«Я заявил ему, — писал Кирос много лет спустя, — что не хотел бы брать с собой в плавание того, кто будет знать, что займет мое место, поскольку это сопряжено с очевидной опасностью. В приказе его величества говорится, что я сам назову кандидатуру в случае, если мне будет угрожать смерть, до того как я вернусь в Лиму или выйду из нее, чтобы предприятие продолжалось, но в настоящее время я здоров и чувствую себя хорошо. Поэтому я просил его подождать с этим делом и посмотреть, как распорядится господь, а пока предоставить это дело мне. И, если я увижу какую-либо серьезную опасность для экспедиции, я сумею выбрать такое лицо». Вице-король больше не говорил на эту тему, но, как оказалось впоследствии, не внял аргументам Кироса.

Наконец все приготовления к плаванию были закончены. Три корабля, готовые к отплытию, стояли в порту Кальяо. Кирос с капитанами двух других судов явился к графу Монтерею. Он извинился перед вице-королем за назойливость, проявленную им при подготовке экспедиции, объяснив ее лишь желанием скорее закончить приготовления. Граф же в ответ поблагодарил Кироса за такую преданность делу и пожелал счастливого плавания, предупредив, что из-за нездоровья не сможет быть в порту при отплытии кораблей. Вице-король вручил Киросу текст своей речи, которую следовало прочитать перед отплытием судов из Кальяо. Граф Монтерей подчеркивал важность предпринимаемой экспедиции для Испании и выражал уверенность, что она будет проведена успешно.

Вернувшись в Кальяо, Кирос распорядился ознакомить экипажи судов с посланием вице-короля. На кораблях были подняты паруса. Верхушки мачт были украшены флагами, развевался королевский штандарт.

Суда экспедиции прошли мимо стоявших в порту кораблей, салютуя из пушек и мушкетов. Те дали ответный залп. Это было в три часа пополудни, 21 декабря 1605 г.

Один за другим три корабля экспедиции покинули порт Кальяо. Впереди шел флагман «Сан-Педро-и-Сан-Пабло», затем вице-адмиральский корабль «Сан-Педро» и замыкал шлюп «Три волхва». Первые два судна были небольшими, водоизмещением 60 и 40 тонн, а последнее — совсем маленькое, всего 12 тонн. В экспедиции принимало участие 300 человек. Кроме матросов и солдат на борту находились шесть священников-францисканцев и врач с четырьмя братьями милосердия. Флагманским кораблем командовал сам Кирос, вице-адмиральским — Луис Ваэс де Торрес, а шлюпом — Бернал Серменто. Главным кормчим экспедиции против желания Кироса вице-король назначил Хуана де Бильбоа. Именно его граф избрал в возможные преемники Кироса, что весьма неприятно поразило последнего и сулило большие осложнения.

Тем не менее общее настроение было превосходным. Один из шкиперов экспедиции, Гонсалес де Леса, говорил впоследствии: «Нас охватило такое горячее желание послужить богу, святой католической церкви и во славу короля, нашего повелителя, что нам казалось все возможным».

Кирос еще в Кальяо почувствовал себя плохо. На корабле болезнь усилилась. Три дня Кирос был в очень плохом состоянии, но затем поправился. «Если богу угодно, то будешь жить», — напишет он позднее, вспоминая начало своего плавания.

Учитывая опыт экспедиции с Менданьей, Кирос, поправившись, написал подробнейшую инструкцию, которую передал 8 января 1606 г. капитанам двух других судов. В инструкции Кирос давал скрупулезные указания не только по части навигации, рациона питания экипажей, но и дисциплины. Все азартные игры были запрещены. Капитанам вменялось в обязанность строго следить за обращением офицеров с матросами и солдатами. Требования соблюдения дисциплины не должны были перерастать в жестокость. Капитану «следует использовать те методы, которые необходимы для поддержания твердой дисциплины, дружелюбия, честности и преданности, помня, как многого может достичь тот, кто добивается повиновения не применением жестоких мер, а добром».

Кирос специально остановился в инструкции на поведении в отношении коренных жителей открываемых земель. «Запомните, что если на кораблях появятся вожди или простые туземцы, то их следует принимать любезно, как гостей, и одаривать подарками, которые им больше всего приглянулись. Такой же линии поведения необходимо придерживаться и на берегу, когда туземцы пожелают войти в сношение и говорить с нами... Узнавайте у туземцев, есть ли поблизости другие острова или обширные земли, и если они населены, то какой цвет кожи у их жителей, едят ли они людей, миролюбиво или воинственно настроены; есть ли у них золото... серебро... жемчуг, специи... как они называются на их языке и запоминайте эти названия. Выясните, где это все добывается. Покажите свою благодарность за все то, что они дали... Крики и шум туземцев на их сборищах, бряцание оружием не должны вызывать у нас тревоги... При нападении туземцев сначала надо дать холостой залп из мушкетов, выстрелить в воздух, а затем уже, сообразуясь с обстановкой, предпринять необходимые меры, чтобы их отогнать или остановить... Мы должны относиться к туземцам как к детям... Всегда быть справедливыми к ним, иметь открытые и честные намерения, и тогда бог поможет нам, как он помогает всем, чьи цели добры». Кирос предусмотрел и случай, если корабли потеряют друг друга: корабль, который первым придет в Санта-Крус, должен ждать остальных три месяца. Если же по истечении этого времени они не появятся, ему следует «плыть в поисках Южной Земли на юго-запад к 20° ю. ш., затем на северо-запад до 4°, оттуда на запад, вдоль северного побережья Новой Гвинеи к Маниле, а потом домой, в Испанию, через мыс Доброй Надежды».

Суда шли заданным курсом. Великий океан был тогда действительно тихим, хотя ветры часто меняли направление, затрудняя движение кораблей. Так продолжалось до 22 января, когда суда достигли 26° ю. ш. Погода резко изменилась. Начался сильный шторм. Кирос, несмотря на протесты Торреса, решил изменить курс и идти на северо-запад. Он считал, что в это время года безопаснее уйти в более теплые моря.

25 января с кораблей увидели в воде пучки водорослей, а на следующий день — стаи птиц. Неподалеку испанцы обнаружили небольшой атолл, но подойти к нему оказалось невозможно, а на судах кончались запасы питьевой воды. Испанцы пользовались предусмотрительно захваченной Киросом «машиной» для переработки морской воды в пресную, но для ее работы требовались дрова, которых тоже оставалось немного. К вечеру исчез «Сан-Педро», что сильно обеспокоило Кироса, но, к счастью, наутро с флагмана увидели, что он идет навстречу на всех парусах.

29 января вдали показалась земля. С «Сан-Педро» была спущена лодка с тремя людьми. Вернувшись, они сообщили, что подходы к берегу опасны для судов. И на этот раз высадка не состоялась, корабли пошли дальше.

В первые дни февраля испанцы обнаружили еще несколько неизвестных островов, но все они были окружены рифами, которые делали невозможным подход судов.