Тем временем ополчение Ляпунова медленно двигалось к Москве. 17 марта 16.11 года в Вербное воскресенье Гермогена на время освободили из-под стражи для торжественного шествия на осле. Но народ не пошел за вербой, так как по Москве распространился слух, что Салтыков с поляками хотят напасть на патриарха и безоружных москвичей. По всем улицам и площадям стояли польские конные и пешие роты. Поляки-очевидцы вспоминали, что Салтыков говорил им: «Нынче был случай, и вы Москву не били, ну так они вас во вторник будут бить, и я этого ждать не буду, возьму жену и поеду к королю».

Салтыков ожидал подхода ополчения Ляпунова ко вторнику и поэтому хотел превентивно расправиться с москвичами. Поляки стали готовиться к обороне — втаскивать пушки на башни в Кремле и Китай-городе, а тем временем в московские слободы тайно проникали ратники из ляпуновского ополчения, чтобы поддержать горожан в случае нападения поляков. Пробрались и воеводы: князь Дмитрий Пожарский, Иван Бутурлин и Иван Колтовской. Но утро вторника началось как обычно — в городе было тихо, купцы отперли лавки в Китай-городе и начали торговлю. В это время на рынке пан Николай Козановский велел извозчикам идти помогать втаскивать пушки на башни. Извозчики отказались, поднялся шум, раздались крики. В Кремле находилось несколько сот немецких наемников, перешедших к полякам при Клушине. Услышав шум, они решили, что началось восстание, выскочили на площадь и стали избивать москвичей. Их примеру последовали поляки, и началась резня безоружных людей. В тот день в Китай-городе было убито около семи тысяч человек. Князя Андрея Васильевича Голицына, сидевшего «под домашним арестом», убили охранявшие его поляки.

В это время в Белом городе русские ударили в набат, забаррикадировали улицы всем, что попадало под руку: столами, скамьями, бревнами — и, укрывшись, стали стрелять в немцев и поляков. Из окон домов также стреляли, бросали камни и бревна.

Ратники из ополчения Ляпунова, проникшие в Москву, оказали существенную помощь горожанам. На Сретенке большой отряд москвичей собрал князь Д. М. Пожарский. К нему присоединились пушкари из находившегося рядом Пушечного двора. Говорят, что пушки со двора доставил сам Андрей Чохов — знаменитый пушечных дел мастер. Пожарскому удалось загнать поляков в Китай-город и выстроить острожек (укрепление) у церкви Введения на Лубянке, который закрывал ляхам выход из ворот Китай-города. Отряд Ивана Бутурлина дрался у Яузских ворот, а Иван Колтовской занял Замоскворечье.

Поляки были загнаны в Кремль и Китай-город. Вокруг их каменных стен тесно стояли деревянные дома Белого и Земляного городов. Идея поджечь Москву, видимо, пришла в голову многим полякам, независимо друг от друга. Как позже писал участник боя польский поручик Маскевич: «По тесноте улиц мы разделились на четыре или шесть отрядов; каждому из нас было жарко; мы не могли и не умели придумать, чем пособить себе в такой беде, как вдруг кто-то закричал: „Огня! Огня! Жги домы!“ Мы принялись жечь город, которого третья часть осталась еще неприкосновенною — огонь не успел так скоро всего истребить. Мы действовали в сем случае по совету доброжелательных нам бояр, которые признавали необходимым сжечь Москву до основания, чтобы отнять у неприятеля все средства укрепиться...».

В середине дня 20 марта в Москве бои шли только на Сретенке. Там до вечера дрался князь Пожарский. Вечером он был тяжело ранен в голову и вынесен ратниками из боя. Его удалось увезти в Троицкий монастырь. Последнее сопротивление прекратилось. На улицах лежало около семи тысяч трупов.

Большинство москвичей, несмотря на мороз, бежали из столицы. Лишь некоторые 21 марта пришли к Гонсевскому просить о помиловании. Тот велел им снова присягнуть Владиславу и отдал приказ полякам прекратить убийства, а покорившимся москвичам иметь особый знак — подпоясываться полотенцем.

Конрад Буссов писал, что в течение нескольких дней «не видно было, чтобы московиты возвращались, воинские люди только и делали, что искали добычу. Одежду, полотно, олово, латунь, медь, утварь, которые были выкопаны из погребов и ям и могли быть проданы за большие деньги, они ни во что не ставили. Это они оставляли, а брали только бархат, шелк, парчу, золото, серебро, драгоценные каменья и жемчуг. В церквах они снимали со святых позолоченные серебряные ризы, ожерелья и вороты, пышно украшенные драгоценными каменьями и жемчугом. Многим польским солдатам досталось по 10, 15, 25 фунтов серебра, содранного с идолов, и тот, кто ушел в окровавленном, грязном платье, возвращался в Кремль в дорогих одеждах...»

Тяжело раненный Дмитрий Пожарский несколько недель лежал у монахов в Троице-Сергиевом монастыре, а затем отправился долечиваться в свою вотчину Мугреево. А тем временем сосед Дмитрия Михайловича по суздальским имениям стольник Гришка Орлов попытался захватить вотчины Пожарского. Сам Гришка во время московского восстания был на стороне поляков. Узнав об участии Пожарского в восстании и его тяжелом ранении, Орлов тут же накатал грамоту на имя польского короля: «Наияснейшему великому государю Жигимонту, королю польскому и великому князю литовскому, и государю царю и великому князю Владиславу Жигимонтовичу всея Руси бьет челом верноподданный вашие государские милости Гришка Орлов. Милосердные великие государи! Пожалуйте меня, верноподданного холопа своего, в Суздальском уезде изменничьим княжь Дмитриевым поместенцом Пожарского, селцом Ландехом Нижним з деревнями; а князь Дмитрий вам государем изменил, отъехал с Москвы в воровские полки, и с вашими государевыми людьми бился в те поры, как на Москве мужики изменили, и на бою в те поры ранен. Милосердные великие государи! Смилуйтеся, пожалуйте».

Прошение это Гришка подал Гонсевскому, а тот приказал Мстиславскому выдать стольнику жалованную грамоту. Боярская дума немедленно известила крестьян Нижнего Ландеха об их новом владельце: «И вы б все крестьяне, которые в том селе и в деревнях и в починках живут и на пустошах учнут жити, Григория Орлова слушали, пашню на него пахали и доход ему помещиков платили».

В Мугрееве воевода узнал об осаде Москвы первым ополчением, о кознях казаков против Ляпунова и о его гибели, о массовом уходе дворян и служилых из ополчения.

Наступил самый критический момент Смутного времени. Первое ополчение разлагалось. Чтобы спасти Россию, нужны были новая сила и новый вождь.

Летом 1611 года, когда Ляпунов был еще жив, архимандрит Троицкого монастыря Дионисий разослал грамоты в Казань и другие низовые города, в Новгород Великий, на Поморье, в Вологду и Пермь, где говорилось: «Православные христиане, вспомните истинную православную христианскую веру... покажите подвиг свой, молите служилых людей, чтоб быть всем православным христианам в соединении и стать сообща против предателей христианских, Михайлы Салтыкова и Федьки Андронова и против вечных врагов христианства, польских и литовских людей. Сами видите конечную от них погибель всем христианам, видите, какое разоренье учинили они в Московском государстве. Где святые божии церкви и божии образы? Где иноки, сединами цветущие? Инокини, добродетелями украшенные? Не все ли до конца разорено и обругано злым поруганием; не пощажены ни старики, ни младенцы грудные... Пусть служилые люди без всякого мешканья спешат к Москве, в сход к боярам, воеводам и ко всем православным христианам».