Топонимы «Токио», «Киото» и «Иокогама» — укоренившиеся исключения из правил.

Буква «i» после гласного («ai», «ei») обычно записывается как «й». Исключения редки.

Сочетания «ou» (иногда «oh») и «uu» чаще всего обозначают долгий гласный. В русской транслитерацией долгота не обозначается никак («OU» => «О», «UU» => «У»). Транскрипция, принятая в учебной и научной литературе, использует специальные символы (двоеточие и верхнюю черту).