесту, люторской веры девку, ввёл