короновать Фридриха II (1220 г.), несмотря на то, что последний обеспечил за своим сыном короны Сицилии и Германии и тем нарушил обет, данный Иннокентию III, никогда не соединять их в одном лице. Далее он вполне удовлетворился доводами, которыми Фридрих мотивировал свой отказ от обещанного им крестного похода. Что касается, наконец, Сан-Жерменского договора (1225 г.), то папа в данном случае проявил более решительный образ действий, но смерть помешала ему пожать плоды такого рода политики.

Преемником его был кардинал Гуголин, принявший имя Григория IX (1227–1241 гг.). Несмотря на свой преклонный возраст, новый папа, племянник Иннокентия III, действовал с большей уверенностью. Когда Фридрих в условленный срок не исполнил своих обещаний относительно крестового похода, то он отлучил его от церкви. Император ответил тем, что поднял восстание римлян и занял те части церковной области, которые считались в ленной зависимости от императора. Григорий с помощью ломбардцев вторгся в Апулию. Так разразилась война. Папские войска перешли за Волтурно. После возвращения своего из Святой Земли Фридрих явился на театр военных действий и прогнал папские войска из своих владений. Успех его оружия оказал влияние на Григория, который согласился заключить Сан-Жерменский договор (1230 г.).

Мир длился несколько лет. Император занялся внутренними делами империи. В Германии ему удалось подавать восстание сына своего Генриха: разбив соперника, он предпринял поход против союзников сына — ломбардцев, которых и разбил в битве при Гортендове. После этого война могла бы прекратиться. Побежденные готовы были бы принять благоприятные условия мира. Но Фридрих потребовал от них безусловной сдачи. Тогда последние позорному миру предпочли войну со всеми ее случайностями. На помощь к ним явился папа, которого в последнее время восстановил против себя император. Дело в том, что Фридрих пожаловал незаконного своего сына Энцио сардинской короной, которая находилась в ленной зависимости от святого престола. За этот поступок он вторично подвергся отлучению (1239 г.). Это повлекло за собой великие последствия. Решительно отказавшись от какого бы то ни было соглашения с Григорием, император пошел на все. Рассматривая отлучение как объявление войны, Фридрих начал новую борьбу между папством и империей. Будучи более ожесточенной и кровопролитной, чем при Барбароссе, она закончилась лишь с исчезновением династии Штауфенов. С самого начала враждебных действий с той и другой стороны посыпались взаимные обвинения. Император обвинялся, главным образом, в том, будто он называл одинаково обманщиками Моисея, Христа и Магомета, — выражение, которое хотя и не может быть доказано, но вполне соответствует внутреннему образу мыслей императора. К этому словесному спору присоединилась борьба оружием. Фридрих вторгся в Папскую область. Тогда Григорий уговорил венецианцев занять Апулию, а в Германии, через своего легата архиепископа Альберта из Пассау, попытался провести на престол нового короля на место Фридриха. Через некоторое время папа решил для улаживания этого спора (1241 г.) созвать Вселенский собор. Император, однако, помешал ему состояться: французские прелаты, направлявшиеся в Рим, были взяты в плен близ Эльбы. Вражда еще более обострилась. Император со своими войсками был уже перед стенами Рима, как вдруг папа умер (22 августа 1241 года).

Смерть эта повлекла за собой перерыв в военных действиях на 2 года, так как понтификат Целестина IV длился всего семнадцать дней, а затем папский престол был вакантным в течение двадцати месяцев. После избрания в папы кардинала Синибальда Фиеско под именем Иннокентия IV (1243–1254), одно время можно было думать о скором наступлении мира. Были выработаны даже предварительные мирные условия (1244 г.). До мира, впрочем, было еще далеко. Слишком уже много накопилось неудовольствия и недоверия по отношению друг к другу. Отсюда, когда Иннокентий, опасаясь засады, отклонил личное свидание с императором и бежал в Лион, где и резидировал свыше 6 лет, то переговоры опять сменились войной. В своем послании Фридрих прямо обвинял папу в нарушении мира. Тогда папа, со своей стороны, обратился ко всем королям, князьям и прелатам с приглашением собраться на Западный Вселенский собор в Лион по целому ряду весьма важных дел и, между прочим, по поводу его спора с императором. Германский император был обвинен перед собором в клятвопреступлении, в святотатстве, в ереси и во многих правонарушениях, совершенных им в Сицилии. На основании всего этого Фридрих был осужден и лишен всех своих почестей и достоинства, причем повиновение ему было запрещено под угрозой отлучения от церкви. Германия приглашалась избрать другого короля, а корона Сицилия предоставлялась в распоряжение папы.

Иннокентий окончательно разошелся с императором. О конце спора не было ныне и речи. Как и следовало ожидать, Фридрих не подчинился приговору. После того как на самом соборе имперский канцлер Фаддей Свесский (Thaddaus von Suessa), явившийся туда в качестве представителя императора, предупредил решение собора апелляцией к будущему папе и собору истинно Вселенскому, Фридрих провозгласил объявленное ему низложение превышением власти собора. Борьба продолжалась. Война это была тем печальнее, что Восточная церковь, Константинополь и Палестина, больше чем когда бы то ни было нуждались в помощи Запада. Французский король Людовик Святой неоднократно прилагал все свои старания вызвать перемирие, но тщетно. Жребий был брошен. С целью создать ополчение папа Иннокентий стал проповедовать крестовый поход против Фридриха. Борьбу с последним он считал более важной, чем войну с неверными. Вняв советам папы, часть государей в Германии избрала императором ландграфа Генриха Тюрингенского (1246 г.), а по смерти его — Вильгельма Голландского (1247–1256 гг.). Со своей стороны Фридрих также делал отчаянные попытки и беспощадно уничтожал своих врагов. Воссоединенный с церковью архиепископом Пармским, Фридрих умер в 1250 г. в Фиорентино, в Апулии. Сын его и наследник Конрад (1250–1254 гг.) продолжал энергично борьбу, главным театром которой стала Италия. Ни последовавшая вскоре смерть папы, ни смерть обоих соперников не привели к перемирию. После смерти Конрада Александр IV (1254–1261 гг.) напрасно вступил в переговоры с сыном Фридриха и опекуном малолетнего Конрадина — Манфредом. Война в Италии не прекращалась. Избрание в Германии одновременно Ричарда Корнуэльского и Альфонса Х Кастильского, во время которого семь курфюрстов вступили в обладание избирательным правом, привело к своего рода междуцарствию, так как первый претендент продержался весьма мало времени, а второй даже не появлялся в своей империи. Между тем Манфред воевал в Италии с таким счастьем, что сицилийские бароны предложили ему корону (1258 г.). Урбан IV (1261–1264 гг.) после некоторых поисков вручил сицилийскую корону Карлу Анжуйскому, непримиримому врагу Манфреда. Эта кровопролитная война окончилась лишь при Клименте IV (1265–1268 гг.) поражением и смертью Манфреда в битве при Беневенте (1266 г.) и поражением при Скурколе (1268 г.) его племянника Конрадина, прибывшего из Германии после смерти своего дяди для получения наследственной короны. Конрадин был захвачен в плен и безжалостно казнен в Неаполе.