Капитан 1 ранга Иванов сдал дела капитану 2 ранга Шумову и перестал вообще интересоваться делами. Капитан 2 ранга Шумов занимался составлением дефектных ведомостей, которые по совокупности должны были доказать невозможность выхода в море. Поэтому все облегченно вздохнули, когда 2 августа в 10.00 губернатор Циндао (капитан 1 ранга немецкого флота Труппель), ссылаясь на полученный приказ кайзера, потребовал от русских немедленного спуска военно-морских флагов и разоружения кораблей.

Не имея возможности связаться с командованием, контр-адмирал Матусевич собственной властью приказал разоружаться. На «Цесаревиче» немедленно приступили к выгрузке боезапаса. Андреевские флаги были спущены и на фок-мачте поднят зеленый флаг — «Интернирован». В тот же день на миноносце «Икадзучи» в Циндао прибыл флаг-офицер японского адмирала Дева, капитан-лейтенант Ямадзи, чтобы узнать о намерениях немцев относительно русских кораблей. Ямадзи был принят капитаном 1 ранга Труппелем, который заверил японского офицера, что «Цесаревич» и три миноносца уже спустили флаги и начали выгрузку боезапаса. Русские корабли будут задержаны в Циндао до конца войны. Получив эти заверения, Ямадзи покинул Циндао и доложил об этом адмиралу Дева, который затем приказал своему отряду закончить патрулирование у Циндао и идти на соединение с главными силами.

Между тем, на пирсе у «Цесаревича» встал кордон немецкой полиции. Съезд с корабля кому бы то ни было был запрещен. Немецкие миноносцы стали у выхода на рейд, следя за русскими кораблями. По наивности немцы полагали, что русские еще хотят воевать и будут прорываться в Циндао силой. Но «Цесаревич» продолжал выгружать боезапас. С броненосца были сняты замки с орудий главного калибра, замки 75-мм орудий, две крышки золотниковых коробок цилиндров среднего давления, а также все винтовки и револьверы, не считая пятидесяти винтовок, необходимых для несения на корабле караульной службы. «Цесаревич» оставался в Циндао до конца войны. Постепенно суровые правила интернирования ослабевали. Было разрешено производить своими средствами любые работы, необходимые для приведения корабля в состояние, удобное для жизни экипажа. Была снята поврежденная мачта, отремонтированы трубы и другие боевые повреждения. Часть офицеров (в том числе адмирал Матусевич и капитан 1 ранга Иванов), дав слово не участвовать более в войне, уехали в Россию вместе с половиной матросов. Командовать «Цесаревичем» остался капитан 2 ранга Шумов, под руководством которого шли все ремонтные работы. Немцы пытались как-то скрасить тоскливую жизнь на русских кораблях. Матросам были выданы невиданные ими доселе велосипеды, офицеров приглашали на редкие приемы.

Пресса и слухи приносили неверные и туманные известия с театра военных действий. Рассыпались надежды на какой-то перелом в ходе войны. 20 декабря 1904 года миноносцы «Бойкий» и «Смелый», вырвавшись из агонизирующего Порт-Артура, пришли в Циндао, принеся на «Цесаревича» известие о страшной и бесславной гибели первой Тихоокеанской эскадры. С надеждой на «Цесаревиче» следили по газетным сводкам о движении 2-й эскадры, а в конце мая— ошеломляющая весть о небывалой катастрофе Русского Флота в Цусиме. Русские моряки в Циндао (да и не только в Циндао) с ужасом поняли, что из пятнадцати эскадренных броненосцев, принимавших участие в войне с Японией, уцелел только один «Цесаревич»! Но уцелел ли? Из Портсмута, где шли мирные переговоры с японцами, пришли известия, что японцы требуют выдачи им всех русских кораблей, интернированных в нейтральных портах. На «Цесаревиче» решили затопить корабль у стенки. Немцы, в ответ, пригрозили суровыми репрессиями вплоть до расстрела виновных. К счастью, все обошлось. Японцы не настаивали на своем требовании о выдаче интернированных русских кораблей; считая триумф своего флота достаточным.

Военно-морская история не знает примеров, подобных сокрушительному разгрому Русского Флота в русско-японской войне; в дальневосточных водах погибли или были захвачены в плен шестьдесят девять боевых и вспомогательных кораблей Русского Флота. Практически перестал существовать не только Тихоокеанский, но и Балтийский флот. Однако, страшнее огромных материальных потерь был моральный удар, от которого русские моряки не оправились до конца и по сей день. Русская океанская стратегия была заморожена на шестьдесят лет!

После ратификации мирного договора с Японией «Цесаревич» получил приказ следовать на Балтику. Эпоха колониальных захватов временно приостановилась: необходимо было думать об обороне и, в первую очередь, об обороне морских подходов к Петербургу. А для этого нужно было возродить флот и, самое главное, боевой дух у подавленного и деморализованного личного состава.

14 ноября 1905 года капитан 2 ранга Шумов вывел «Цесаревича» из Циндао. Броненосцу предстояло длительное плавание на Балтику — в Россию, где он еще никогда не был. Недогруженный (боезапас остался в Циндао), с одной мачтой и поврежденными винтами, окрашенный в светло-коричневый цвет, «Цесаревич» шел через Индийский океан, Средиземное море и Атлантику домой. Позади остались кровавые воды Японского моря, где на полвека нашла себе могилу русская имперская политика, впереди была неизвестность...

2 февраля 1906 года капитан 2 ранга Шумов привел эскадренный броненосец «Цесаревич» в Либаву.[6]

В течение весны 1906 года эскадренный броненосец «Цесаревич» ремонтировался в Кронштадте. В ходе ремонта на корабле, наконец, качественно заделали подводные пробоины от японских торпед и снарядов, сменили винты, поставили новые мачты без массивных боевых марсов, изменили конфигурацию надстроек. В мае 1906 года броненосец «Цесаревич» был зачислен в особый отряд (позднее — Балтийский отряд), сформированный для производства учебных плаваний с корабельными гардемаринами Морского корпуса и Морского инженерного училища Императора Николая I. Кроме «Цесаревича», в отряд вошли броненосец «Слава» и крейсер «Богатырь».

1 июня 1906 года корабли отряда начали кампанию и до конца августа плавали по Балтийскому морю и его заливам. На «Цесаревиче» к этому времени полностью сменился экипаж. Работы по переоборудованию корабля в учебные фактически проведены не были, методик плавания без лоцманов по мелководным заливам Балтийского моря на существовало, равно как не существовало отработанных методик обучения корабельных гардемарин и строевых унтер-офицеров, ради чего, собственно, отряд и был сформирован. Все приходилось делать на ощупь, анализируя опыт минувшей войны и стараясь забыть ее позорные результаты... 20 августа отряд, закончив учения в Балтийском море, вышел в заграничное плавание. Посетив по дороге Киль и Берген, «Цесаревич» вместе со «Славой» и «Богатырем» прибыл 10 сентября 1906 года в Печенгскую бухту на Мурмане.

16 сентября отряд перешел в Екатерининскую гавань, а затем, пройдя Кильденским проливом, зашел в Териберку и 20 сентября вышел в обратный путь на Балтику. Утром 21 сентября «Цесаревич» вместе с остальными кораблями отряда встал на якорь в норвежском порту Варде. В Норвегии отряд пробыл до 10 октября, посетив Гаммерфест, Тромсе и Тронхейм, проводя при этом различные учения, главным образом, шлюпочные. 10 октября отряд, обойдя