Тем не менее, общественные настроения и выступления студенчества предопределили в целом прогрессивный характер устава 1863 года. Согласно ему университеты признавались как самоуправляющиеся учреждения. Правительственный контроль был ослаблен. Университетские советы получали право решать все методические вопросы, определять учебную программу, распределять средства на учебные пособия, назначать стипендии студентам, рекомендовать к изданию научные работы, присуждать награды и медали. Устав 1863 года устанавливал выборность ректора и деканов с последующим утверждением их попечителем учебного округа или министром просвещения.

Устав 1863 года закрепил и стабильную структуру университетов. В состав их входили четыре факультета: физико-математический, с отделениями физическим, математическим и естественным; медицинский; историко-филологический, с отделениями историческим, славяно-русской филологии и классической филологии; юридический. В Петербургском университете не было медицинского факультета, поскольку в городе действовала Медико-хирургическая академия, но был факультет восточных языков. Томский университет открылся в 1888 году в составе одного медицинского факультета, в 1898 году к нему был прибавлен юридический. В Дерптском университете существовал еще богословский, лютеранский факультет.

В преподавании сочетались лекционный метод с практическими занятиями. Учебная программа была расширена за счет специальных предметов, при этом из нее были исключены фехтование, музыка, рисование. Срок обучения был увеличен до 5 лет.

По окончании университета студенты получали звание кандидата. Наиболее способные могли продолжать занятия в аспирантуре. Через два года обучения аспиранты держали экзамен на степень магистра и готовили магистерскую диссертацию.

Воплощение в жизнь положений устава 1863 года способствовало прогрессивному развитию университетского образования и научной деятельности.

При университетах и с участием университетских преподавателей стали создаваться многочисленные научные общества, деятельность их охватывала обширные регионы России и была очень плодотворна. Например, в 1868 году в Казани было создано «Общество врачей», председателем которого являлся профессор Казанского университета Виноградов. «Общество» производило «изучение в медицинском отношении Казанского края с целью повышения в нем уровня общественного здоровья». Среди прочих дел разрабатывались меры, призванные устранить «вредное влияние различных производств на жизнь рабочих». Сотрудники Харьковского университета изучали местные минеральные источники, принимали предупредительные меры против эпидемий (в частности, холеры), принимали участие в деятельности местного общества грамотности. В 1868 году в Петербурге, а затем в Казани, Киеве и др. городах возникли «Общества естествоиспытателей», деятельность их протекала в тесной связи с университетскими учеными. Активное участие в работе «Общества» принимал профессор Петербургского университета Фаминцын, в Казани совет университета предоставил в распоряжение «Общества» аудиторию и музей. При многих университетах создавались общества археологии, истории и этнографии, изучавшие местные памятники древности и собиравшие этнографический материал.

Несмотря на развитие университетского образования и науки во второй половине XIX века продолжало не хватать как научных кадров, так и людей с высшим образованием. В середине 60-х годов А. В. Никитенко записал в своем «дневнике»: «…из 80 000 чиновников империи ежегодно открывается вакантных мест 3000. В продолжение 2-х или 3-х лет… из всех университетов, лицеев и школы правоведения выпускалось ежегодно 400 человек, кроме медиков. Вывод из этого: как невелико у нас число образованных людей для занятия мест в государственной службе».[374]

Положение, подобное этому, сохранялось и в последующие годы. Нехватка научных кадров побуждала привлекать университетских профессоров для обсуждения различных проектов, участия в государственных административных и финансовых комиссиях. Например, профессор А. И. Воейков был председателем метеорологической комиссии Российского географического общества, В. В. Докучаев — член комиссии по высшему сельскохозяйственному образованию и комиссии министерства государственных имуществ. В то же время экономическое положение университетов в 60–80-х годах продолжало оставаться тяжелым. Штатные суммы не покрывали действительных расходов на жалование преподавателей и служащих университетов. В начале 80-х годов XIX века они составляли по Петербургскому университету — 311 050 руб… Московскому — 409 570 руб… Казанскому — 342 820 руб… Харьковскому — 327 190 руб., Киевскому — 332 070 руб. На учебно-вспомогательные учреждения шести университетов отпускалось 2 907 722 руб.[375] Из-за нехватки средств в лабораториях отсутствовали нужные препараты и приборы, беднели библиотеки и университетские музеи. Большие трудности испытывали университеты из-за неприспособленности и тесноты помещений. Так, при открытии Харьковского университета он был помещен в бывший генерал-губернаторский дом, естественно, не приспособленный для нужд учебного заведения. Посетивший его в конце 30-х годов В. А. Жуковский характеризовал положение университета двумя словами: «бедность и теснота». Подобное состояние ухудшилось во второй половине XIX века. В 70-е годы с ростом кафедр потребность в помещениях еще увеличилась — они нужны были для клиники при медицинском факультете (на 75 кроватей), обсерваторий астрономической и метеорологической, кабинетов механики, физической географии и судебной медицины. Благодаря крупному пожертвованию богатого сумского сахарозаводчика Харитоненко (100 тыс. руб. на строительство и 50 тыс. руб. на стипендии его имени) было построено здание для медицинского факультета, но проблема в целом решена не была.

Аналогичные трудности испытывали и другие университеты. Так, ректор Казанского университета профессор Н. Н. Булич сетовал на перенаселенность аудиторий, тесноту на медицинском факультете, ужасное положение библиотеки: «…безобразнее нашего библиотечного учреждения трудно представить… Я не говорю уже о совершенном неудобстве библиотеки для занятий в ней студентов… внутренность главной залы… в настоящее время… так загромождена шкалами и покрытыми густым слоем пыли, валяющимися на полу книгами, что в ней существует едва возможность пройти, а не заниматься спокойно».[376]

Незавидным было и положение профессуры, особенно в провинциальных университетах. В 1875 году в шести университетах России работали 387 профессоров и доцентов. Современник так характеризовал условия существования профессоров Казанского университета в начале 70-х годов: «Сильно стесненные в средствах, так как жизнь с каждым годом становилась все дороже, не имея возможности не только приобретать книги, которые для каждого ученого составляют насущную потребность, но даже удовлетворять свои текущие обыденные потребности жизни». И, продолжая описывать бедственное положение провинциальной профессуры, автор добавлял: «От этого круга умственной деятельности в течение целого академического года добросовестному профессору по существу не приходилось пользоваться даже отдыхом, так как, с одной стороны, ему предстоял годичный курс, требовавший подготовки, с другой — привязанность к науке и техника научных исследований требовали непрерывных занятий. Но, тем не менее, несмотря на эту безостановочную работу, которая всегда делала и делает профессорскую должность едва ли не самой трудной из всех педагогических должностей государства, большинство профессоров — истинных тружеников — никогда не жалели о своем времени и трудах и с полной готовностью отдавали их делу общей пользы».[377]