В июле 1941 года в состав Краснознаменного Балтийского флота (КБФ) вошли шесть БКА Ижорского завода — № 101/101, № 102/102, № 97/97, № 98/98, № 99/99 и № 100/100. Катер № 98 был потоплен 25 июля 1941 года артиллерией противника при высадке десанта на о. Лукулансари, а № 97–30 августа у Ивановских порогов.

Адмирал В.С. Чероков отмечал, что осенью БКА № 99 и № 100 стояли насмерть на Неве — у Ивановских порогов, на рубежах Свири, тонули и горели, ремонтировались и снова шли в бой. Бронекатер № 100 на реке Свирь 23 сентября был поврежден артиллерией противника, а БКА № 99 затерло льдами 18 ноября на переходе из Новой Ладоги в Морье. После ремонта он вернулся в строй.

В 1942 году БКА воевали в составе Шхерного отряда КБФ, Истребительного отряда охраны водного района (ОВР) Ленинградской военно-морской базы (ВМБ) и дивизиона БКА Ладожской военной флотилии. Корабли прикрывали артиллерией дозоры и караваны между Ленинградом и Кронштадтом. Десантные операции на реках проводились реже, но БКА сыграли в них большую роль. Их количество в составе того или иного соединения менялось в зависимости от оперативной обстановки. Корабли иногда передавали в оперативное подчинение армейского командования.

БКА участвовали в морском бою 22 октября 1942 года, в котором разгромили мощную группу кораблей противника, пытавшуюся высадить десант на о. Сухо. В знаменитой Тулоксинской десантной операции 23–27 июня 1944 года, несмотря на штормовую погоду, катерники высадили около 5000 морских пехотинцев, эти же «бессмертные» катера шли к самому берегу и расстреливали уцелевшие после артподготовки огневые точки врага.

Для усиления огневой мощи катерники порой устанавливали на своих бронекатерах импровизированное вооружение. Так, зимой 1942–1943 года в 7-м дивизионе катеров Охраны водного района (ОВР) Ленинградской военно-морской базы на каждый ствол 76,2-мм пушки БКА-101 и БКА-102 сверху хомутами укрепили по одной направляющей для 82-мм снарядов М-8. Корабли несколько раз обстреливали такими снарядами побережье, после чего танковые пушки могли нормально вести огонь. По воспоминаниям командира дивизиона В.В. Чудова, БКА-101, находясь северо-западнее о. Лавенсаари, выпустил два снаряда М-8 по немецкому малому миноносцу типа «Т». Однако при низкой кучности стрельбы это создавало большую опасность для катера, чем для противника, поэтому нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов приказом от 24 января 1943 года запретил изготовление подобных самодельных пусковых установок.

В битве за Ленинград БКА помогли 4-й армии сдержать отчаянный натиск частей вермахта на берегу древнего Волхова: поднялись по нему до устья Тигоды и здесь, маневрируя на мелководных лесных реках и речушках, в самом полном смысле играли роль танков, обеспечивая огневую поддержку пехоте.

С 22 февраля 1944 года корабли вошли в состав КБФ и получили новые тактические номера, соответственно БК-99, БК-100, БК- 101, БК-102.

БК-99 участвовал в Свирско-Петрозаводской (21.06-9.08.1944), БК-100 — в Тулоксинской (23–27.06.1944 г.) десантной операции. БК-101 и БК-102 участвовали в высадке десанта в Мерекюла (14.02.1944 г.), и все четыре корабля — в Восточно-Прусской (13.01–25.04.1945 г.) наступательной операции.

Бронекатера Краснознаменного Балтийского флота постройки Ижорского завода в походе.

Кормовая башенная артиллерийская установка одного из балтийских бронекатеров проекта 1124 со смонтированной на орудийном стволе направляющей для стрельбы 82-мм реактивными снарядами М-8.

Бронекатер БК-101 КБФ.

Высадка десанта на о. Лункулансари 24–25 июля 1941 года, в ходе которой погиб принимавший в ней участие бронекатер № 98.

Создана на Ладожском озере 2 июля 1941 года. Главные базы: Сортанлахти, с 28 августа — Шлиссельбург, с 8 сентября — Новая Ладога; маневренная база — Осиновецкая ВМБ. Командующие: капитан 1 ранга В.П. Боголепов (июль — август 1941 г.); капитан 1 ранга, а затем контр-адмирал Б.В. Хорошхин (август — октябрь 1941 г.); капитан 1 ранга, а затем контр-адмирал В.С. Чероков (октябрь 1941 — ноябрь 1944 г.).

Корабли высаживали десанты во фланг и в тыл противника; перевозили войска, грузы, эвакуировали гражданских лиц и оборудование предприятий Ленинграда, защищали коммуникации; обеспечивали действия сухопутных войск в Синявинских операциях 1941 и 1942 годов; охраняли «Дорогу жизни»; участвовали в прорыве блокады Ленинграда в 1943 году, а в июне — августе 1944 года — в Выборгско-Петрозаводской операции, провели Тулоксинскую десантную операцию. БКА вели бои против созданной в 1942 году на Ладожском озере германо-итало-финской флотилии и 22 октября 1942 года отразили попытку противника высадить десант на о. Сухо. Флотилия расформирована 4 ноября 1944 года, ее БКА вошли в состав Балтийского флота.

Отдельный Онежский отряд кораблей сформирован 30 апреля 1942 года на Волге, который в начале июня прибыл на Онежское озеро. В его состав вошли четыре БКА проекта 1124 № 11/308, № 12/309, № 31/318 и № 32/319. Бронекатер, заводской № 309, имел две танковые башни Т-28 с 76,2-мм пушками Л-10, а остальные катера — по две 76,2-мм Лендера. Главная база — г. Вытегра.

31 декабря 1942 года отряд преобразован в Онежскую военную флотилию. Базы: Петрозаводск, Вознесенье, Вытегра. Командующие флотилией: капитан 1 ранга А.П. Дьяконов (май 1942— июль 1943 г.); контр-адмирал П.С. Абанькин (август 1943 — январь 1944 г.); капитан 1 ранга Н.В. Антонов (июль — август 1943 г. (врид), январь — июль 1944 г.).

БКА в 1942–1943 годах прикрывали и поддерживали артиллерийским огнем приозерные фланги войск 7-й отдельной армии и 32-й армии, высаживали десанты, обеспечивали коммуникации, боролись с авиацией и силами противника на Онежском озере. В Свирско-Петрозаводской операции 1944 года содействовали сухопутным войскам в форсировании реки Свирь (23 июня), высадили тактические десанты на о. Б. Климецкий (23 июня), в бухту Лахтинскую (26 июня), Уйскую губу и в Петрозаводск (28 июня). При содействии сил флотилии и войск десантов 28 июня советские войска освободили Петрозаводск. Флотилия расформирована 10 июля 1944 года.