Никто не приглашал дьяка в княжие покои, но он и не ждал приглашения. Он, «взбежав на двор, да вверх побежал, а чаял того, что царевич вверху». Оттуда Битяговский бросился в церковь и мимо тела царевича взбежал на колокольню. Дьяк ломился в звонницу и требовал, чтобы прекратили бить в колокола, но звонарь, по его словам, «ся запер и в колокольню его не пустил».

Толпа перед дворцом прибывала. Посадские люди и казаки спешили вооружиться рогатинами, топорами и саблями. Ситуация осложнилась после того, как на площади появились Михаил Нагой с братом Григорием.

Нагие враждовали с Битяговским с того дня, как удельная семья утратила право распоряжаться доходами со своего княжества и стала получать деньги «на обиход» из его рук. Назначенное правительством содержание казалось царице мизерным, а зависимость от дьяка — унизительной. Стряпчий царицы и другие лица сообщили комиссии, что Михаил Нагой постоянно «прашивал вверх государева указу денег ис казны», а Битяговский «ему отказывал», из чего проистекали ссоры и брань. Последняя стычка между ними произошла утром 15 мая.

Уже после того, как толпа убила Битяговского, люди Нагих притащили во дворец угличского городового приказчика Русина Ракова, и там Михаил Нагой, куражась, заставил его шесть раз подряд присягать на верность царице Марии. Михаилу незачем было повторять перед Раковым выдумку об убийцах царевича. Похваляясь победой над ненавистным дьяком, Нагой с полной откровенностью объявил приказчику, что это он, Михаил, велел убить Битяговского с сыном и что «Микиту Качалова, да Осипа Волохова, да Данила Третьякова, да и людей их велел побити я же для того, что они у меня отнимали Михаила Битяговского с сыном».

Откровения Михаила проясняют картину. По-видимому, Нагие поначалу натравили толпу на одного только дьяка с сыном, а Качалов и Волохов были умерщвлены не как убийцы Дмитрия, а как защитники Битяговских.

Раков был ближайшим помощником дьяка и досконально знал все его дела с Нагим. В поданной митрополиту Геласию челобитной он объяснял смерть государева дьяка следующим образом: с утра 15 мая Михаил Нагой разбранился с дьяком, потом «напился пьян да велел убить Михаила Битяговского с сыном». Достоверность слов о состоянии Михаила не вызывает сомнений. Семь человек рассыльщиков (курьеров), видевшие расправу своими глазами, заявили, что Нагой «прискочил» на княжий двор «пиян на коне».

Рассыльщики служили в дьячей избе и не зависели от удельного двора. Их показания отличались откровенностью и полнотой. Они сообщили любопытные подробности о гибели Качалова и Волохова. По их словам, «Микыту Качалова убили за его шурина за жильца да за Осипа за Волохова, что Микыта учал говорить, чтоб его шурина не убили, и оне за Микыту Качалова и Осипа Волохова (убили) до смерти». Показания семи свидетелей страдали видимым противоречием: Качалова убили за Волохова, а Волохова — за Качалова. Но кажется, именно так и произошло в действительности. Качалов погиб не потому, что был заподозрен в убийстве царевича, а потому, что вступился за Волохова. Качалов бросился на помощь Волохову в то время, когда на площади еще бегал и распоряжался его всесильный дядя Битяговский. Осипа удалось защитить от самосуда. Убежав с площади, Волохов укрылся на подворье Битяговских. Это было единственное место, где он мог спастись от гнева царицы.

Многие свидетели описали столкновение между Нагими и дьяком как очевидцы. На княжом дворе Битяговский сначала попытался прикрикнуть на толпу, а затем принялся увещевать Нагова, «чтобы он, Михайла, унел шум и дурна которого не зделал».

Избитая в кровь и брошенная на площади Василиса Волохова видела, как царица указала на Битяговских и молвила «миру: то-де душегубцы царевича». Пьяный Михаил Нагой взялся было руководить расправой с дьяком, но на помощь Битяговским пришли их родственники и холопы. Посадские люди также не сразу поверили Нагим. Плотник Савва, каменщик Митя и мужик-бел озерец кричали, что «царевич умер черною болезнью, а Михайло Нагой взводит на тех людей (Битяговских) за посмех, по недружбе». На помощь к дьяку прибежал посошный приказчик. Он просил посадских людей, чтобы «оне за посмех Михаила Битяговского с товарыщи не побивали». В пользу Битяговского говорил посадский богатей Баусов. Но люди Нагих тут же схватили его и поволокли в тюрьму. Приказчика с трудом отбили у толпы.

Однако настроение толпы становилось все более угрожающим, и Битяговским пришлось покинуть площадь. Вместе со своими сторонниками они заперлись в Дьячей брусяной избе. Это окончательно погубило их. Толпа выбила двери, выволокла укрывшихся там людей и растерзала их.

Даже служивший царице дворянин должен был признать перед комиссией, что приказных побила всякая чернь «с Михайлова веленья Нагова».

Дело не ограничилось убийствами. Чернь разгромила приказную избу — канцелярию государева дьяка: «у дьячьи избы сени и двери разломаны и вокна выбиты». Нападавшие завладели немалой суммой денег, хранившихся в коробьях (сундуках) у приказных.

Опасаясь за свою жизнь, служители приказа «с того страху разбежались розно и в город ходити не смели». Человек 20 посадских людей погнались за подьячими, но те укрылись в чаще и несколько дней «ходили по лесу, в город иттить не смели».

После разгрома приказной избы толпа бросилась на подворье Битяговского и растащила все его имущество: «На Михайлов двор Битяговского пошли все люди миром и Михайлов двор разграбили и питье из погреба в бочках выпив, и бочки кололи; да с Михайлова же двора взяли Михайловых лошадей девятеро».

Жену дьяка, «ободрав, нагу и простоволосу поволокли» с детишками ко дворцу. Туда же привели Осипа Волохова, найденного в доме Битяговских.

В разгар общего смятения в кремль явились два высших духовных лица — архимандрит Феодорит и игумен Савватий. В тот день оба служили обедню в одном монастыре. Заслышав набат, они послали слуг в город, и те, вернувшись, доложили, что «слышели от посадцких людей и от посошных, что будто се царевича Дмитрея убили, а тово не ведомо, хто ево убил». Вслед за слугами в монастырь прибежал кутейщик и именем царицы велел старцам ехать во дворец. По свидетельству игумена, он застал царицу в церкви Спаса возле сына: «ажно царевич лежит во Спасе зарезан и царица сказала: зарезали-де царевича Микита Качалов да Михайлов сын Битяговского Данило да Осип Волохов».

Царица Мария призвала монахов с умыслом. Битяговские и Качалов лежали побитые на площади перед церковью, и ей нужны были авторитетные свидетели, чтобы задним числом оправдать самочинную расправу.

Старцы посылали слуг в Кремль, из-за чего явились на место происшествия с большим опозданием. Однако они были первыми официальными лицами, услышавшими новую версию убийства Дмитрия. Согласно этой версии, роль главного убийцы отводилась Никите Качалову и Данилке Битяговскому, дьяк Михаил Битяговский был исключен из списка, а его место занял Осип Волохов.

Появление монахов на время приостановило самосуд. Толпа хотела взяться за дьячиху, но старцы, по их словам, «ухватили» Битяговскую с дочерьми «и отняли их и убити не дали».

Монахи видели в церкви Осипа Волохова. Он стоял неподалеку от тела царевича «за столпом», весь израненный. Василиса отчаянно боролась за жизнь сына. Она заклинала царицу «дати ей сыск праведной». Но Нагая была неумолима. Едва старцы покинули церковь, она выдала Осипа на растерзание толпе, объявив: «то деи убоица царевича».