Становым хребтом, на котором держалось латинское самосознание, было не только реформированное папство, но и совершенно новый тип организации, каким стал интернациональный монашеский орден, появившийся в XII веке и получивший развитие в XIII. В рассматриваемый нами период (950–1350 гг.) можно выделить четыре стадии в развитии монашеских орденов, которые условно соотносятся с четырьмя столетними отрезками времени. На первом этапе, в X веке, большая часть монастырей следовала единому уставному порядку, бенедиктинскому, в котором были детально прописаны правила повседневной монастырской жизни, а также сформулирована философия этой жизни или ее восприятие. Каждое братство жило независимо от других, аббат воплощал верховную власть, и монахи пожизненно оставались в обители, поскольку официально избрали себе духовное поприще. Бенедиктинцы поддерживали существование благодаря солидным земельным владениям, деревням и хуторам, служившим источником сельскохозяйственной продукции, а также ренты. Таким образом монахи были не только обеспечены едой и одеждой, но и могли оплачивать свои роскошные здания, облачения, книги и богатую церковную утварь. Самые крупные из бенедиктинских монастырей были богатейшими организациями в Европе.

Следующий этап в организации европейской монастырской жизни ознаменовался серьезными нововведениями, начало которых пришлось на X век, а расцвет — лишь на конец XI века. Этот этап был связан с аббатством Клюни в Бургундии. Клюнийская система предполагала наличие связей между отдельными братствами, причем связи эти были двоякого рода. Наиболее тесные взаимоотношения существовали между аббатством Клюни и дочерними обителями. Настоятели этих монастырей назначались и могли быть смещены решением аббата Клюни, а монахи дочерних братств считались святыми отцами головного монастыря Клюни и именно в его единой системе делали духовную карьеру. Менее тесными были контакты между Клюни и теми аббатствами, которые хотя и следовали клюнийской модели монастырской жизни, формально ему подчинены не были. Многие из них объединялись в «общества» (societas), особую форму братства, которая предполагала совместное отправление культа. Таким образом, взаимные узы монашеских братств в рамках клюнийской системы монастырей, если речь шла о головном аббатстве и дочерних обителях, по сути ограничивались личной зависимостью от аббата Клюни и не подкреплялись каким-то представительством, делегированием полномочий или внутренней регламентацией соподчинения. Что касается независимых аббатств, формально входивших в клюнийскую систему, то их роднило лишь литургическое и обрядовое единство без какой-либо формальной субординации. Подобно независимым бенедиктинским монастырям, клюнийские братства для поддержания жизнедеятельности нуждались в существенных земельных владениях.

Если сравнить клюнийскую систему монастырей, пережившую подъем в XI веке, и цистерцианскии орден, чей расцвет пришелся на XII век, то можно увидеть целый ряд различий. Система монастырей Клюни была ограничена довольно узкими географическими рамками, и, например, в Германии таких братств практически не было. Зато цистерцианская система в течение первых же пятидесяти лет после основания распространилась из своего родительского бургундского монастыря Сито и первых его дочерних обителей (Ла Ферте, Понтиньи, Клерво и Моримон) в такие отдаленные страны, как Ирландия, Норвегия и северо-западная Испания: «Из этих четырех ветвей, проросших от корней Сито, вырос целый орден, который Господь своею волею приумножал как числом аббатств, так и славой их добродетелей, во всех четырех сторонах света».

Структура клюнийских братств была относительно бесхитростна и опиралась на простую субординацию по отношению к аббату Клюни. Цистерцианцы же разработали сложную систему подчинения, делегирования и представительства, что способствовало четкой передаче информации и внутренних распоряжений по всей иерархии ордена. Стержневым принципом организации было аффилирование, то есть подчинение всех братств головному на правах филиалов. Каждый цистерцианскии монастырь был отделением другого монастыря и подчинялся ему, а вся цепочка вела наверх, в головное аббатство Сито. В противоположность независимым бенедиктинским братствам здесь существовала четкая структура управления, причем, опять-таки в отличие от клюнийской, эта система предполагала делегирование определенных полномочий, так что головная организация была освобождена от управления каждым филиалом в отдельности: руководство каждым филиалом осуществлялось из соответствующего центра. Наряду с этим имелись и центральные институты управления, в частности, проводились ежегодные капитулы всех аббатов и действовали единый для всех устав. Если клюнийские монастыри были по преимуществу молитвенным союзом, то цистерцианская сеть монастырей скорее зиждилась на административной системе управления. Благодаря этим особенностям Цистерцианскии орден широко распространился по Европе и имел развитую организационную структуру, представляя ясную административную модель для всякого, кто желал бы создать новое братство. Развитие цистерцианских монастырей приобрело поразительный размах. С другой стороны, цистерцианцы придерживались определенной замкнутости. Цистерцианские монахи обязаны были оставаться в одной и той же обители (то есть соблюдался принцип закрепления кадров), и для обеспечения жизнедеятельности им, естественно, тоже требовалась немалая собственность, в первую очередь земельная. Соответственно, им приходилось делать и существенные вложения.

На четвертом этапе развития монастырей, падающем на XIII век, сложная цистерцианская организационная система сохранялась и развивалась, но произошел отход от принципа закрепления кадров на одном месте и крупных материальных вложений. Новые монашеские ордена, стремительно распространявшиеся в этот период по всей Европе и за ее пределами, имели сложную, четко определенную и интернациональную по масштабам организационную структуру с элементами выборности и законотворчества. В силу этого доктрина этих нищенствующих орденов и их преимущественная концентрация в городах означали, что первоначально они могли существовать и без земельных владений. Разумеется, по прошествии времени они нажили определенное состояние, но чаще — в форме ренты или других доходов с горожан, нежели доходов с обрабатываемой земли. Отсутствие замкнутости означало, что подающие надежды монахи могли переходить в любой орден, который считали для себя более перспективным. К середине XIII века они уже претендовали на господствующее влияние в Парижском университете, где трудились некоторые из видных интеллектуалов церкви, например, доминиканец Фома Аквинский. Один доминиканский автор рассказывает историю, как цистерцианцы, пораженные свободой передвижения, какую имели братья нищенствующих орденов, принялись шпионить за молодыми монахами, выискивая их грехи. По преданию, св. Доминик их упрекнул: «Зачем вы шпионите за моими учениками?… Я знаю наверняка, что мои молодые последователи выйдут за ворота с тем, чтобы непременно вернуться… Зато ваши молодые братья будут сидеть взаперти и все равно уйдут». Это противопоставление недовольных своим заточением монахов, ищущих запретных ночных утех, и свободных в передвижениях, но исполненных ответственности молодых доминиканцев хотя и носит откровенно пропагандистский характер, но тем не менее правдиво отражает те сдвиги, которые произошли в XIII веке в представлениях об идеале религиозной жизни.