За внешними успехами последовали большие внутренние перемены. В 1467 г. великий князь овдовел, а два года спустя начал свататься за племянницу последнего византийского императора, царевну Софью Фоминичну Палеолог. Переговоры тянулись три года. 12 ноября 1472 г. невеста наконец приехала в Москву. Свадьба состоялась в тот же день. Этот брак Московского государя с греческою царевною был важным событием русской истории. Вместе с Софьей при московском дворе утвердились многие порядки и обычаи византийского двора. Церемониал стал величественнее и торжественнее. Сам великий князь вдруг как-то возвысился в глазах современников, которые заметили, что Иван после брака на племяннице византийского императора явился вдруг самовластным государем и возвысился до царственной недосягаемой высоты, перед которою боярин, князь и потомок Рюрика и Гедемина должен был благоговейно преклониться наравне с последним из подданных. Именно в то время Иван III стал внушать страх одним своим видом. Женщины, говорят современники, падали в обморок от его гневного взгляда. Придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они неподвижно стояли вокруг, не смея кашлянуть или сделать неосторожное движение, чтобы не разбудить его.

В 1474 г. Иван выкупил у ростовских князей оставшуюся еще у них половину их княжества. Однако гораздо более важным событием было окончательное покорение Новгорода. В 1477 г. в Москву приехали два чиновника новгородского веча. В своей челобитной они называли Ивана и его сына государями, тогда как прежде все новгородцы именовали их господами. Великий князь ухватился за это и 24 апреля отправил своих послов спросить: какого государства хочет Великий Новгород? Новгородцы на вече отвечали, что не называли великого князя государем и не посылали к нему послов говорить о каком-то новом государстве, весь Новгород, напротив, хочет, чтобы все оставалось без перемены, по старине. Иван пришел к митрополиту с вестью о клятвопреступлении новгородцев: «Я не хотел у них государства, сами присылали, а теперь запираются и на нас ложь положили». То же объявил матери, братьям, боярам, воеводам и по общему благословению и совету вооружился на новгородцев. Московские отряды распущены были по всей Новгородской земле от Заволочья до Наровы и должны были жечь людские поселения и истреблять жителей. Для защиты своей свободы у новгородцев не было ни материальных средств, ни нравственной силы. Они отправили владыку с послами просить у великого князя мира и правды. Условия, на которых тот предложил им мир, означали полный отказ от былой воли. Послам объявили волю Ивана: «Вече и колоколу не быть, посаднику не быть, государство Новгородское держать великому князю точно так же, как он держит государство в Низовой земле, а управлять в Новгороде его наместникам». Новгородцы должны были по неволе согласиться на все. 15 января 1478 г. все горожане были приведены к присяге на полное повиновение великому князю. Вечевой колокол был снят и отправлен в Москву.

В марте 1478 г. Иван III возвратился в Москву, благополучно завершив все дело. Но уже осенью 1479 г. ему дали знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром Польским, зовут его к себе, и король обещает явиться с полками, причем сносится с Ахматом, ханом Большой Орды, и зовет его на Москву. К заговору оказались причастны братья Ивана. Положение было нешуточным и, вопреки своему обычаю, Иван стал действовать быстро и решительно. Он утаил свое настоящее намерение и пустил слух, будто идет на немцев, нападавших тогда на Псков, даже сын его не знал истинной цели похода. Новгородцы между тем, понадеявшись на помощь Казимира, прогнали великокняжеских наместников, возобновили вечевой порядок, избрали посадника и тысяцкого. Великий князь подошел к городу с Аристотелем Фиораванти, который поставил против Новгорода пушки: и начал обстрел города. Тем временем великокняжеская рать захватила посады, и Новгород очутился в осаде. В городе поднялась безладица. Многие сообразили, что нет надежды на защиту и поспешили заранее в стан великого князя. Руководители заговора, не в силах будучи обороняться, послали к Ивану просить «спаса», то есть грамоты на свободный проезд для переговоров. «Я вам спас, – сказал великий князь, – я спас невинным; я государь вам, отворите ворота, войду – никого невинного не оскорблю».

Новгородцы отворили ворота и сдались на полную волю победителя. На этот раз условия мира оказались намного тяжелее: москвичи казнили многих участников мятежа, более тысячи семей купеческих и детей боярских было выслано и поселено в Переславле, Владимире, Юрьеве, Муроме, Ростове, Костроме, Нижнем Новгороде. Через несколько дней после того московское войско погнало более семи тысяч семей из Новгорода в Московскую землю. Все недвижимое и движимое имущество переселенных сделалось достоянием великого князя. Немало сосланных умерли по дороге, так как их везли зимой, не давши собраться; оставшихся в живых расселили по разным посадам и городам: новгородским детям боярским давали поместья, а вместо них поселяли в Новгородскую землю москвичей.

Расправившись с Новгородом, Иван поспешил в Москву. Положение его оставалось очень затруднительным – со всех сторон приходили вести, что на Русь двигается хан Большой Орды. Фактически Русь была независима от Орды уже много лет, но формально последнее слово еще не было сказано. Русь крепла – Орда слабела, но продолжала оставаться грозной силой. В 1480 г. хан Ахмат, заслышав о восстании братьев великого князя и согласившись действовать заодно с Казимиром Литовским, выступил на московского князя. Получив весть о движении Ахмата, Иван выслал полки на Оку, а сам поехал в Коломну. Но хан, видя, что по Оке расставлены сильные полки, взял направление к западу, к литовской земле, чтоб проникнуть в Московские владения через Угру; тогда Иван велел сыну Ивану и брату Андрею Меньшему спешить туда; князья исполнили приказ, пришли к Угре прежде татар, отняли броды и перевозы. Ахмат, не пускаемый за Угру полками московскими, все лето хвалился: «Даст Бог зиму на вас: когда все реки станут, то много дорог будет на Русь». Он стоял на Угре до 11 ноября, как видно, дожидаясь обещанной литовской помощи. Но тут начались лютые морозы, так что нельзя было стерпеть; татары были наги, босы, ободрались за лето. Литовцы так и не пришли, отвлеченные нападением крымцев, и Ахмат не решился преследовать русских дальше на север. Он повернул назад и ушел обратно в степи.

Современники и потомки восприняли стояние на Угре как зримый конец ордынского ига. Затем наступила очередь давнего соперника Москвы – Твери. В 1484 г. в Москве узнали, что князь Михаил Борисович Тверской начал держать дружбу с Казимиром Литовским и женился на внучке последнего. Иван III объявил Михаилу войну. Москвичи попленили Тверскую волость, взяли и сожгли города. Литовская помощь не являлась, и Михаил принужден был просить мира. Иван дал мир, по которому тверской князь обещал не иметь никаких отношений с Казимиром и Ордою. Но в том же 1485 г. был перехвачен гонец Михаила в Литву. На этот раз расправа была скорее и жестче. 8 сентября московское войско обступило Тверь, 10 были зажжены посады, а 11 тверские бояре, бросив своего князя, приехали в лагерь к Ивану и били ему челом на службу. Михаил Борисович ночью убежал в Литву, видя свое изнеможение. Тверь присягнула Ивану, который посадил в ней своего сына. Вслед затем в 1489 г. была окончательно присоединена Вятка.