Поэтому одной из важнейших задач ЦШПД считал усиление борьбы с агентурой противника, проникавшей в партизанские формирования. По документам ЦШПД, республиканских и областных ШПД видно, что они придавали особое значение созданию в партизанских соединениях оперативных групп безопасности для борьбы с вражеской агентурой. Они действовали совместно с органами НКВД на правах их особых отделов.

В январе — феврале 1942 г. немцы пытались задушить партизанское движение в зародыше, бросив против них крупные силы. Тяжёлые бои с карателями партизанские отряды и соединения проводили на Украине, в Белоруссии и в западных областях Российской Федерации. Многие партизанские отряды при этом были рассеяны и ушли в города для продолжения борьбы в подполье. Часть отрядов погибла, а некоторые отошли за линию фронта. Уцелели лишь те из них, где во главе были опытные, хорошо подготовленные командиры. В ночь на 26 марта 1942 г. полиция безопасности и части СС и СД нанесли удар по минскому подполью. 28 руководителей подполья были повешены, 251 подпольщик расстрелян. Однако ничего не помогло оккупантам. Уже к весне 1942 г. партизаны стали представлять серьезную опасность для коммуникаций немецкой армии. Поэтому для решительной борьбы с партизанами немецкому командованию приходилось стягивать в уже оккупированные районы страны большие силы. А для крупных операций в областях, где партизанское движение приобрело широкий размах, как в Белоруссии, Брянской области и некоторых других районах, немецкое командование вынуждено было снимать отдельные воинские части с фронта. По оценке немецкого командования, уже в 1942 г. партизанская война в России оттянула на себя более 12 немецких дивизий, 1 горнострелковый корпус и 11 пехотных и кавалерийских бригад.

Гитлеровцы постоянно устраивали карательные экспедиции против партизанских зон и краев, пытаясь разгромить партизанские формирования и уничтожить население, поддерживающее партизан. Из изменников родины гитлеровцы формировали лжепартизанские отряды, которые занимались всяческой дискредитацией советских партизан. Однако, опираясь на население, партизанская разведка смогла своевременно срывать планы оккупантов и своевременно разоблачать предателей. В 1942 г. отрядом Д. Н. Медведева были разоблачены и уничтожены три лжепартизанских отряда. Один из них, в районе Хотинска, занимался грабежами населения, изнасилованиями женщин, которых потом расстреливали.

По немецким источникам, в 1941 г. против советских партизан действовало 78 специально выделенных батальонов. В 1942 г. их было уже 140. В первой половине 1943 г. — уже 270, а к концу года их было свыше 500. В 1942 г. немцы провели ряд крупных карательных экспедиций против партизан, сжигая на своем пути деревни и села и зверски расправляясь с населением. Четыре карательных экспедиции были проведены в Ленинградском партизанском крае, но это не уменьшило масштабов деятельности партизан.

С весны 1943 г. немцы начали широкие военные действия против брянских партизан. Только в мае против них действовала 40-тысячная армия, в том числе 292-я мотопехотная дивизия, 2 полка 492-й пехотной дивизии, 102-я венгерская пехотная дивизия, около 120 танков 18-й танковой дивизии, 3 артдивизиона, 7 специальных батальонов по борьбе с партизанами при поддержке авиации.

Против большой группы белорусских партизан в Минской области действовало до 30 тыс. вражеских солдат при поддержке танков, артиллерии и авиации. Только в одном Минске в период его оккупации партизаны и подпольщики уничтожили свыше 1600 немецких чиновников, в том числе главного палача белорусского народа, гауляйтера Белоруссии В. Кубе, известного белорусского националиста Фабияна Акинчица и многих других. В сентябре 1942 г. белорусские партизаны захватили город Бегомль и ряд населенных пунктов в прилегающих районах. Это лишило противника удобных коммуникаций: Полоцк — Борисов, Витебск — Борисов, Вилейка — Полоцк, Лепель — станция Порфяново и Борисов — Порфяново. Этот партизанский район располагался непосредственно в тылу немецкого укрепрайона Ушачи — Лепель — Беленковичи. Партизаны получили хорошо оборудованный аэродром, через который снабжались их формирования, а также освободили некоторые районы в Витебской, Могилёвской и Вилейской областях. Неоднократные попытки немцев восстановить положение силами окружавших Бегомль гарнизонов не принесли успеха. И немцы стали готовить крупную операцию. В этом районе дислоцировалось 44 партизанских отряда, общей численностью 8158 человек. Немцы сосредоточили против них 62 тыс. солдат и офицеров, 280 миномётов, 218 орудий, 19 танков, 16 бронемашин. Кроме того, к июню 1943 г. из-под Витебска были туда переброшены части двух немецких дивизий и части казаков-изменников. Противник понёс значительные потери, но не добился уничтожения партизан. К 20 июня 1943 г. партизанские бригады «Смерть фашизму», «Железняк», «За Родину» и имени Кирова прорвали кольцо окружения и продолжали действовать по тылам противника и на его коммуникациях. Неоднократные попытки немецкого командования ликвидировать партизанское движение оказались безуспешными.

Предвидя наступление наших войск, немцы обрушили в 1944 г. свои удары против белорусских партизан. В апреле немцам удалось окружить 17-тысячную группировку партизан, которые 25 суток отбивались от 60-тысячной группировки карателей, имевшей 137 танков, 235 орудий. Ее действия поддерживала и авиация. Но партизаны прорвали кольцо окружения и, выйдя в тыл карателей, продолжили борьбу с ненавистным врагом.

* * *

В течение всего периода Отечественной войны партизанские формирования своими действиями оказывали неоценимую помощь войскам Красной Армии, открыв в тылу противника действенный второй фронт. В сентябре 1943 г. приказом начальника Украинского ШПД были привлечены партизанские соединения для обеспечения переправ через Днепр, Припять и Десну. Партизанские соединения численностью 16 700 человек, разделенные на две группы, одна численностью 7200 человек действовала на левобережье, другая — численностью 9500 человек — на правобережье. В результате умелого сосредоточения и маневрирования ими были захвачены и удержаны до подхода частей Красной Армии 10 переправ через Днепр и 14 через Десну и Припять.

В 1944 г. частями Красной Армии во взаимодействии с партизанскими соединениями было проведено несколько больших фронтовых операций, названных сталинскими ударами. Они наглядно показали значение согласованных действий армий и партизанских формирований. В январе 1944 г. наступление Красной Армии под Ленинградом и Новгородом сочеталось с ударами по тылам противника 13 партизанских бригад общей численностью более 3500 человек. Им удалось нарушить движение на коммуникациях немцев. К началу этой операции партизаны занимали около 50 % оккупированной немцами территории Ленинградской, Новгородской и Псковской областей. В июне 1944 г. Красная Армия начала крупное наступление в Белоруссии. Оно сочеталось с ударами белорусских партизан по коммуникациям противника, которые производили массовые крушения поездов и подрыв рельсов. Численность их соединений достигала 240 тысяч человек. Совместно с наступающими частями Красной Армии они заняли города Вилейка, Молодечно, Слуцк и многие районные центры республики. В период подготовки этой операции партизанские соединения вели активную разведку. За все время операции ими было произведено 3625 крушений вражеских эшелонов и взято в плен около 45 тысяч вражеских солдат, офицеров и несколько генералов. Действия белорусских партизан имели большое оперативно-стратегическое значение в разгроме немцев в этой операции. В августе 1944 г., во время Львовско-Тернопольской операции Красной Армии, на коммуникациях противника западнее Львова действовало партизанское соединение М. И. Шукаева. Их действия вынудили противника тратить значительные силы на охрану своих коммуникаций. Украинские партизаны с помощью польских партизан парализовали работу транспорта противника северо-западнее Львова в полосе наступления наших войск. В конце августа 1944 г. Красная Армия проводила крупные наступательные действия против Ясско-Кишиневской группировки противника, которые совпали по времени с мощными ударами по врагу в Чехословакии. В эти районы были заброшены организационные партизанские группы для поддержки народного восстания в Словакии. Туда же вышло и партизанское соединение Шукаева. Это отвлекло значительные силы немцев на борьбу с ними. В сентябре — октябре 1944 г. наступление наших войск в Прибалтике сочеталось с действиями партизанских соединений прибалтийских республик.