Дольше всех в МССМ прослужили канонерки «Роза Люксембург» и «Сильный». Они были разоружены и возвращены водному транспорту соответственно 21 июня и 4 июня 1921 г. Плавбатареи № 4 (переименована 28 июня 1920 г. в ПБ-23), № 9(ПБ-3) и № 10 (ПБ-4) хранились в 1920 г. в порту и были переданы водному транспорту зимой — летом 1921 г.

Хотя осенью 1919 г. тральщики Северодвинской флотилии вытралили 112 мин, траление Северной Двины было закончено лишь в навигацию 1921 года. Особо трудным было траление магнитных мин. Летом 1920 г. две английские магнитные мины были подняты водолазами и на берегу разобраны. К изучению их привлекли лучших специалистов Советской республики во главе с бывшим капитаном 1-го ранга В. Я. Павлиновым. Ими было сконструировано несколько магнитных тралов, но все эти конструкции оказались неудачными. Увы, история у нас никого не учит, и к 22 июня 1941 г. наши моряки были вновь удивлены, встретившись с магнитными минами, на сей раз немецкими, с которыми они опять не могли бороться.

Онежское озеро играло важную роль в ходе Гражданской войны. Потеря контроля над Онегой означала для Советов не только потерю северных районов страны, но и разрыв системы коммуникаций с Волгой, Каспием и Северной Двиной, осуществляемой по системе каналов.

Вот почему уже 17 июня 1918 г. приказом Военного Совета Северного участка и Петроградского района была создана Онежская флотилия, а ее командующим назначен Д. И. Федотов. То есть флотилия была создана сухопутным командованием, и ему же подчинялась.

Но прежде чем говорить о действиях флотилии, стоит сказать несколько слов о самом озере. Онежское озеро по величине занимает второе место среди пресноводных озер Европы. Рекой Вытегрой, впадающей в его юго-восточную часть, оно соединяется с бассейном Волги, а рекой Свирью, вытекающей из его юго-западной части — с Ладожским озером. На 1916 г. площадь Онежского озера составляла около 10 тыс. кв. км. Береговая черта протяжностью 782 мили (1450 км). Наибольшая длина озера между Черными песками (на юге) и устьем реки Кумсы (на севере) доходит до 129 миль (223 км), а наибольшая ширина от Логмозера до Пудожского Погоста — 49 миль (90 км).

Линией Петрозаводск — устье реки Водлы Онежское озеро делится на две части, резко отличающиеся одна от другой. Вся южная часть представляет собой один обширный бассейн с мало изрезанной береговой линией и отсутствием бухт и заливов, в то время как северная часть изобилует островами и имеет шхерный характер. Все берега озера лесисты и довольно густо заселены, особенно Заонежье.

Единственным истоком служит река Свирь, входящая вместе с Ладожским озером в систему бассейна реки Невы.

Рельеф дна озера весьма неровен и наряду с глубинами в десятки метров попадаются отдельные камни в 0,3–1 м, а также отдельные банки. Рифы по своему характеру также весьма разнообразны, и рядом с местами, где можно вплотную подойти к берегу и ошвартоваться, встречаются такие места, где нужно подходить к берегу чрезвычайно трудным извилистым фарватером, среди банок и камней.

Среднее время полного ледостава и полное очищение воды ото льда для Бесова Носа составляет 25 ноября и 15 апреля; для Петрозаводска — 5 декабря и 10 мая; для Повенеикого залива — 20 ноября и 15 апреля; для Вознесенской пристани — 15 ноября и 1 мая. Река Свирь покрыта льдами в среднем с 12 ноября до 19 апреля.

Через весь район озера проходила одна однопутная железная дорога из Петрограда в Мурманск, через Петрозаводск и Медвежью Гору.

Организация большевиками военной флотилии на Онежском озере была превентивной мерой как на случай наступления белофиннов на Карелию, так и для защиты Прионежья от англичан. Главной базой Онежской флотилии за все время ее существования был Петрозаводск. Промежуточная база находилась в Лодейном Поле.

Из-за отсутствия реального противника формирование флотилии велось вяло. До закрытия навигации 1918 года моряки флотилии приняли от водного транспорта семь пароходов, из которых три были вооружены артиллерией, а остальные — пулеметами.

Тем временем «нельсоны» из Морского штаба на Северном участке задумали перевести суда Онежской флотилии по системе каналов из Онеги в Котлас для усиления Северодвинской флотилии, а на Онегу перевести Ильменскую флотилию. В результате Онежская флотилия вышла 22 октября 1918 г. из Петрозаводска в Вытегру, но после получения ряда поломок и из-за боязни раннего ледостава была возвращена обратно в Петрозаводск.

Что же касается судов Ильменской флотилии, состоявшей из буксирных пароходов канальной системы, то командование Онежской флотилии резонно заявило, что они не в состоянии действовать на озере.

Зимой 1918/19 г. в Петрозаводске продолжалось вооружение и ремонт судов, а также набор личного состава. 1 февраля 1919 г. Онежская флотилия перешла из подчинения сухопутному командованию к Морскому ведомству.

В кампанию 1919 г. в состав флотилии входили дивизион канонерских лодок, дивизион заградителей и два дивизиона сторожевых судов, а также отряд транспортных судов.

В дивизион канонерских лодок входили канонерки:

№ 1 «Приемщик» — бывший колесный пароход, построенный в Голландии в 1910 г. Водоизмещение его составляло 196 т. Длина 30,1 м; ширина без колес 5,2 м; осадка 1,5 м. Машина мощностью 350 л.с. позволяла развивать скорость 8 узлов. Вооружение состояло из одной 75/50-мм, одной 47-мм и одной 37-мм зенитных пушек, и двух пулеметов;

№ 2 «Сильный» (до 12 марта 1919 г. № 2) — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1913 г. Водоизмещение 280 т. Длина 36,6 м; ширина без колес 6,44 м; осадка 1,51 м. Машина мощностью 485 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: две 75/50-мм пушки и четыре пулемета;

№ 3 «Сосна» — бывший колесный пароход, построенный в Финляндии в 1913 г. Водоизмещение 300 т. Длина 34,67 м; ширина без колес 5,64 м; осадка 1,8 м. Машина мощностью 450 л.с. Скорость 8 узлов. Вооружение: две 75/50-мм, одна 37-мм пушка и два пулемета;

№ 4 «Сергей» — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1912 г. Водоизмещение 250 т. Длина 37,2 м; ширина без колес 5,64 м; осадка 1,65 м. Машина мощностью 320 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: одна 75/50-мм, одна 37-мм пушки и два пулемета;

№ 5 «Григорий» — бывший колесный пароход, построенный в Финляндии в 1902 г. Водоизмещение 265 т. Длина 33,2 м; ширина 5,5 м; осадка 1,6 м. Машина мощностью 340 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: одна 75/50-мм и две 37-мм зенитные пушки;

№ 6 «Восток» — бывший колесный пароход, построенный в Сормово в 1904 г. Водоизмещение 225 т. Длина 31,7 м; ширина 5,47/ 10,67 м; осадка 1,2 м. Машина мощностью 320 л.с. Скорость 11 узлов. Вооружение: пушки — одна 75/50-мм, одна 76-мм Лендера и одна 47-мм, а также два пулемета;

№ 7 «Петр Пименов» — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1913 г. Водоизмещение 200 т. Длина 30,4 м; ширина без колес 5 м; осадка 2 м. Машина мощностью 332 л.с. Скорость 11 узлов. Вооружение: одна 47-мм, две 37-мм зенитные пушки, два пулемета;