При работе с пленными оперативные работники лагерей нередко нарушали положения Женевской конвенции «О содержании военнопленных» от 27 июля 1929 года, запрещающей применение к пленным каких-либо мер принуждения и насилия для получения сведений разведывательного характера. Аналогичные требования содержала и статья вторая принятого в СССР Положения о военнопленных от 1 июля 1941 года. Однако в годы Великой Отечественной войны советские спецслужбы часто исходили не из буквы закона, а из принципа военной целесообразности.

В лагерях военнопленных НКВД-МВД применялось так называемое «активное следствие», проводившееся с применением таких методов получения информации, как пытки, побои и заключение допрашиваемого в карцер. На лагерном жаргоне такое следствие называлось «следствием с пристрастием».

Упоминания о «средневековых» методах пыток содержатся, например, в воспоминаниях главнокомандующего польскими силами на Западе, дивизионного генерала В. Андерса, который во время одного из допросов был помещен в холодный карцер, где обморозил ноги.

В одном из отчетов лагеря № 437 отмечалось, что допросы пленных велись по 8—10 часов, что негативно отражалось на их физическом и психическом состоянии.

Нарушением прав военнопленных являлось их содержание в пенитенциарных учреждениях, что категорически запрещала 56-я статья Женевской конвенции 1929 года. Однако в июле 1946 года главный военный прокурор Верховного суда СССР генерал-лейтенант юстиции Н.П. Афанасьев в целях повышения результативности оперативно-следственной работы телеграммным распоряжением № 349/ш санкционировал практику помещения военнопленных в тюрьмы.

В ходе проверки работы оперативного отдела лагеря № 150 летом 1948 года было выявлено недопустимо длительное содержание арестованных пленных в карцере. Так, военнопленный Гарт Бергес содержался в карцере 126 суток, военнопленные Литманн и Энгель — 120 суток, а военнопленный Панке — 106 суток. Обнаружившие данный факт инспекторы заметили, что «длительное и явно незаконное» содержание военнопленных в карцере без допросов в течение длительного времени «не способствует налаживанию следственной работы и приносит большой вред».

Германский историк М. Ланг, основываясь на результатах анкетирования репатриированных немецких военнопленных, пишет, что в ходе дознания советскими органами почти в 63% случаев применялись угрозы и пытки, а в 27% случаев протоколы допросов пленных оставались неподписанными.

Не всегда дружественным было отношение чекистов и к лагерным осведомителям. Так, в одном из рапортов, адресованных своему начальству, оперативный работник удовлетворенно констатировал: «Напуганный допросами, на которые агент вызывался несколько дней подряд, дабы сохранить себя от ответственности перед судом, он сейчас дрожит на явках и готов выполнить любое задание, которое в его силах, чтобы доказать свою преданность органам НКВД».

Важной задачей чекистских органов была проверка военнослужащих, бывших в немецком плену или на оккупированной территории, и лиц, сотрудничавших с оккупантами. Для решения этой задачи постановлением ГКО № 1069сс от 27.12.1941 г. создавались спецлагеря НКВД. В разные периоды войны действовало от 15 до 30 таких лагерей. Спецпроверку в них осуществляли сотрудники военной контрразведки. С декабря 1941 по июль 1944 года через спецлагеря прошло 375 368 человек «спецконтингента». Из них 328 365 военнослужащих Красной Армии, находившихся в плену или в окружении, 25 571 полицейских, старост и других пособников оккупационных властей и 21 432 гражданских лица призывного возраста, находившихся на территории, занятой противником. За этот период было проверено и передано райвоенкоматам — 233 887 человек, направлено на формирование пятнадцати штурмовых батальонов — 12 808, передано в кадры оборонной промышленности — 20 284, арестовано и осуждено — 11 658 человек.

Такие же методы, как и при «обслуживании» пленных, применялись при «фильтрации» репатриируемых советских граждан, освобождаемых войсками союзников. Согласно директиве Ставки № 11086 от 11 мая 1945 года, для их приема Наркоматом обороны было организовано 100 лагерей. Кроме того, действовали 46 сборных пунктов для приема советских граждан, освобожденных Красной Армией. К 1 марта 1946 года всего было репатриировано 4 199 488 советских граждан (2 660 013 гражданских и 1 539 475 военнопленных), из них 1 846 802 поступило из зоны действия советских войск за границей и 2 352 686 принято от англичан и американцев, а также прибыло из других стран. Все они, в соответствии с директивами НКВД-НКГБ-Смерш, подлежали обязательной проверке. Необходимость проверки в директивных документах объяснялась наличием среди возвращающихся коллаборационистов и агентов иностранных спецслужб и тем, что все «перемещенные лица» длительное время подвергались воздействию антисоветской агитации и западного образа жизни и могли встать на путь борьбы с советской властью. Система проверочно-фильтрационных органов НКВД была сформирована летом 1944 года. Порядок работы лагерей определялся постановлением ГКО № 8670 ее от 22.05.1945 г., приказом НКВД-НКГБ СССР № 00706/00268 от 16.06.1945 г. и рядом других приказов и директив НКВД, НКГБ и Смерш.

Первичная фильтрация проводилась за границей в сборных лагерях для гражданских репатриантов и сборно-пропускных пунктах для военнослужащих. Здесь действовали проверочно-фильтрационные комиссии из сотрудников НКВД-НКГБ-Смерш. Их задачей было в кратчайшие сроки получить первичные сведения о прошлом репатриантов и их политических взглядах. Репатриантов регистрировали, дактилоскопировали и заполняли на них опросные листы. Дальнейшая фильтрация основной массы репатриантов проходила во фронтовых и армейских лагерях и сборно-пересыльных пунктах (СПП) Наркомата обороны (НКО) и проверочно-фильтрационных пунктах (ПФП) НКВД, часть военнопленных проверяли в запасных воинских частях. Выявленные «в результате агентурно-оперативных мероприятий» преступные элементы и лица, «внушавшие подозрение», направлялись для более тщательной проверки в спецлагеря НКВД, переименованные в феврале 1945 года в проверочно-фильтрационные лагеря (ПФЛ) НКВД, а также в исправительно-трудовые лагеря (ИТЛ) ГУЛАГа.

Дополнительная проверка граждан, вернувшихся к месту жительства, осуществлялась проверочно-фильтрационными комиссиями (ПФК), созданными в районах, подвергшихся фашистской оккупации, при всех райотделах, в других регионах страны — при областных управлениях НКВД (с 1946 г. — МВД). В районные ПФК входили оперативные работники милиции и госбезопасности. Возглавлял комиссию начальник отдела НКВД-МВД. Лишь после подписание им заключения о результатах фильтрации проверка считалась завершенной, а репатриант получал постоянный паспорт.

Основную информацию о «фильтруемых» работники контрразведки получали во время допросов «контингента» и из донесений осведомителей, вербуемых в лагере. Агенты ловили каждое слово «фильтруемых» и доносили до сведения оперуполномоченных. В качестве примера приведем несколько высказываний, зафиксированных осведомителями в проверочно-фильтрационном лагере НКВД СССР № 0308 в Тульской области при одной из угольных шахт.

Работавший при оккупации сторожем склада в лесхозе уроженец Курской области Мартынцев на требование подписаться на заем сказал: «При советской власти, когда проводят подписку на заем, то берут за горло. Когда проводят собрание, а ты будешь голосовать против, то тебя сразу заберут в НКВД. При немцах ничего этого не было».