В конце мая 1945 года к двум орденам Ленина, трем орденам Красного Знамени, ордену Суворова 1-й степени и Кутузова 1-й степени генерала Серова добавляется звание Героя Советского Союза (плюс орден Ленина и медаль «Золотая Звезда»).

В феврале 1947 года Серов получил новое назначение на должность первого заместителя министра внутренних дел. И прибыв в начале апреля в Москву, он развернул борьбу против Абакумова с новой силой… Потому что тот, кроме всего прочего, взялся проверять родословную генерала Серова. Как считает Н. Петров, «тут как нельзя кстати оказались находки, сделанные еще в годы войны В. Ф. Коротковым, начальником отделения отдела секретных фондов Главного архивного управления, входившего тогда в состав НКВД, из которых следовало, что отец Серова был царским жандармом. Разбирая картотеку, Коротков нашел сведения сразу о двух сотрудниках Вологодского губернского жандармского управления (ГЖУ). Это были Серов Александр Павлович, 1870 года рождения, сотрудник ГЖУ с 1907 по 1913 год, и Серов Александр Павлович (год рождения неизвестен), работавший там же с 1911 по 1917 год.

Коротков быстро выяснил, что дела на них хранятся в архиве УМВД по Вологодской области в фонде 35 (дело 1750) и в фонде 17 (дело 330). После чего предусмотрительно снял копии с карточек и в конце 1944 года доложил начальству. Его непосредственный начальник Гордеев доложил о находке начальнику Главного архивного управления И. И. Никитинскому. А потом якобы сообщил Короткову, что речь идет действительно об отце заместителя наркома Серова. Но в тот момент дальнейшего развития история не получила. Возможно, потому, что в том же архивном отделе работала и родная сестра Серова Христина. Вероятнее всего, Серов узнал о происходящем и принял меры.

Перейдя после войны на работу в МГБ, Коротков показал копии карточек начальнику 1-го отдела 5-го управления Агаянцу. Об этом немедленно доложили министру Абакумову, который тут же вызвал бывшего архивиста к себе. Абакумов подробно расспросил Короткова и дал задание проверить Серова по архивам МГБ и в Вологде.

Через два дня после этой встречи Коротков и Агаянц были направлены в Вологодский архив. Однако Агаянц явно тяготился своей миссией и по дороге распекал Короткова за это «грязное дело» и осторожно похваливал Серова. В Вологде выяснить удалось немногое. В архиве обнаружились две точно такие же карточки, как и в Москве, но дела № 1750 на месте не оказалось. Потерялось и второе дело — в папке под номером 330 хранилось нечто совершенно постороннее. Ничего не смог прояснить и начальник архива, который на все вопросы отвечал, что он лишь недавно на этой работе.

Мало что дало и посещение города Кадникова, где будто бы служил первый А. П. Серов. Выяснилось, что отец Серова владел там хутором с пашней, лесом и лугом, а перед первой мировой войной строил двухэтажный особняк. Но никаких документов, подтверждающих, что он был жандармом, найти не удалось.

Примерно такой же результат дали и поиски второго А. П. Серова, служившего в ГЖУ. Агаянц и Коротков побывали в селе Залесье, удостоверились, что тот, кого они ищут, действительно там жил, затем был сослан и навсегда исчез.

В Москву Агаянц и Коротков вернулись практически ни с чем. Если бы Абакумов смог доказать, что отец Серова — жандарм, противник был бы повержен. Однако дело, которое казалось министру госбезопасности столь перспективным, лопнуло как мыльный пузырь. Абакумов понял, что нужны более серьезные шаги против Серова, чтобы заставить его утихнуть надолго».

После ареста начальника отдела правительственной связи МВД И. Я. Воробьева, уже в октябре 1947 года Абакумов докладывал Сталину, что курирующий работу этого отдела Серов в декабре 1942-го давал указания готовить ежедневную справку обо всех разговорах Верховного Главнокомандующего. Такие справки составлялись вплоть до конца 1944-го. И только после выезда Серова на фронт составление их прекратилось.

По мнению историка Н. Петрова, «это было очень похоже на несанкционированное прослушивание разговоров, и не кого-нибудь, а самого Верховного. За такое Серов мог жестоко поплатиться.

23 октября 1947 года Абакумов наносит еще один удар. Официальным письмом он сообщает Сталину и секретарю ЦК ВКП(б) A.A. Кузнецову о фактах взяточничества со стороны работников московской милиции. Органы милиции в МВД курирует первый заместитель министра Серов.

Абакумов понимает, что удары должны следовать один за другим. 29 ноября 1947 года он направляет Сталину и Кузнецову новое письмо. На этот раз о случаях мародерства, хищений и присвоения ценностей бывшим начальником оперативного сектора МВД в Тюрингии генерал-майором Г. А. Бежановым. В приложенной к письму справке сообщалось, что Бежанов изъял шкатулку с драгоценностями у немецкого генерала Гертмана и присвоил ее. Абакумов обвинял Бежанова и в том, что тот отпускал на свободу нацистов, которые соглашались уступить ему свое имущество. Упоминались и другие преступления, например необоснованные аресты немцев, проводимые оперсектором в Тюрингии (десять человек покончили с собой, находясь под стражей), а также широко практикуемые Бежановым провокации с созданием «подпольных нацистских групп». Немцев, которые отказывались в этом участвовать, люди Бежанова попросту убивали. О реакции Сталина можно судить по резолюции на письме. По обыкновению Абакумов устные резолюции Сталина сам записывал на прочитанных вождем бумагах. В этот раз он написал: «Предложено арестовать Бежанова. Указание о том мною получено лично от т. Сталина 6.12.47».

Уже первые результаты допросов Бежанова несказанно обрадовали Абакумова. 28 января 1948 года он сообщил Сталину: «Бежанов дал показания о том, что Серов присваивал ценности и переправлял их в СССР». Бежанов рассказал о захваченных людьми Серова в Рейхсбанке при штурме Берлина мешках с деньгами. Германские рейхсмарки были пущены Серовым якобы на «оперативные расходы»..

В этом же письме Абакумов просил санкции на арест бывших начальников оперсекторов Саксонии и Берлина генералов С. А. Клепова и А. М. Сиднева и, помимо них, М. А. Хренкова — адъютанта Серова с ноября 1942 по август 1947 года. Сталин санкцию дал».

Теперь наступила очередь Серова, и 8 февраля 1948 года он пишет второе письмо Сталину:

«Я извиняюсь, товарищ СТАЛИН, что еще раз вынужден беспокоить Вас, но сейчас сложилась такая обстановка вокруг меня, что решил написать Вам.

С тех пор, как я послал Вам, товарищ СТАЛИН, объяснительную записку по поводу лживых показаний БЕЖАНОВА, АБАКУМОВ арестовал до 10 человек из числа сотрудников, работавших со мной и в том числе двух адъютантов. Сотрудники МГБ и МВД СССР знают об этих арестах, «показаниях» и открыто говорят, что АБАКУМОВ подбирается ко мне.

Я работаю по-прежнему, не обращая внимания на происходящее, однако, считаю необходимым доложить Вам об этом, товарищ СТАЛИН, т. к. уверен, что АБАКУМОВ докладывает неправду.

Этой запиской я хочу рассказать несколько подробнее, что из себя представляет АБАКУМОВ.

Насколько мне известно, в ЦК ВКП(б) делались заявления о том, что АБАКУМОВ в целях карьеры готов уничтожить любого, кто встанет на его пути. Эта истина известна очень многим честным людям.