Когда в Петрограде и в Царском Селе начался «февральский обвал», Е. С. Боткин, выполняя свой долг, днем и ночью оставался в Александровском дворце. В Петрограде власть уже фактически рухнула. Оттуда шли вести одна хуже другой и, как на беду, один за другим заболевали тяжелой корью царские дети. Николай II выехал из Ставки (Могилев) в Царское Село. Между тем, останься он в Ставке, скорее всего, не потерял бы контроля за развитием событий, как «то случилось во время блуждания его поезда между Могилевом, Малой Вишерой, Бологим и Псковом.

Доктор Боткин находился под арестом в числе немногих, оставшихся при отрекшемся царе до конца мая. Его выпустили домой для лечения опасно заболевшей жены сына. Когда опасность для нее миновала, он обратился к коменданту царскосельского дворца полковнику Е. Кобылинскому с просьбой убедить А. Керенского разрешить ему вернуться к арестованной царской семье. Керенский вызвал Боткина к себе. О чем они говорили – неизвестно. «Но 30 июля, – писала в своих воспоминаниях дочь Боткина Татьяна Мельник, – мой отец вошел к арестованным в Александровский дворец, а в ночь с 31 июля на 1 августа их величеств увезли в Тобольск, причем до Тюмени они не знали, где их конечная остановка…» Из этого можно заключить, что Боткину, скорее всего, было известно о предстоящей далекой ссылке Романовых. Он не поколебался в своем решении. Кроме него, в далекую Сибирь согласились поехать генерал-адъютант И. Татищев, гофмаршал В. Долгоруков, воспитатель наследника швейцарец П. Жильяр, фрейлина, графиня А. Гендрикова, гофлектрисса Е. Шнейдер. Позднее в Тобольск прибыли учитель английского языка англичанин С. Гиббс, доктор В. Деревенько, фрейлина баронесса С. Буксгевден.

Более или менее свободная жизнь в Тобольске (осенью к Боткину приехали дочь Татьяна и сын Глеб) продолжалась до тех пор, пока Тобольск не захватила волна петроградского октябрьского переворота. Тогда режим стал ужесточаться. Из Москвы с отрядом красногвардейцев прибыл чрезвычайный комиссар В. Яковлев. Он никому не говорил, куда повезет царскую семью. Думали, что либо в Москву, либо через Москву в Петроград, а затем и в Европу. На самом деле местом нового временного заключения должен был стать Екатеринбург. Теперь это известно из рассекреченной переписки руководителей Уралоблсовета с председателем ВЦИКа Я. Свердловым. Свердлов писал им: «Задача Яковлева – доставить Николая в Екатеринбург живым и сдать председателю Белобородову или Голощекину». В Тобольске Яковлев заявил членам комитета Отряда особого назначения, охранявшего царскую семью: «Жизнь пленных гарантируется головами всех, кто не сумеет уберечь, и всех, кто сделает покушение на жизнь бывшего царя». Это было зафиксировано в протоколе заседания. Яковлев очень торопился и, когда стало известно, что Алексей Романов болен, решил увезти хотя бы часть семьи. С Николаем поехали Александра Федоровна, дочь Мария, В. Долгоруков, доктор Боткин и трое из прислуги: камердинер В. Чемодуров, горничная А. Демидова, официант И. Седнев. По свидетельству Татьяны Мельник, Боткин мог не поехать, вызвался сам, оставляя в Тобольске своих детей.

Путь от Тобольска до Тюмени, где предстояло сесть в поезд, был очень тяжелым. Уже начиналась распутица, повозки проваливались в воду. Боткин чувствовал себя очень плохо, у него начались приступы желчнокаменной болезни. Но несравненно хуже была угроза, которая нависла со стороны екатеринбургских красногвардейских отрядов, по пятам шедших за группой Яковлева. Председатель Уралоблсовета А. Белобородов в своих неоконченных воспоминаниях, которые только теперь стали известными, писал: «Мы считали, что, пожалуй, нет даже необходимости доставлять Николая в Екатеринбург, что если представятся благоприятные условия во время его перевода, он должен быть расстрелян в дороге». С большим трудом, связавшись со Свердловым, который потребовал, чтобы в Екатеринбург «груз» был доставлен в полном порядке, Яковлеву удалось осуществить свою миссию.

30 апреля вся группа прибыла в Екатеринбург. В «Дом особого назначения» (особняк инженера Ипатьева) были отправлены Николай II, Александра Федоровна, их дочь Мария, доктор Боткин, несколько слуг и А. Демидова. Остальные были арестованы и заключены в тюрьму.

23 мая 1918 г. председатель исполкома тобольского Совета, бывший матрос П. Хохряков доставил в Екатеринбург остальных членов семьи бывшего царя и некоторых лиц из их окружения и прислуги. В «Дом особого назначения» допустили повара И. Харитонова, «дядьку» Алексея – матроса К. Нагорного и племянника И. Седнева – поваренка Леню Седнева. Чемодурова заменили на прибывшего лакея Николая II – А. Труппа; Нагорного и И. Седнева забрали из «Дома особого назначения» в конце мая, после чего они уже не вернулись – были расстреляны. Остальных прибывших либо отправили в тюрьму (И. Татищева, А. Гендрикову, Е. Шнейдер и др.), где они позднее тоже были расстреляны, либо разрешили поселиться в городе, по-видимому, «для наблюдения». Среди них были доктор Деревенько и иностранные подданные Жильяр и Гиббс.

Алексей Романов приехал в Екатеринбург совершенно больным. Сохранился уникальный документ – обращение доктора Боткина в исполком Уралоблсовета. Черновик называется «прошением», но, переписывая его набело, Боткин вычеркнул слово «прошение». Он беспокоил Областной исполнительный комитет усердным ходатайством и просил допустить Жильяра и Гиббса к продолжению их службы при Алексее Романове. Ему отказали.

В дневниках бывшего царя и Александры Федоровны царскосельского, да и тобольского периодов имя Е. С. Боткина встречается нечасто. Но их же дневниковые записи во время екатеринбургского заточения упоминают его неоднократно. И это вряд ли случайно. По мере того, как тюремные условия становились все более жесткими, значение такой благородной и умиротворяющей личности, как доктор Боткин, не могло не расти. Теперь фактически только через него шли все переговоры с тюремщиками из охраны «Дома особого назначения» и исполкома Уралоблсовета.

Последние записи Николая II с упоминанием имени Боткина относятся к 9, 10 и 12 июня. 9-го: «По письменной просьбе Боткина нам разрешили полуторачасовые прогулки…» и 10-го: «Евг. Серг. (Боткин) заболел почками и очень страдал…» 12-го: «Евг. Серг. гораздо лучше, но он еще лежит», а 9 июля, за неделю до страшной ночи в ипатьевском подвале, Евгений Сергеевич начал писать длинное письмо «доброму другу Саше», как можно судить, своему однокашнику по учебе в медицинской академии «выпуска 1889 г.» В этом письме – весь Е. С. Боткин.

«Дорогой мой, добрый друг Саша, делаю последнюю попытку писания настоящего письма, – по крайней мере, отсюда, – хотя «та оговорка, по-моему, совершенно излишняя: не думаю, чтобы мне суждено было когда-нибудь еще писать, – мое добровольное заключение здесь настолько же временем не ограничено, насколько ограничено мое земное существование. В сущности, я уже умер, умер для своих детей, для друзей, для дела…

Когда мы еще не были выпуском, а только курсом, но уже дружным, исповедовавшим те принципы, с которыми мы вступили в жизнь, мы большей частью не рассматривали их с религиозной точки зрения, да и не знаю, много ли среди нас и было религиозных. Но всякий кодекс принципов есть уже религия, и наш… так близко подходил к христианству, что полное обращение наше к нему, или хоть многих из нас, было совсем естественным переходом. Вообще, если «вера без дел мертва», то дела без веры могут существовать, и если кому из нас к делам присоединялась и вера, то это уже по особой к нему милости Божьей. Одним из таких счастливцев, путем тяжелого испытания, – потери моего первенца, полугодовалого сыночка Сережи, – оказался я. С тех пор мой кодекс, значит, еще значительно расширился и определился, и в каждом деле я заботился не только «о курсовом», но и «о Господнем». Это оправдывает и последнее мое решение, когда я не поколебался покинуть своих детей круглыми сиротами, чтобы исполнить свой врачебный долг до конца…