Самая ранняя из них — «Степенная книга с добавлениями выписок из хронографов (от царствования Федора Иоанновича до царствования Василия Шуйского)». По всей вероятности, именно она была использована М. В. Ломоносовым при составлении «Краткого российского летописца» для изложения событий времен Ивана Калиты. Книга имеет на полях карандашные пометы, сделанные М. В. Ломоносовым. «Степенная книга…» была написана в 1671 году, о чем говорит экслибрис XVII века, помещенный на листе седьмом (об.) в разноцветной рамке. Этот рукописный экслибрис гласит: «Сия книга, глаголемая Степенная, Степана Герасимовича Дохтурова. Лета 7180 (1671) году, месяца сентебря в первый день». Кроме этого, на листе 754-м следующая запись: «Лета 7114 (1606) июня в 3 день на память великомученика Лукьяна», а на обороте этого листа: «Сия книга, глаголемая Летописец Сильвестр Артемьевич Огибанов; Книга господня, глаголемая Летописец государя Ивана Федорова сына Михаила».

Заслуживает также внимания вторая рукопись — сочинение Федора Поликарпова «История о владении российских великих князей в кратце. О царствовании десяти российских царей, а наипаче всероссийского монарха Петра Алексеевича (тем именем) Первого и его войне против свейского короля Карола Второго на Десят пространнее описуюшая». В этой книге, написанной в 1715 году, автор подробно излагает историю России, начиная с древних славян, описанных еще при Александре Македонском. Третья книга — «Лексикон латинский с русским толкованием речей» (№ 3 в каталоге). Четвертая — «Латинско-русский словарь».

Живя в Лондоне в 1698 году, Яков Брюс общался с крупнейшими учеными Королевского общества, впитывая все то новое, что было достигнуто научными исследованиями.

Ньютон, тогда уже признанный авторитет в научном мире, именно в 1680-е годы акцентировал свое внимание на астрономии и оптике. В 1671 году им был представлен в Лондонское общество зеркальный телескоп. В 1687 году появляется эпохальный труд Ньютона «Математические начала натуральной философии». И это определяет круг интересов Брюса в 1698 году: математика, механика, астрономия, оптика. Как уже отмечалось, во время пребывания в Англии он близко общался с директором Гринвичской обсерватории Джоном Флэмстидом. Этот ученый был принят в число членов Лондонского королевского общества в 1676 году и вскоре стал королевским астрономом, работавшим в недавно построенной обсерватории в Гринвиче. Но она не была подчинена обществу, будучи сугубо частным королевским учреждением. К постройке обсерватории короля побудила надежда, что с ее помощью будет быстро найден способ определения долготы мест, столь необходимый для нужд мореплавания. Но хотя здание в Гринвиче было построено очень быстро, король относился к своей обсерватории с тем же пренебрежением, какое он проявлял и к научному обществу. За 15 лет не было куплено ни одного инструмента, и Флэмстид располагал лишь тем, что получал в дар от частных лиц. Лишь благодаря исключительной энергии и самоотверженному труду Флэмстида обсерватория в Гринвиче, которую он возглавлял до 1719 года, смогла начать серию замечательных по своей точности наблюдений. Через 150 лет первый директор Пулковской обсерватории, астроном В. Я. Струве назвал их «основой наших астрономических знаний». Пик расцвета деятельности обсерватории Флэмстида пришелся именно на конец 1690-х годов. При этом посчастливилось присутствовать Брюсу.

Не случайно, вернувшись из Англии, Яков Вилимович направляет научные устремления Петра, и не только в области астрономии. Брюс по праву становится консультантом царя в разных отраслях.

С. П. Луппов писал: «…Брюсу поручались должности, требовавшие инженерного образования и хорошего знания иностранных языков. Высокообразованных людей при дворе Петра было немного, и поэтому он стремился как можно лучше использовать знания каждого из них. Помимо исполнения высших государственных должностей, Брюс всегда имел от Петра много других поручений, главным образом связанных с распространением просвещения в России. Он учреждал школы с инженерным уклоном, принимал непосредственное участие в развитии книгопечатания в России, вербовал иностранных специалистов на русскую службу, вел переписку с иностранными учеными».

Еще одной из сторон обширной деятельности Я. В. Брюса были переводы. С 1706 года Брюс «надзревает» за Первой гражданской типографией, созданной в Москве, и издательская деятельность становится частью его обязанностей. В ноябре 1707 года Брюс пишет Петру: «Всемилостивейший Царь Государь. От величества вашего присланную ко мне книгу, об употреблении циркуля и линейки, получил я сего месяца (ноября) 7 числа; и уж начел оную переводить, которою незамешкав переведу. Також и книгу Бухнерову, по переводе вышеписанной, исправляти буду. А математическую книгу, которую изволил мне прислать, и та изрядная, толко отчасти узловата есть. А писано во оной об оптике, или зрителном художестве, от части о астрономие, також о хранологие, си есть время ведание и пространно о Гномонике, или делании солнечных часов, за которую вашему величеству всеуниженно благодарствую и остаюсь вашего величества, моего всемилостивейшаго государя, нижайший раб Яков Брюс».

12 мая 1708 года Брюс просит у князя Репнина книгу «Часовник» «хотя на один день», а 31 мая, из Дубровны, сообщает царю: «Всемилостивейший царь государь. Вашего величества тчанием внов напечатаную ко мне посланную книжицу о комплементах получил я сне малою радостию не токмо ради того, что оная так преизрядно напечатана, что едваль возможно латынскими литерами оныя путчей напечатать, но и ради оныя надобности, понеже будет многим вползу, за которую всеуниженно благодарствую. Что принадлежит первыя части Брауновой артиллерии, я оную еще всю немог выправить за проклятою подагрою, которою одержым был болшии четырех недель, а потом припала было горячка, от которой у меня так было повредились глаза, что долгое время немог оных кмногому читанию и писанию употребить. Ктому оная такова неисправна, что принужден чуть не каждою строку переписывать не толико переводчика, которой таковым делом был незаобычен, но сам творец тоё книги такой стилус в оной употреблял, что зело трудно ево мнение разуметь и тому, кто оному делу и сам искусен, а наипаче в Геометрическом вымерении и вычитание. И мню я, что еще небудет оное дело доволно внятно тем, который таким вычитам незаобычайны. Теперь у оной осталось до совершеннаго выправления дней на пять дела, и по окончанию тое части, начну другую, от вашего величества вновь присланную, исправляти».

Вместе с этим письмом переводчик И. Ф. Копиевич, состоявший тогда при Брюсе, послал Петру книгу Э. Брауна «Новейшее основание и практика артиллерии».

Параллельно Брюс работал над переводами книг А. Кугорна «Новое крепостное строение» и «Геометрия, словенски землемерие» Буркхарда фон Пуффендорфа. О последней старший научный сотрудник Библиотеки Российской академии наук Е. А. Савельева сообщает, что это была первая книга, напечатанная гражданским шрифтом в типографии Киприанова в 1708 году. «Некоторые исследователи даже считали Я. В. Брюса ее автором».

7 марта 1709 года он пишет Петру I из Богодухова: «По приказу вашего величества, послал я при сем письме половину книги Брауновой, выправленную и, дабы Кугорнову не остановить в выправке, того ради оная токмо тем подьячим, которым ее переписывал, поверивана. Токмо прошу не прогневаться, что оную не в переплете посылаю, для того, что здесь переплетчиков не обретается. Так же послано тут две книги, именуемые Зерцало Комендантов. Что же принадлежит политической книжицы, о которой ваше величество изволили писать, и оная ныне у г. Шафирова, у котораго я ее наперед сего займывал». Мало того, 22 июня, то есть за пять дней до Полтавского сражения, Брюс опять писал Петру: «Кугорнову книгу еще я на страстной недели довершил, и прочтена оная от того подъячаго, который ее писал. Токмо за походом, который нам случился в первый день праздника, и до сего числа, я не мог оною сам прочесть. И ежели получу час свободный, то немедленно оную, выправя, пришлю вашему величеству».