Центральные органы габсбургской монархии, а «по совместительству» и эрцгерцогства Австрии, больше всего вмешивались в дела австрийских провинций, в первую очередь, Нижней и Верхней Австрии, где Фердинанд I значительно ограничил власть сословий. Назначаемые эрцгерцогом главы провинций — Landeshauptmann (в Нижней Австрии — Landmarschall) — выполняли административные и судебные функции, и держали под своим контролем сословияПри этом в Нижней Австрии влияние центральных органов власти было больше, чем в других провинциях эрцгерцогства

Фердинанд I учредил в Нижней Австрии должность наместника, который в качестве чиновника государя, управлял владениями казны и доходами короны. С иси политические стремления сословия эрцгерцогства реализовали с помощью ландтагов; а в периоды между работой ландтагов их функции выполнял выборный сословный комитет. Поскольку в руках сословий находилось исполнение распоряжений эрцгерцога, то они, обладая определенной исполнительной властью, могли реально ограничивать власть центральных органов.

В Чешском королевстве позиции сословий были особенно сильны. Поэтому Фердинанд I, стремясь избежать в первое время открытого столкновения с ними, сохранил существовавшие там ранее органы власти, однако, постепенно изымал из их ведения некоторые дела. Чешская канцелярия продолжала существовать, но для ведения финансовых дел король учредил в Праге новое казначейство. Позже Фердинанд I организовал в Вене особое отделение — Чешскую канцелярию, которую возглавил чешский вице-канцлер. Таким образом, королю удалось уменьшить влияние Пражской канцелярии и решать все главные чешские дела с помощью Чешской канцелярии в Вене. В 1548 г., после чешского восстания 1547 г., Фердинанд I учредил постоянный королевский верховный (апелляционный) суд, где вершились дела, касающиеся дворян, горожан и крестьян. Этот щаг двора пробил брешь в судебной власти сословий.

В королевстве Венгрия с вступлением на престол Габсбургов помимо традиционных органов появились новые институты, связанные в первую очередь с тем, что король постоянно отсутствовал в королевстве. Так, была введена должность наместника, назначаемого королем. Наместнический совет (правительство) под руководством наместника вел повседневные дела королевства. В то же время пост надора на долгое время оказался вакантным. Поскольку надор был первым должностным лицом в государстве и посредником между королем и сословиями, то, оставляя эту должность вакантной, король старался уменьшить влияние сословий на государственное управление.

Реформы Фердинанда I коснулись и финансовой сферы: в 50-х годах XVI в. король помимо Венгерского казначейства образовал на территории королевства еще одно — Сепешское — для восточных районов страны, которое подчинялось Венгерскому. Однако все новые финансовые органы Венгрии находились в зависимости от Венского казначейства. Более того, Фердинанд I предоставил право вмешиваться в управление доходами венгерского королевства региональному — нижнеавстрийскому — казначейству. В результате устанавливался постоянный контроль со стороны двора за венгерскими органами управления и утрачивался принцип равноправия инкорпорированных стран.

Преобразования Фердинанда I создали базу для существования нового государственного объединения. Основанные им центральные органы управления набирали все больший вес. Возникновение новой административной системы вело не только к ожидаемым двором результатам — упорядочиванию управления и сближению (пусть невольному) вошедших в Габсбургскую монархию земель. Оно имело и иные последствия — способствовало обострению отношений между сословиями и государем, которое вылилось в ряд антигабс-бургских выступлений. Но в то же время политика Габсбургов, направленная на централизацию своих новых владений, дала возможность сословиям инкорпорированных стран наладить между собой более близкие контакты, что в начале XVII в. привело к их объединению в борьбе с Габсбургами.

Несмотря на утверждение власти австрийских Габсбургов в Центральной Европе основное внимание династии вплоть до начала XVIII в. было сосредоточено на Священной Римской империи германской нации. Можно сказать, что Австрия, Венгрия и Чехия являлись для династии плацдармом для реализации ее интересов в империи. Очень часто имперские дела превалировали для Австрийского Дома над нуждами инкорпорированных стран. Конечно же, сословия габсбургской монархии отмечали «имперский крен» в политике правящего Дома, и сложившееся положение их мало устраивало.

На рубеже XVI-XVII вв. страны, составившие габсбургское государство, являлись сословно-представительными монархиями. Однако в конце XVI в. в центральноевропейских владениях австрийских Габсбургов начал складываться абсолютизм. В этом столетии условия для абсолютизма во владениях австрийской династии до конца объективно еще не сложились: политические противники абсолютизма — сословия подвластных земель— были еще очень сильны. Однако Габсбурги форсировали естественный ход истории, насильственно утверждая свою абсолютную власть.

Между тем к моменту описываемых событий сословно-представительная монархия в Австрии, Венгрии и Чехии до конца еще не исчерпала свои возможности. Ее сложившиеся формы там были далеки от классической, к тому же к концу XVI в. они еще не достигли зрелости. Если сравнить «классическую» французскую модель с австрийской, чешской и венгерской, мы увидим много различий и заметим.

что сословная монархия стран, подвластных Габсбургам, не прошла все стадии формирования подобно французской. Так, централизация — один из основных этапов развития феодального общества, являвшийся шагом, в частности, к сословно-представительной монархии, в одной из частей нового государственного объединения — австрийских землях — ко времени создания габсбургской монархии не была до конца завершена, и органы центрального управления еше находились в процессе становления. В эрцгерцогстве вплоть до конца XVI в. сушествовали органы управления только для отдельных земель — Нижней, Верхней, Передней Австрии, Штирии и др. Общий для всех земель ландтаг собирался лишь однажды.

Города ни в Австрии, ни в Венгрии не стали опорой центральной власти из-за своей экономической слабости, а горожане не превратились в сильное сословие — оплот эрцгерцогов-королей в их противостоянии крупным феодалам. Лишь в Чешском королевстве города экономически являлись более развитыми, а бюргерство уже сложилось как самостоятельная политическая сила.

Расслоение, произошедшее в результате развития товарно-денежных отношений в среде феодалов, не привело его разорившуюся часть к службе в государственном аппарате. Этому во многом способствовала конфискация церковных земель, проводившаяся в Чехии в ходе гуситских войн и реформации в Австрии и Венгрии. Кроме того, в Венгрии из-за войн с османами в XVI в. оживились вассально-сеньориальные отношения, мелкое и среднее дворянство потянулось к магнатам, лишив тем самым королей союзников. Бюрократия — полностью зависимый от монарха слой — в XVI в. только начала складываться в странах габсбургского государства. Таким образом, можно говорить о задержке в эволюции государственного аппарата во владениях австрийских Габсбургов по сравнению с Западной Европой.