Следствие по делу Серебрянского было поручено Абакумову В.С. Первый раз Яков Исаакович был допрошен 13 ноября 1938 года, однако нужных признательных показаний от него добиться не смогли. На протоколе допроса имеется резолюция Берии: «Тов. Абакумову. Хорошенько допросить!» После этого к Серебрянскому стали применять «интенсивные методы» дознания. Как позднее рассказывай сам Серебрянский, 16 ноября 1938 года на допросе у Абакумова с участием начальника 2-го отдела ГУГБ Б. Кобулова и наркома Берии его жестоко избили, и, спасая жизнь, он вынужден был дать ложные показания о своей «антисоветской деятельности».

На допросе Яков Исаакович назвал вымышленные фамилии — это позволяло тянуть время и не бросать тень подозрения на своих коллег по цеху. 21 января 1939 года Серебрянского перевели в Лефортовскую тюрьму и до 13 февраля 1939 года, т. е. более 3-х месяцев после ареста, он содержался под стражей без санкции прокурора. А 21 февраля 1939 года Серебрянский был уволен из органов НКВД «по факту ареста».

Полина Серебрянская впервые была допрошена 28 февраля 1939 года. Её обвиняли в недонесении на собственного мужа.

Тем временем в сообщении ТАСС от 27 января 1939 года говорилось: «25 января пограничники Грузинской ССР в перестрелке уничтожили трёх боевиков. Они пытались перейти границу с целью совершить покушение на И.В. Сталина, находящегося в Сочи на отдыхе. Однако пограничники заранее получили информацию о преступном плане и уничтожили нарушителей границы».

Как было известно, 13 июня 1938 года в Японию бежал начальник управления НКВД по Дальнему Востоку Генрих Люшков и предложил японским спецслужбам свои услуги. По долгу службы он участвовал в расследовании нескольких «заговоров» против Сталина. Поэтому его побег нанёс ощутимый урон органам НКВД. Люшков сообщил японцам совершенно секретные сведения об обороноспособности СССР на Дальнем Востоке.

В августе 1936 года и до июля 1937 года Люшков служил начальником Управления НКВД Азово-Черноморского края и располагал секретными сведениями об организации охраны Сталина во время пребывания вождя на отдыхе в Сочи. Для спецслужб противника эти сведения имели особый интерес.

В августе 1938 года японские спецслужбы начали готовить операцию (кодовое название «Медведь») по ликвидации Сталина. План японцев строился на показаниях Люшкова, который отлично знал систему охраны Иосифа Сталина.

Из нескольких вариантов был принят следующий план. Ночью боевики должны были проникнуть в подвальное помещение водолечебницы по трубе большого диаметра, снабжавшей лечебницу минеральной водой. В ночное время напор воды уменьшался, и труба заполнялась лишь наполовину. По трубе нужно было добраться до водолечебницы и там дождаться приезда Сталина, после чего через люк проникнуть внутрь помещения операторов, регулировавших подачу и температуру воды.

Ликвидировав операторов, боевикам следовало проникнуть в смежную комнату — склад инвентаря для уборки помещений.

Дверь комнату выходила в коридор, где дежурили охранники. Это было последнее препятствие перед помещением, где вождь принимал лечебные ванны.

На пароходе «Азия-мару» диверсионная группа прибыла в Неаполь. Там боевики перешли на пароход «Талес», следовавший в Стамбул, а оттуда на катере направились в приграничный с СССР район Турции. Известны следующие имена (возможно, псевдонимы) диверсантов: Герман Лотков, Борис Безыменский, Исаак Зеленин, Николай Лебеденко, Леонид Малхак, Виталий Смирнов, Михаил Сурков.

После перехода границы, пробравшись по ущелью, боевики неожиданно попали в засаду. На месте были убиты Лебеденко, Малхак, Сурков, остальным удалось скрыться.

Как стало позже известно, органы госбезопасности СССР были информированы о подготовке покушения. Информацию передал наш агент «Лео».

На середину 1939 года опытных кадров, способных грамотно спланировать диверсию или террористическую операцию за рубежом, катастрофически не хватало. В этих условиях Берия поручает руководить операцией по ликвидации Л. Троцкого человеку, имевшему опыт по ликвидации Е. Коновальца. После приёма у Сталина в марте 1939 года Судоплатов был утверждён заместителем начальника разведки НКВД и приступил к подготовке операции «Утка».

Заместителем Судоплатова при подготовке операции «Утка» стал Эйтингон. По его настоянию в операцию включали исключительно агентов из Западной Европы, Латинской Америки и США, которые никогда не участвовали ни в каких операциях против Троцкого и его сторонников. По плану Эй-тингона были созданы две самостоятельные группы: группа «Конь» — руководитель испанский художник Альфаро Сикейрос и группа «Мать» — руководитель Кармен Меркадер.

В марте 1939 года пала республика Испания.

«После поражения республиканцев, — вспоминал И.Г. Старинов, — часть личного состава 14 корпуса, захватив судно, перебралась в Алжир, а оттуда в Советский Союз. Часть бойцов перешла испано-французскую границу и была интернирована. Позже они бежали из концлагеря и ушли в горы. Бойцы захватили и повесили Дуче (Муссолини) и освободили от фашистов Марсель и Париж. Четверо бойцов корпуса впоследствии вместе с Кастро высадились на Плайя-Хирон».

13 мая 1939 года начальником (Иностранного) отдела ГУГБ был назначен Павел Михайлович Фитин[37].

Раздел Польши в сентябре 1939 года между Германией и СССР, в результате которого к СССР были присоединены Западная Белоруссия и Западная Украина, произошёл без военных специалистов Коминтерна.

Особый интерес руководства ВКП(б) в этой связи вызывали Прибалтийские страны. В секретном протоколе о разграничении сфер влияния Третьего рейха и Советского Союза было отмечено:

«В случае территориально-политического переустройства областей, входящих в состав Прибалтийских республик (Литва, Латвия, Эстония, Финляндия), северная граница Литвы одновременно является границей сфер интересов Германии и СССР. При этом интересы Литвы относительно Виленской области признаются обеими сторонами».

В период с 28 сентября по 10 октября 1939 года с правительствами Латвии, Эстонии, Литвы были заключены договоры о взаимопомощи. В договорах предусматривалось размещение на территории Прибалтийских стран советских военных баз.

Находясь в тюрьме, Серебрянский продолжал работать. В его голове хранилось столько данных об агентуре и других оперативных данных, что «английского и французского шпиона» неоднократно вывозили на Лубянку для консультаций по особо важным вопросам нелегальной разведки. Более того, в камере он написал «Наставление для резидента по диверсии». Яков Исаакович рассматривал нелегальную боевую работу как важнейший участок обороны страны, позволяющей ослабить противника после его нападения на СССР за счёт уничтожения его важных военных и промышленных объектов.

«Только тот имеет право посылать товарищей на опасную для жизни работу, кто сам готов подвергнуть себя этой опасности. Ты должен быть счастлив, что партия доверяет тебе такой ответственный участок работы», — писал в тюрьме Яков Серебрянский.