Вряд ли стоит сомневаться, что эпос в том виде, в котором он нам известен, состоит из различных мифов и народных сказаний, сведенных воедино вокруг центральной фигуры Гильгамеша.

Следующий эпизод повествует о приключениях Гильгамеша и Энкиду, когда они отправляются на битву с огнедышащим великаном Хувавой (или Хумбабой, в ассирийском варианте). Как Гильгамеш говорит Энкиду, они должны «изгнать зло с нашей земли». Вероятно, эти истории о приключениях Гильгамеша и его верного друга Энкиду легли в основу греческого мифа о подвигах Геракла, хотя некоторые ученые полностью отрицают такую возможность. В эпосе Хувава охраняет кедровые леса Амана, которые простираются на шесть тысяч лиг. Энкиду пытается отговорить своего друга от столь опасного предприятия, но Гильгамеш полон решимости осуществить задуманное. С помощью богов, после труднейшей битвы, им удается отрубить великану голову. В этом эпизоде кедровые леса описаны как владения богини Ирнини (еще одно имя Иштар), тем самым этот эпизод эпоса соединяется со следующим.

Когда Гильгамеш с триумфом возвращается, богиня Иштар пленяется его красотой и пытается сделать его своим возлюбленным. Однако он грубо отвергает ее, напоминая о печальной судьбе ее предыдущих возлюбленных. Разъяренная отказом, богиня просит Ану отомстить за нее, создав волшебного Быка и послав его разрушить царство Гильгамеша. Бык наводит ужас на жителей Урука, но Энкиду убивает его. После этого боги собираются на совет и решают, что Энкиду должен умереть. Энкиду снится сон, в котором он видит, как его увлекают в преисподнюю и Нергал превращает его в призрак. Этот эпизод содержит в себе очень любопытный момент – описание семитского представления о преисподней. Оно стоит того, чтобы его привести здесь:

После этого Энкиду заболевает и умирает. Далее идет яркое описание горя, которое охватило Гильгамеша, и погребального ритуала, который он совершает по своему другу. Этот ритуал сходен с тем, который совершает Ахилл по Патроклу. В самом эпосе высказывается предположение, что смерть – это новый, очень мучительный опыт. Гильгамеш опасается, что и его постигнет участь Энкиду. «Когда я умру, разве я не стану как Энкиду? В меня вселился ужас. Страшась смерти, я брожу по пустыне». Он полон решимости отправиться на поиски бессмертия, и рассказ о его приключениях составляет следующую часть эпоса. Гильгамеш знает, что его предок Утнапиштим – единственный смертный, который обрел бессмертие. Он решает найти его, чтобы узнать секрет жизни и смерти. В начале путешествия он приходит к подножию горной гряды, которая называется Машу, вход туда охраняется человеком-скорпионом и его женой. Человек-скорпион говорит ему, что ни один смертный еще не переходил через эту гору, и предупреждает об опасностях. Но Гильгамеш сообщает о цели своего путешествия, тогда страж дает ему пройти, и герой идет дорогой солнца. Целых двенадцать лиг он бредет в темноте и, наконец, добирается до Шамаша, бога солнца. Шамаш говорит ему, что его поиски тщетны: «Гильгамеш, сколько бы ты ни бродил по свету, ты не найдешь вечной жизни, которую ищешь». Ему не удается переубедить Гильгамеша, и тот продолжает свой путь. Он приходит на берег моря и вод смерти. Там он видит еще одного стража, богиню Сидури, которая тоже пытается уговорить его не пересекать мертвое море и предупреждает, что никто, кроме Шамаша, не может сделать это. Она говорит, что стоит наслаждаться жизнью, пока есть такая возможность:

Эти строки перекликаются со строками Книги Екклесиаста. Невольно на ум приходит мысль о том, что еврейский моралист был знаком с этим отрывком эпоса.

Но герой отказывается прислушаться к совету Сидури и движется к завершающему этапу своего путешествия. На берегу он встречается с Уршанаби, который был рулевым на корабле Утнапиштима, и приказывает перевезти его через воды смерти. Уршанаби говорит Гильгамешу, что он должен пойти в лес и срубить сто двадцать стволов длиной в шесть локтей каждый. Он должен использовать их поочередно как понтонные шесты, чтобы самому ни в коем случае не дотрагиваться до вод смерти. Он следует совету Уршанаби и, наконец, добирается до жилища Утнапиштима. Он сразу же просит Утнапиштима сказать ему, как он получил бессмертие, которое он так страстно желает обрести. В ответ его предок рассказывает ему историю о потопе, с которой мы уже познакомились, и подтверждает все, что ему уже сказали человек-скорпион, Шамаш и Сидури, а именно: что боги приберегли бессмертие для себя и приговорили к смерти большую часть людей. Утнапиштим показывает Гильгамешу, что он даже не может сопротивляться сну, а уж тем более вечному сну смерти. Когда разочарованный Гильгамеш уже готов уйти, Утнапиштим в качестве прощального дара рассказывает ему о растении, которое обладает чудесным свойством: оно возвращает молодость. Однако, чтобы добыть это растение, Гильгамешу придется нырнуть на дно моря. Гильгамеш выполняет это и возвращается с чудодейственным растением. По дороге в Урук Гильгамеш останавливается у пруда, чтобы искупаться и сменить одежду; пока он купается, змей, почувствовав запах растения, уносит его, сбросив при этом кожу. Эта часть истории явно носит этиологический характер, объясняя, почему змеи могут, скинув кожу, начать жизнь заново. Таким образом, путешествие не принесло успеха, и этот эпизод завершается описанием того, как безутешный Гильгамеш сидит на берегу и жалуется на собственную невезучесть. Он возвращается в Урук с пустыми руками. Вполне вероятно, что первоначально на этом эпос и завершался. Однако в том варианте, в котором он известен нам сейчас, имеется еще одна табличка. Профессора Крамер и Гэдд доказали, что текст этой таблички является переводом с шумерского. Также доказано, что начало этой таблички является продолжением еще одного мифа, составной части «Эпоса о Гильгамеше». Это миф о Гильгамеше и дереве хулуппу. Судя по всему, это этиологический миф, объясняющий происхождение священного барабана-пукку и его использования в разного рода обрядах и ритуалах. Согласно ему, Инанна (Иштар) привезла дерево хулуппу с берегов Евфрата и посадила его у себя в саду, намереваясь сделать из его ствола себе кровать и стул. Когда враждебные силы помешали ей исполнить собственное желание, на помощь ей пришел Гильгамеш. В благодарность она подарила ему «пукку» и «микку», сделанные соответственно из основания и кроны дерева. Впоследствии ученые стали считать эти предметы магическим барабаном и магической барабанной палочкой. Следует отметить, что большой барабан и его барабанные палочки играли важную роль в аккадских ритуалах; описание процедуры его изготовления и ритуалов, сопровождавших ее, приведено в книге Тюро-Данжена «Аккадские ритуалы». В аккадских ритуалах использовались и барабаны меньшего размера: вполне возможно, «пукку» был одним из таких барабанов.