Эти публичные высказывания отражали сильные подозрения внутри Политбюро относительно намерений Запада. Историк ЦРУ Б. Фишер приводит секретное письмо, датированное декабрем 1983 г., написанное министром обороны и председателем КГБ после анализа информации, зарегистрированной в «черных ящиках» сбитого «Боинга-747». Это письмо было опубликовано президентом России Б. Ельциным в 1992 г:

«Оценка фактических материалов, полученных в результате анализа записей бортовых самописцев, и позиция американской администрации, занятая после уничтожения самолета, подтверждают тот факт, что мы столкнулись с тщательно спланированной крупномасштабной политической провокацией, организованной разведывательным сообществом Соединенных Штатов и имевшей двоякую цель. Во-первых, вторжение самолета в воздушное пространство СССР создавало условия, благоприятные для сбора информации о наших объектах ПВО на Дальнем Востоке с помощью различных средств, включая разведывательный спутник «Феррет». Если бы нарушитель безнаказанно пересек советское воздушное пространство, это, возможно, послужило бы для американцев поводом начать кампанию обличения неэффективности нашей ПВО на Дальнем Востоке. Во-вторых, в случае воспрещения полета советскими средствами, в готовности к запуску находилась глобальная антисоветская кампания но осуждению Советского Союза».

Л.A. Вторыгин вспоминает, что у него не было сомнений относительно цели второго нарушения советского воздушного пространства корейским гражданским самолетом: «Полет корейского авиалайнера в воздушном пространстве СССР имел целью активировать советские средства ПВО и собрать разведывательную информацию по этим средствам. Самолет пролетел над Камчаткой, и вроде бы ничего не случилось. Советское верховное командование не могло сразу взять ответственность за отдание приказа на уничтожение самолета. Потом Москва приняла решение сбить самолет. Мы не хотели выглядеть опозоренными (после предыдущих нарушений воздушного пространства) перед советскими людьми из-за неспособности защитить наше небо. Я почувствовал некоторую удовлетворенность, когда мы это сделали».

Фактически советская военная машина находилась тогда в большом напряжении. Учения ВМС США, проведенные весной 1983 г. недалеко от Камчатки, привели к повышению степени боевой готовности советских сил в Тихоокеанско-Дальневосточном регионе. Москва официально опротестовала нарушение своего воздушного пространства американскими самолетами, которые якобы несколько раз вторгались в советское воздушное пространство на глубину примерно 20 миль. Как указывает Фишер, «советская ПВО находилась в повышенной готовности весь оставшийся период весны и все лето, может быть, даже дольше, а некоторые старшие офицеры были переведены к новому месту службы, получили взыскания или были уволены».

Сбитый самолет еще не был найден. Южная Корея попросила США и Японию быть ее представителями в операциях по поиску и подъему самолета, и уполномочила их противодействовать любой попытке подъема самолета в международных водах. Совместная американо-японская экспедиция из шести исследовательских судов, защиту которой обеспечивала «Ударная группа 71» в составе крейсера, двух эсминцев, пяти фрегатов и двух вспомогательных судов, безуспешно вела поиски в районе к северу и северо-западу от острова Монерон. Советские корабли сосредоточили свои усилия на поиске в советских территориальных водах.

Спасательную операцию с советской стороны, в которой участвовали как военные, так и гражданские средства, возглавлял адмирал В.В. Сидоров, командующий советским Тихоокеанским флотом. Сначала в район поисков прибыли военные водолазы, после 15 сентября к ним присоединились гражданские водолазы, прибывшие из Севастополя. В своем докладе командир американской ударной группы описал действия советской стороны:

«В течение шести дней с момента падения самолета южнокорейской авиакомпании, Советский Союз направил в район общих поисков шесть кораблей. За восемь последующих недель наблюдения со стороны американских военных кораблей в районе поиска и спасения это число возросло до приблизительно 19 советских военных, относящихся к военным, и коммерческих (но, безусловно, подчиненных военным) кораблей. Количество советских кораблей в районе поиска и спасения в этот период варьировалось ежедневно от минимум шести до максимум тридцати двух; в этот период в операции участвовали не менее сорока восьми различных кораблей не менее сорока различных классов».

После этих событий, приведших к гибели южнокорейского самолета, Россия отчаянно старалась улучшить свой имидж на международной арене. 16.10.1992 г. российская газета «Известия» напечатала пять секретных документов, относящихся к происшествию с корейским «Боингом-747». Ранее совершенно секретные, они были опубликованы по указанию президента Б. Ельцина. Эти документы свидетельствуют, что советские перехватчики не пытались войти в контакт с южнокорейским самолетом и не делали предупредительных выстрелов; в документах говорится, что СССР, обнаружив останки самолета примерно в 5 милях от советских территориальных вод на глубине 180 метров, в полной секретности поднял «черные ящики» самолета. В документах также говорится об «Имитации поиска в Японском море», целью которого было направить усилия США и Японии по определению местонахождения останков самолета по ложному следу. В этой связи на начальной стадии поисков, когда СССР еще не знал точного местонахождения останков самолета, советские корабли создавали трудности для американских кораблей. В 1991 г. исследовательская группа Республиканской партии в Комитете конгресса США по иностранным делам дала такое описание подобных нарушений:

«Советские военные корабли и вспомогательные суда совершили много серьезных нарушений соглашения 1972 г. «О предотвращении инцидентов на море»... таких, как преднамеренная попытка таранить некоторые корабли США и их союзников, подача ложных сигналов флажками и ложных световых сигналов, захват целей радарами советских систем оружия... отправка вооруженной высадочной группы с угрозой высадки на японское вспомогательное судно, арендованное США. Русские провели учения к северо-востоку от острова Монерон с реальными стрельбами корабельной артиллерии; они направили бомбардировщики «Бэкфайр», вооруженные ядерными ракетами «воздух—поверхность», с целью запугивания поисковой группы ВМС США... перемещали маркеры американских гидролокаторов... манипулировали поисковыми усилиями ВМС США, вынуждая их вести поиск фальшивых датчиков на дне моря в международных водах с очень большими глубинами».

В своей книге «Спасение № 007: нерассказанная история о рейсе «КАЛ» № 007 и уцелевших в этом рейсе» писатель Б. Шлоссберг утверждает, что большая часть членов экипажа и пассажиров должна была остаться в живых после падения самолета. В пользу этого предположения говорит то, что ни тела пассажиров, ни их багаж не были обнаружены ни в останках самолета, ни рядом с ними. Он предполагает, что самолет мог совершить аварийную посадку на воду, а советские пограничники могли спасти оставшихся в живых пассажиров и подобрать оказавшиеся на плаву чемоданы. Это мнение более чем сверхординарное, поскольку трудно поверить в то, что советские власти предпочли держать пассажиров рейса № 007 в пленниках, а пятью годами ранее в аналогичном случае с южнокорейским самолетом отпустили пассажиров рейса № 092. Еще более невероятным кажется то, что подобный секрет мог сохраниться в тайне после развала Советского Союза. Советские комментаторы сначала предположили, что на борту «КАЛ» № 007 вообще не было пассажиров — точка зрения, которой до сих пор придерживается контр-адмирал И. Иванов, бывший сотрудник контрразведки. В таком случае что могло случиться с самыми натуральными людьми, которые поднялись на борт самолета?