В 1987 г. правительство Швеции приняло решение не публиковать больше статистические данные о предполагаемых нарушениях. Несмотря на это решение, пресса продолжала информировать читателей об инцидентах, которые имели место в Стокгольмском архипелаге в мае и июне 1988 г. и январе—феврале 1989 г. В первом случае нарушителя обнаружили визуально и акустически в центре района проведения шведских противолодочных учений, и обрушили на него от ста до ста двадцати глубинных бомб. По словам командующего флотом Побережья, шведы никогда не были так близки к поимке иностранной подводной лодки. Было найдено несколько комплектов подводных дыхательных аппаратов, но их принадлежность было невозможно определить.

В 1987 г. один из сотрудников Стокгольмского института исследования проблем мира (СИПРИ) опубликовал серьезную работу под названием «Операции советских подводных лодок в водах Швеции, 1980—1986 гг. Через три года корпорация «РЭНД» выпустила свое исследование под названием «Более странное, чем фантазия: операции советских подводных лодок в шведских водах»». Авторы обеих книг не сомневались, что все нарушители были из Советского Союза. Шведский автор завершал свою работу выводом о том, что Советский Союз проводил операции подводных лодок в территориальных водах Швеции «почти непрерывно, начиная с времен Второй мировой войны».

В июне 1988 г. шведская газета «Афтонбладет», ссылаясь на «советского правительственного чиновника», заявила, что СССР несет ответственность за отправку подводных лодок во внутренние воды Швеции с конца 1970-х годов до 1985 г., прекратив подобные вторжения только с приходом к власти Михаила Горбачева. Источник сообщил также, что советские стратеги не верили в нейтралитет Швеции в случае всеобщей войны и им было «необходимо узнать, где можно укрыться от шведских ВМС и шведского электронного оборудования». Это «признание» вызвало вспышку опровержений.

Посол СССР в Стокгольме уверенно и категорически заявил, что «Пи одна советская подводная лодка никогда не приближалась к шведским территориальным водам ближе, чем на 50—70 километров». Маршал Сергей Ахромеев в 1988 г. заявил, что командиры советских подводных лодок имеют строгий приказ не нарушать территориальные моря Швеции и любые заявления об обратном являются беспочвенными и непонятными.

После развала Советского Союза некоторые бывшие подводники бывшего советского Балтийского флота, часть из которых является выходцами из стран Балтии, заявляли о том, что они принимали участие в операциях внутри территориальных вод других стран, занимаясь преимущественно высадкой агентов. Такие заявления были опровергнуты в книге бывшего подводника отставного капитана 1-го ранга Апрелева, однако подобные операции являются обычной практикой подводников всех стран, и трудно поверить, чтобы советский ВМФ не занимался сходной деятельностью. В целом же Советский Союз при проведении своих морских и воздушных разведывательных операций был более предусмотрителен и осторожен, чем Запад, и инцидент в Карлскруна действительно был навигационной ошибкой подводной лодки С-363 на каком-то этапе ее действий.

Тем не менее, как объяснял шведский эксперт по подводным нарушениям контр-адмирал Э. Свенссон, подразделения советского спецназа, базировавшегося в Налдиски, вели разведку шведских берегов с применением сверхмалых подводных лодок «Сирена» и «Тритон», чьи действия обеспечивали траулеры. Позднее они применяли более крупные сверхмалые подводные лодки «Тритон-2», но они всегда были зависимы от судов поддержки. Даже нахождение на противоположном берегу Балтийского моря этой специальной элитной части советских боевых пловцов само по себе являлось важной косвенной уликой. Было еще две совершенно секретных части ГРУ, прозванные «Краб»; сегодня номера этих частей известны—40056 и 45707. Они были созданы в 1965 г. и 1976 г., соответственно, и были нацелены на операции против американской системы СОСУС. На Балтике они не базировались, но могли действовать там с носителя — подводной лодки.

Были и другие свидетельства, указывающие на деятельность Варшавского договора в Швеции. Службы безопасности Швеции обнаружили в 1986 г., что сотрудники польской разведки, под видом торговцев произведениями искусства, побывали в домах примерно ста двадцати шведских лоцманов, с целью установления их личностей и, вероятно, изучения возможности устранения с началом боевых действий. Аналогично, предполагалось, что группы спецназа Балтийского флота, высаженные с подводных лодок, смогут гораздо эффективнее нейтрализовать шведские военно-морские базы, порты, позиции РЛС, средства связи и береговую артиллерию, чем это сделали бы бомбардировки.

Американский военно-морской аналитик Роберт Вейнланд предположил, что СССР мог планировать с началом боевых действий захват и использование аэродромов в южной части Норвегии, подобные намерения могли быть вызваны и организованными «Солидарностью» беспорядками, которые ослабили надежность польского союзника по выполнению его задач и захвату Датских проливов. По мнению Вейнланда, всплеск с активностью подводных лодок-нарушителей мог быть связан с внутренней ситуацией в Польше.

В 1995 г. новая шведская комиссия по подводным лодкам-нарушителям проводила опрос относительно роли Советского Союза в нарушениях шведских территориальных вод и по работе шведской комиссии 1983 г. Агентство радиоразведки Швеции (FRA) в письме на имя министра обороны сообщило, что не располагает данными радиоперехвата о переговорах советской стороны во время преследования нарушителей в Харсфьярдене. Более того, сигналы, которые передавались из шведских вод, даже не будучи окончательно идентифицированы по их национальной принадлежности, «были определены как переданные на западной аппаратуре связи». Как министр юстиции, так и министр иностранных дел поставили под сомнение выводы комиссии 1983 г. по подводным лодкам и высказались против направления формального протеста Советскому Союзу.

В 2000 г. бывший министр обороны США Каспар Уайнбергер дал весьма примечательное интервью программе шведского телевидения под названием «Стриптиз»:

«Шведское телевидение: Имела ли НАТО основания нарушать шведские воды?

Уайнбергер: Одна из обязательных сторон деятельности НАТО, как оборонительного альянса, заключалась в проверке состояния обороны против нападения советских подводных лодок во всех районах. И, несомненно, были случаи, когда НАТО желала убедиться, что надлежащая береговая оборона какого-то государства действительно существует как элемент единой оборонительной линии альянса. Я обратил внимание, что бывший премьер-министр Карлссон сделал несколько заявлений о том, что НАТО готовится к войне. Это абсолютно неправильно. НАТО готовится к защите против нападения. У НАТО нет наступательных возможностей и нет наступательных планов.

Операции в водах Швеции являлись частью обычных плановых проверок обороноспособности, которые проводила и вынуждена была проводить НАТО, если она действительно хотела видеть себя ответственной за оборону и могущей ее осуществлять. Случай с советской подводной лодкой класса «Виски» в 1981 г. был настоящим нарушением, подводные лодки могут появляться там, где их присутствие нежелательно, и именно поэтому мы делали эти проверки боеготовности и различные маневры, чтобы убедиться, что они не смогут этого сделать, не обнаружив себя... Прямые консультации и дискуссии одних ВМС с другими ВМС, которые мы проводили, причем со всеми странами, не только со Швецией, были направлены на обеспечение способности НАТО выполнить эту задачу и иметь широкие возможности для проверок, путем маневров, или в какой-то иной форме, адекватности обороны и наличия у Советов новых возможностей, которые бы требовали каких-то изменений в нашей обороне или других действий подобного рода. Помимо тогдашнего нарушения, совершенного подводной лодкой класса «Виски», других нарушений не было. Советы не показали иных возможностей для нападения, против которых у нас не было бы защиты... Дело в том, что требовалось часто проверять возможности всех стран, не только на Балтике, которая, безусловно, имеет важное стратегическое значение, но и в Средиземном море, и в морях Азии, и во всех остальных.