Резкое обострение обстановки в Европе во второй половине 1930-х гг. и начавшаяся Вторая мировая война остро поставили перед СССР вопрос об отношениях с прибалтийскими государствами. Поэтому, используя заинтересованность Германии в обеспечении своей безопасности на востоке в условиях ведения военных действий на западе, советское руководство стремилось получить свободу действий в отношении этих государств. В результате в соответствии с пактом о ненападении Молотова – Риббентропа вначале Латвия и Эстония, а затем, после заключения 28 сентября 1939 г. договора о «Дружбе и границе» с Германией, и Литва вошли в сферу интересов Советского Союза.

Первоначально в отношении Прибалтики руководство СССР планировало провести в жизнь уже оправдавший себя вариант с Западной Белоруссией и Западной Украиной. Для этого Генеральному штабу Красной Армии были даны указания спланировать масштабную наступательную операцию. Так, 26 сентября 1939 г. нарком обороны СССР К.Е. Ворошилов направил командующему войсками Ленинградского военного округа К.А. Мерецкову директиву, в которой приказал: «Немедленно приступить к сосредоточению сил на эстонско-латвийской границе и закончить таковое 29.09.39 г. Задача Ленинградского военного округа – нанести мощный удар по эстонским войскам…» Нарком обороны подчеркивал, что «… действия армий должны быть решительными, поэтому они не должны ввязываться во фронтальные бои на укрепленных позициях противника, а, оставляя заслоны с фронта, обходить фланги и заходить в тыл, продолжая выполнять поставленную задачу»[1].

Через два дня, 28 сентября, в Ленинграде, в штабе округа получили новую шифротелеграмму Ворошилова: «… План операции в основном утверждается. Начало действий по особому моему указанию. Продолжать срочным порядком сосредоточение войск, подвоз горючего, боеприпасов и организацию связи и управления войсками. При постановке задач частям избегать разрушения железнодорожных мостов, стремиться захватить их целыми…»[2]Но в данном случае полномасштабные военные операции не потребовались.

С начала Второй мировой войны правительства Эстонии, Латвии и Литвы стремились к сохранению статуса нейтральных государств. Однако, когда Советский Союз вышел с предложением заключить двухсторонние договоры о взаимопомощи, после больших колебаний оно было принято, так как альтернативой этому была только война с Советским Союзом. Началом практической реализации заключенных договоренностей между СССР и государствами Прибалтики стало 19 октября 1939 г. Утром того дня первыми на территорию Эстонии вошли соединения и части Ленинградского военного округа (65-й стрелковый корпус, 16-я стрелковая дивизия, 18-я танковая бригада). 29 октября соединения Красной Армии перешли советско-латвийскую границу. В Латвию были передислоцированы 2-й особый стрелковый корпус, 76-я стрелковая дивизия и 6-я танковая бригада. Практически одновременно из Белорусского военного округа в Литву были переброшены 16-й стрелковый корпус и 2-я легкая танковая бригада.

В результате таких действий в Прибалтике, на территории пока еще независимых Эстонии, Латвии и Литвы, одновременно находились войска Красной Армии и собственные вооруженные силы этих стран. Но такое положение сохранялось недолго. 14 июня 1940 г. правительство СССР под предлогом того, что якобы имели место нарушения литовской стороной заключенных договоренностей и даже случаи похищения советских военнослужащих и истязания их с целью выведать военные секреты, предъявило правительству Литвы ультимативные требования: «…Чтобы немедленно было сформировано в Литве такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора.

Чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Литвы советских воинских частей для размещения их в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве»[3].

15 июня литовское правительство сообщило о своем согласии с советскими условиями. В тот же день новый контингент Красной Армии вступил на территорию Литвы. На следующий день советское правительство вручило ноты посланникам Латвии и Эстонии с требованием обеспечить ввод на территории этих стран новых группировок Красной Армии. Политические цели дополнительного ввода советских войск на территорию прибалтийских государств были изложены в директиве начальника Политуправления Красной Армии, в которой, в частности, говорилось: «…Наша задача ясна. Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным и западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполнили наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков…»[4]

После ввода в страны Прибалтики значительных контингентов советских войск обстановка здесь коренным образом изменилась. 14 и 15 июля прошли выборы в народные сеймы Латвии, Литвы и Эстонии, а 21 июля народные представители провозгласили установление в своих республиках советской власти и приняли декларации с просьбой о принятии их в состав СССР. Чрезвычайная VII сессия Верховного Совета Союза ССР удовлетворила эту просьбу. Образовались Латвийская, Эстонская и Литовская ССР.

В целях прикрытия сухопутных и морских границ Советского Союза и обеспечения безопасности новых советских республик 11 июля 1940 г. был создан Прибалтийский военный округ. В его состав включались войсковые части и учреждения, дислоцировавшиеся на территории Латвийской и Литовской республик. Войска на территории Эстонии первоначально вошли в состав Ленинградского военного округа. Приказом народного комиссара обороны Союза СССР № 0190 от 17 августа 1940 г. округ был переименован в Прибалтийский Особый военный округ с включением в него и территории Эстонской ССР. Одновременно было принято решение о ликвидации национальных армий прибалтийских государств, и за два месяца – сентябрь-октябрь они были переформированы в 22, 24-й и 29-й стрелковые корпуса Красной Армии. Постановлением СНК Союза ССР от 19 декабря 1940 г. двадцати бывшим генералам прибалтийских армий были присвоены воинские звания генералов РККА. Но спустя полгода, в июне 1941 г., под предлогом направления на учебу в военные академии командование территориальных корпусов было заменено командирами Красной Армии. Несмотря на организационно-штатные и другие мероприятия, проведенные в самый канун войны, боеспособность этих корпусов была низкой, а политико-моральное состояние личного состава, большинство из которого по-прежнему составляли представители коренных национальностей, вызывало тревогу у командования округа.