В течение пяти месяцев папа оставлял этот вызов Фердинанда без ответа, а король действовал по-своему. Наконец энергичная деятельность Фердинанда вывела Сикста из состояния бездействия, и 9 октября 1482 года он опубликовал бреве о готовности вступить в переговоры с королем относительно выработки правил для арагонской инквизиции. К сожалению, не сохранилось никаких документов о ходе этих переговоров. Известно лишь, что они тянулись целых двенадцать месяцев и закончились полной победой Фердинанда. Король получил не только право назначения по собственному усмотрению доминиканца, в свою очередь назначавшего инквизиторов, но и ближайший контроль над инквизицией и право конфискации имущества еретиков. 17 октября 1483 года папская булла санкционировала торжество Фердинанда; причем в ней папа заявил, что предоставлением королевской власти указанных прав он честно исполнил свои обязанности в качестве главы Римской церкви.

Фердинанд и Изабелла поспешили воспользоваться плодами своей победы. Еще до обнародования буллы от 17 октября был учрежден Высший совет инквизиции, известный обыкновенно под именем Супремы — la Suprema; во главе этого учреждения был поставлен великий инквизитор, который имел право самостоятельно назначать и смещать инквизиторов. Пост великого инквизитора был прежде чужд инквизиции, всецело зависевшей от Рима. Он назначался королем и утверждался папой. Впоследствии одна должность разделилась на две — великого инквизитора и президента Супремы; иногда их занимал один человек, но иногда два разных человека, и так как границы власти этих лиц не были установлены, между ними происходили недоразумения. Великий инквизитор мог иметь также и заместителей или передавать полномочия судить еретиков другим членам Супремы.

В состав Супремы входили несколько духовных лиц и обыкновенно два члена государственного совета. Главными ее задачами считались выработка общих правил для отдельных трибуналов и контроль над их действиями; она также служила посредником между ними, окончательно решала спорные и наиболее сложные процессы, заведовала финансами инквизиции и нередко посылала для ревизии одного из своих членов в тот или иной провинциальный трибунал. Супрема имела также право приостановить уже начатый в провинции процесс и потребовать к себе все делопроизводство; причем вмешательство ее порой выглядело мелочным. В случае разногласия судей в инквизиционном трибунале относительно вины еретика решение вопроса всегда зависело от Супремы, которая и выносила окончательный приговор. Нередко, нужно отдать Супреме справедливость, она заменяла смертную казнь каким-либо иным, менее тяжелым наказанием.

Вмешательство Супремы в дела отдельных трибуналов не заканчивалось утверждением и вынесением приговоров — к ней поступали просьбы о помиловании со стороны примирившихся с церковью и покаявшихся в грехах. Супрема могла при этом помиловать даже тех, кому провинциальный трибунал отказал в милости. Кроме того, от Супремы зависели награды отличившимся инквизиторам.

Особенно энергично проявлялся контроль Супремы в денежных делах. В 1517 году отдан был приказ генеральным откупщикам посылать в кассу Супремы налоги, которые до того времени поступали в кассу провинциальных трибуналов. От этого распоряжения севильский трибунал пострадал на 500 тыс. мараведи, кордовский на 103 тыс. Супрема претендовала не только на эти обложения, но и на обычные доходы трибуналов, идущие от конфискаций и штрафов еретиков. Как только какой-либо трибунал арестовывал богатого еретика, Супрема немедленно требовала от него денег. Часто также Супрема посылала одному трибуналу требование оказать материальную помощь другому. Например, когда изгнание морисков в 1609—1610 годах подорвало доходы Валенсии, Гранада и Севилья были вынуждены отправить ей по 1000 дукатов.

Аппетиты Супремы постоянно росли, пока в 1629 году король Филипп IV не настоял, чтобы ему представили подробный отчет о состоянии ее кассы. После долгих проволочек Супрема представила следующие цифры: каждый член Супремы духовного звания получал 500 тыс. мараведи, светского звания — 166 тыс., секретарь и главный приемщик по 200 тыс. Цифры эти были совершенно неверны: на самом деле великий инквизитор получал 1 452 920 мараведи, духовный член Супремы — вдвое меньше, светский — третью часть от этой суммы; общее жалованье членов и обслуживающего персонала Супремы составляло 10 043 527 мараведи, что было приблизительно в десять раз больше, чем в середине XVI века. В 1635 году бюджет Супремы равнялся 13 350 275 мараведи, а в 1657 году — уже 18 500 000 мараведи.

Первым великим инквизитором стал Томас Торквемада.

Он родился в 1420 году в небольшом испанском городе Торквемада, в семье, давшей выдающегося духовного деятеля кардинала Хуана Торквемаду. Томас был родным племянником Хуана, чью славу ему суждено было впоследствии затмить. В петиции, поданной толедскими маранами в 1449 году Лопе де Барьентосу, епископу Куэнки, и перечислявшей аристократические испанские фамилии, в жилах которых течет еврейская кровь, упоминается, между прочим, и имя Хуана Торквемады. Если это правда, то первый великий инквизитор, с именем которого связано столько горьких для евреев воспоминаний, был еврейского происхождения.

Еще юношей Томас Торквемада приобрел большую известность благодаря своему суровому образу жизни, непреклонному характеру, строгому благочестию и необыкновенному красноречию. Горячий изобличитель ереси, Томас в резких выражениях клеймил тайных и явных врагов католической веры и своими смелыми выступлениями пленял народные массы. Толпы богомольцев спешили к юному аскету-проповеднику. Своих многочисленных приверженцев Торквемада подкупал не только пламенным красноречием, искренностью убеждений и глубокой верой в осуществление своего идеала, но и удивительным бескорыстием, выражавшимся в том, что он, несмотря на многочисленные, весьма лестные и выгодные предложения занять высокий пост в духовной иерархии, упорно отказывался от всяких титулов и почестей, предпочитая оставаться простым проповедником-доминиканцем небольшого сравнительно монастыря в Вальядолиде. Лишь в 1459 году, то есть 39 лет от роду, Торквемада согласился наконец принять звание приора в монастыре Св. Креста в Сеговии — с этого момента, собственно, и началась его карьера, так как эта обитель была излюбленным местом паломничества кастильской аристократии, не исключая и королевской семьи. Вскоре Томас был назначен духовником инфанты Изабеллы, будущей королевы. Разумеется, суровый аскет из Сеговии стремился заручиться поддержкой светской власти, которая одна только и могла повести святое дело искоренения ереси в тех грандиозных размерах, о которых он мечтал. Горячо защищая притязания Изабеллы на королевский трон, Торквемада в действительности ратовал за собственный свой идеал.

При вступлении Изабеллы на престол он, казалось, по-прежнему оставался чужд всякого честолюбия, отказываясь от архиепископского звания и кардинальской шляпы. Это особенно выделяло его из массы жадного к почестям и титулам испанского духовенства и создавало ему славу бескорыстно преданного религии проповедника, тем более что в своих обличениях он не останавливался ни перед чем, обрушиваясь подчас и на самых высокопоставленных представителей светской и духовной власти. Однако под личиной скромности Торквемада таил смелый план: он рассчитывал стать выше епископов и других членов духовной иерархии — он мечтал получить особые полномочия и возглавить борьбу с ересью. В качестве инквизитора он обнаружил необыкновенные организаторские способности, удивительную выдержку, не знавшую границ жестокость и поражавшее всех хладнокровие. Из его рук не ускользал ни один еретик; никакой грешник не мог рассчитывать на снисхождение или милосердие, когда в трибунале заседал Торквемада. Если принять во внимание, что наряду с этими качествами Томас отличался глубокой преданностью королевской семье, то станет вполне понятно, почему Фердинанд, мечтавший установить единство религии, и Изабелла, стремившаяся искоренить в своей стране безбожие, остановили свой выбор на Торквемаде, когда дело дошло до выбора великого инквизитора. Точная дата его назначения не известна; большинство историков считают началом деятельности Торквемады в этом качестве середину сентября 1483 года.