В новых для себя условиях подводной службы А. М. Матиясевич освоился в рекордно короткий срок. Такие вопросы, как знание морских дисциплин, входящих в кораблевождение (навигация, мореходная астрономия, гидрометеорология, морской театр и т.д.), им были давно и хорошо освоены. А именно эти вопросы для многих офицеров — кандидатов в командиры лодок были камнем преткновения.

В июле 1941 г. он был назначен помощником командира на подводную лодку «Лембит». Не прошло и 2 месяцев после назначения помощником командира лодки, как он сдал на допуск к самостоятельному управлению лодкой. ПЛ «Лембит» входила в начале войны в 3-й дивизион 1-й бригады подводных лодок, базировалась на Либаву и участвовало в знаменитом Таллинском переходе. Во время перехода рядом с «Лембитом» подорвалась на мине подводная лодка «С-4», спасти с которой удалось лишь несколько человек.

Через 3 месяца после назначения на «Лембит» Матиясевич принял командование этой лодкой. К этому времени он уже имел боевой опыт, участвуя в минных постановках в июле 1941 г. в районе о. Борнхольм, когда «Лембитом» командовал капитан-лейтенант В. А. Полещук.

…17 августа 1942 г. подводная лодка «Лембит» под командованием капитан-лейтенанта А. М. Матиясевича вышла из Кронштадта на боевое патрулирование к устью Финского залива.

4 сентября в районе маяка Утё был обнаружен конвой из 8 транспортов в охранении 12 кораблей и катеров охранения. Прорвав противолодочное охранение, Матиясевич производит 2-торпедный залп по транспорту, идущему в колонне вторым. Транспорт идет на дно.

13 сентября. Безрезультатная атака торпедами еще одного конвоя. Лодка подверглась преследованию кораблей охранения, сбросивших несколько глубинных бомб. Безрезультатно.

14 сентября. Снова у о. Утё обнаружен конвой в составе 5 транспортов под охраной 4 кораблей охранения. Прорыв охранения, 2торпедный залп одновременно по 2 транспортам, находившимся в створе прицела перископа (первая на Балтике атака одновременно по 2 целям). Судно «Финлянд» (2302 тонн) и другой транспорт, большего водоизмещения, в грохоте, огне и дыме идут на дно. Снова ожесточенное преследование. Так как район мелководный и глубже чем на 30 м лодка уйти не могла, глубинные бомбы достали ее. Один за другим следуют страшные, оглушительные взрывы. От гидравлических ударов по корпусу один за другим выходят из строя штурманские приборы, системы освещения, слаботочные системы указателей перекладки рулей, репитеров курсоуказателей и т.д. Нарушена герметичность прочного корпуса, в отсеки начинает поступать вода. Начинается борьба с поступлением воды. Командир уверенно, спокойно (!) и четко отдает команды, которые мгновенно выполняются хорошо отработанным личным составом. Лодка маневрирует, резко меняя курс и скорость… Оглушительный взрыв под палубой во 2-м отсеке — взорвался водород в аккумуляторной яме…

Подводники послевоенного поколения знают, что такое пожар в подводной лодке, находящейся под водой: уже через 1—2 минуты в замкнутом герметичном объеме отсека нечем дышать, без своевременного включения в кислородно-изолирующий аппарат или ликвидации пожара — верная смерть. (Автор знает это не понаслышке, т.к. довелось побывать в таком отсеке). А что такое пожар в лодке, находящейся под рвущимися над ней глубинными бомбами, да еще и при отсутствии нынешних кислородных аппаратов, дающих возможность дышать, можно только догадываться. Об этом не особенно-то любят распространяться ветераны-подводники, пережившие этот подводный ад. К тому же, одновременно с пожаром в одном отсеке в лодку с шумом поступает вода в другом… Несколько человек контужено и ранено. Около 3 часов продолжают взрываться над лодкой одна серия глубинных бомб за другой. Противник уверен, что лодка обречена, из этого капкана ей не вырваться. А в лодке продолжается мужественная борьба за живучесть с водой и огнем. Пожар потушен, снизилось поступление воды…

Решив, что лодка погибла, а возможно, полностью израсходовав запас глубинных бомб, корабли ПЛО прекратили бомбометание. По истечении почти одиннадцати часов неимоверного физического и нервного напряжения экипажа основные повреждения были ликвидированы. Боеспособность лодки была восстановлена. Глубокой ночью на остатках электроэнергии и сжатого воздуха лодка всплыла в надводное положение. Впереди еще был нелегкий путь через минные поля.

19 сентября лодка подошла к о. Лавенсаари и всплыла в надводное положение. Здесь ее ждали два катера — морских охотника (МО). 22 сентября, преодолев все противолодочные рубежи, лодка возвратилась в базу. За мужество и стойкость, проявленные в этом походе, 10 человек были награждены орденами Ленина, 14 — орденами Красного Знамени, 13 — орденом Красной Звезды. (ЦВМА.ф. 18, д. 1895;ф. 78, д. 2817;ф. 135, д. 23478)

Таким был один из походов «Лембита» под командованием A.M. Матиясевича.

Так как подводная лодка «Лембит» по своему предназначению была, как и ПЛ «Л-3» Грищенко, минным заградителем, то и основные задачи, ставящиеся ее командиру, заключались в постановке минных банок. И эти минные постановки были весьма результативны. А результативны они были потому, что Матиясевич, как и Грищенко, подходил к выполнению задач творчески. Прежде чем начать постановку мин в районе, определенном штабом флота, он, заняв район, некоторое время вел наблюдение за ним и начинал ставить мины, только убедившись, что через район действительно проходят коммуникации противника. Разумеется, если речь шла об «активных» минных постановках. Если же ставились оборонительные (заградительные) минные поля и банки, то, естественно, задача в этом случае заключалась в том, чтобы как можно точнее поставить мины в указанной позиции. Для этого, разумеется, нужно как можно точнее знать свое место.

Обмениваясь опытом с командирами других лодок — минных заградителей, с тем же Грищенко, командир «Лембита» иногда (при возможности) использовал тот же прием, что и Грищенко. Обнаружив работу вражеских тральщиков, занятых тралением мин, и выждав, когда они свою работу закончат, он тут же вслед за ними на только что протраленный фарватер выставлял свои мины.

Нередко, как и у П. Д. Грищенко, у него были на почве «творчества» столкновения с представителями штаба, особенно в начальный период войны, когда те не очень-то приветствовали такую самостоятельность командиров лодок, требуя буквального выполнения предписанных указаний. Нередко разногласия эти были весьма серьезны. Все «утрясалось» только после получения сведений о результатах постановок. А результаты эти были весьма внушительны.

В разговоре о П. Д. Грищенко были приведены некоторые конкретные результаты — кто подорвался на минах, им поставленных.

Приведу и здесь некоторые сведения о том, кто подорвался на минах, поставленных «Лембитом».

Так, 4 января 1945 г. на минах подорвался транспорт «Лютьехорн» (1953 тонны). В феврале — тральщик «М-421», 10 апреля — пароход «Койверк» (804 тонны) и противолодочный корабль «UJ-1102» («Вестфален», 445 тонн), 25 апреля — сторожевой корабль «VS-343» («KFK-300» водоизмещением 310 тонн).

В общей сложности на боевом счету «Лембита» 25 потопленных целей, в числе которых 8 боевых кораблей различных классов общим водоизмещением 18 996 тонн и 17 судов (транспорты, танкеры) общим водоизмещением 57 336 тонн. Общий потопленный им тоннаж 76 332 тонны. Этот результат в послевоенное время четко подтвержден документами, т.е. по количеству потопленного тоннажа ПЛ «Лембит» в советском ВМФ занимает по праву первое место.