Именно в Польше руководство СС еще до начала похода на Советский Союз опробовало механизм массовых убийств, которые в Польше осуществляли оперативные группы полиции безопасности и СД (Enisatzgruppen der Sicherheitspolizei und des SD), подчинявшиеся Гейдриху. Эти подразделения имели задачу уничтожать всех «мировоззренческих» противников Третьего Рейха, национальную интеллигенцию, духовенство и политиков. Незадолго до нападения на Польшу было образовано шесть обозначенных римскими цифрами оперативных групп СС (по числу армий, действовавших в Польше, плюс одну группу специально для Познани, которую Гитлер хотел включить в состав Рейха, выселив местных поляков в Варшавское или Люблинское воеводства). Эти группы в Польше преследовали (и часто просто убивали) представителей польской интеллигенции — профессоров, офицеров, националистов и политических активистов, среди которых было много евреев. Из-за протестов вермахта расстрелы поляков и евреев в польскую кампанию пришлось на некоторое время прекратить. Самой страшной репутацией пользовалась опергруппа Верхней Силезии «фон Войрш», возглавляемая садистом, обергруппенфюрером СС Удо фон Войршем. К концу сентября 1939 г. командующий группы армий «Юг» Рундштедт потребовал незамедлительного прекращения преследований евреев. Гитлер, однако, встал на сторону СС и партии: он ликвидировал военную администрацию в Польше, назначив Форстера гауляйтером в Западную Пруссию, Грейзера га-уляйтером в область Варты, Вагнера гауляйтером в Си-лезию, а Ганса Франка — генерал-губернатором остальной Польши. Иными словами, у власти в оккупированной Польше оказались самые радикальные и фанатичные партийные функционеры. Получив необходимые полномочия, гауляйтеры оккупированных польских территорий предоставили полную свободу деятельности (там, где она не ущемляла их собственную власть) опергруппам СС, переименованным в различные подразделения гестапо или СД. В итоге Рундшедт подал в отставку, но и сменивший его генерал Иоханнес фон Бласковиц (слывший довольно жестким человеком) в своих рапортах описывал ненависть и отвращение, вызываемые действиями опергрупп СС. Есть сведения, что в ставке Гитлера армейские офицеры перестали подавать эсэсовцам руку. После польского похода вермахт представил Гитлеру том документов о зверствах СС, а последние в отместку представили документы о зверствах вермахта. Этот неудачный опыт Гейдрих учел при нападении на СССР; здесь опергруппы получили и собственную юрисдикцию, и обязательства вермахта помогать им, и «приказ о комиссарах», на основании которого они и действовали. Оперативные группы полиции безопасности и СД на Восточном фронте подчинялись армейскому командованию лишь в вопросах, касающихся перемещения, питания и организации быта. Во всех других отношениях вермахт мог запретить действия опергрупп только в том случае, если они мешали проведению военных операций. Гейдрих широко трактовал задачи опергрупп: «Функционеры и активисты коммунистической партии, евреи, цыгане, саботажники и шпионы должны рассматриваться как лица, которые самим своим существованием угрожают безопасности войск и таким образом незамедлительно подлежат уничтожению».

С нападением на СССР геттоизация евреев продолжалась, но уже в качестве подготовительной меры по «окончательному решению еврейского вопроса», под которым подразумевалось выселение всех евреев из Европы; а когда это выселение потеряло смысл из-за наступления советской армии, то и убийство этих людей. В соответствии с предварительным, черновым «Генеральным планом Ост» в версии от 15 июля 1941 г., предполагалось переселение 5–6 млн. европейских евреев на Восток за пределы районов, подлежавших немецкой колонизации. Конкретных очертаний это «окончательное решение» так и не приняло: по всей видимости, никто себе точно не представлял, что и в какой последовательности нужно делать; в итоге все это завершилась холокостом.

После нападения Германии на СССР нацистская пропаганда принялась еще более интенсивно демонизировать евреев, возлагая на них ответственность как за «грабительский капитализм», так и за большевизм.

В ходе подготовки к реализации плана «Барбаросса» все большее внимание нацисты стали уделять гитлеровским планам ликвидации «преступной еврейско-большевистской элиты». Гитлер был убежден в том, что Сталин развязал геноцид при помощи евреев, сменивших руководящий слой русских и балтийских немцев; его вывод гласил: в рамках «плана Барбаросса» евреев необходимо уничтожать в качестве штрафной и превентивной меры. К марту 1941 г. контуры будущей войны мировоззрений были вполне ясны, они и повлияли решительным образом на судьбу евреев Европы. Дело в том, что пункт 12в, собственноручно внесенный Гитлером, гласил, что рейхсфюрер СС получает особые полномочия для обеспечения политического управления на территории СССР; в рамках этой задачи он действует самостоятельно.

Через две недели после нападения на СССР Гейдрих, в соответствии с полученными полномочиями, дал оперативным группам полиции безопасности и СД письменные инструкции; 4 пункт этих инструкций гласил: «Экзекуции подлежат все функционеры Коминтерна и коммунистической партии, советские работники вплоть до районного масштаба, всевозможные нарушители (саботажники, паникеры, уголовники, партизаны), евреи, являющиеся партийными или советскими работниками». Понятно, что экзекуции подлежали все евреи, ибо выяснить на месте, кто является советским работником, а кто нет, было невозможно. Эта неожиданная радикализация войны на Востоке и предопределила судьбу евреев в лагерях на территории Польши. Иными словами, с началом войны на Востоке (точнее, с осени 1941 г.) началось уничтожение сначала советских, а затем и европейских евреев. Действия СС на Востоке были сугубо секретными: в сентябре 1941 г. Гейдрих издал приказ осуществлять все мероприятия против евреев тайно; круг осведомленных лиц был крайне узок. Даже имперский комиссар в Минске Вильгельм Кубе (впоследствии убитый партизанами) ничего об этом не знал. После убийства 12 тысяч евреев Минска (7 ноября 1941 г.) эсэсовское начальство доложило по инстанции, что в гетто Минска освободилось место для немецких евреев. Против этого, однако, был В. Кубе, считавший «извращением» помещать людей (немецких евреев) из немецкого культурного круга в столь недостойные условия. Кубе подчеркивал, что среди немецких евреев есть награжденные боевыми орденами ветераны Первой мировой войны, квалифицированные рабочие и ремесленники; некоторые из них — евреи только на четверть. Кубе был категорически против подобного обращения с немецкими евреями. К прочим евреям благосклонность Кубе не относилась; так, в июле 1942 г. он рапортовал, что за предыдущие 10 недель было уничтожено 55 тыс. белорусских евреев. До Гейдриха дошли слухи, что супруги Кубе имели парикмахера-еврея и еврейскую прислугу, услуги которых они оплачивали овощами и фруктами. Кубе всем давал понять, что немецкие евреи находятся под его опекой.

Такая реакция на депортацию немецких евреев была редкостью: вакханалия смерти и массовых убийств на Восточном фронте продолжалась, и она отразилась на положении всех евреев, в том числе и немецких. В середине октября 1941 г. немецкие евреи получили распоряжение явиться на сборные пункты. Следующим шагом властей было распоряжение об эвакуации немецких евреев из Рейха на Восток. Из Баварии в Ригу первый транспорт с евреями (1001 человек взрослых и 9 детей) был отправлен 29 ноября 1941 г. За ним последовали другие транспорты: в Люблин, в Терезиенштадт и в другие восточные лагеря. 7 июля 1943 г. регирунгспрезидент Верхней и Средней Франконии докладывал, что последние 86 евреев отправлены на Восток и 36 в Терезиенштадт. Тот же регирунгспрезидент рапортовал, что никаких беспорядков и протестов в процессе выселения евреев не было, за исключением двух случаев самоубийств евреев. Что касается слухов о систематических убийствах евреев на Востоке, то в это мало кто из немцев верил, считая эти слухи пропагандой противника.