Алексей вознамерился превратить крестоносцев в имперские войска, продемонстрировав, что земли, через которые лежал их путь, хоть и захваченные к тому моменту турками, вовсе не являлись ничейными. Он потребовал от латинян клятву верности и обещания вернуть империи все территории, которые ей ранее принадлежали. Готфрид и все крупные бароны в конце концов принесли клятву, кроме Танкреда и графа Тулузского, который отказался признать Алексея своим господином, по крайней мере, пока тот не вступит в ряды крестоносного воинства; в результате Раймунд всего лишь обещал не причинять никакого вреда Василевсу. Всех, кто принес клятву верности, император осыпал подарками; им выдали плату и обеспечили поставку продовольствия до Анатолии. Правда, Боэмунд стремился добиться большего: он хотел стать вассалом Алексея либо в качестве великого доместика Востока (титул, который принимал командующий византийской армии в Азии), либо в качестве владетеля какого-либо фьефа в Азии — это свидетельствует, что у этого итальянского норманна уже родилась мысль осесть в Леванте. Алексей обещал дать ему фьеф за пределами Антиохии (то есть рядом с Алеппо и Дамаском, землями, которые были завоеваны арабами в VII в. и никогда не возвращались к империи) размером в четырнадцать дней пути на восемь дней, своеобразную мусульманскую марку, которая была бы выгодна византийцам — но это была бы точно такая же марка, как и та, где норманны, приглашенные византийцами, основали итальянское княжество, и, в конце концов, изгнали как мусульман, так и своих византийских союзников…

В сопровождении византийского корпуса под командованием Татикия крестоносцы осадили Никею, столицу сельджукского султаната в Анатолии: 26 июня 1097 г. Никея вновь, более чем на два столетия, стала византийским городом. После первого успеха латиняне направились в малоазиатские степи, где 1 июля все силы анатолийских турок внезапно обрушились на один из двух их отрядов, который возглавляли Боэмунд и Роберт Коротконогий. В критический момент норманнов выручил подоспевший Готфрид Бульонский с остальной армией, и сражение при Дорилее обернулось поражением для турок, чья привычная тактика (обстрел из луков издали) оказалась бесполезной перед все сметающей на своем пути атакой тяжелой кавалерии франков и их стойкостью. Однако франкская кавалерия скоро стала таять: в песках Фригии погибли все лошади с Запада. Турки оставляли после себя «выжженную» землю, и даже взятие франками Конии (Икония, 15 августа 1097 г.) не улучшило ситуации с продовольствием. Трава для лошадей попадалась лишь изредка, и после победы при Гераклее (10 сентября) крестоносное войско разделилось на два корпуса: один под командованием Танкреда и Балдуина Булонского двинулся в Киликию, второй — на север, где занял Цезарею (Кесарию), возвращенную византийцам вместе с Команой (там остался франко-византийский гарнизон во главе с Пьером д'О (d'Aups). После этого отряд спустился до Марата (октябрь 1097 г.) и подошел к Антиохии. В то же время Танкред и Балдуин пребывали в Киликии, где надеялись выгадать для себя помощь армянских вождей. Они выгнали турок, но в конце концов поссорились, и оба покинули регион, в котором Танкред и Гинемер Булонский, действуя в пользу Балдуина, оставили несколько гарнизонов. Сам Балдуин по зову армянских вождей вновь вернулся в Эдессу, где его как родного сына принял владелец города армянин Торос, от которого граф Булонский не замедлил избавиться — или ему в этом помог народный мятеж. Балдуин привел с собой только 80 рыцарей, но вскоре разрозненные воины, из тех, кто ранее потерял коней, постепенно подтянулись к Эдессе, где в конце концов их набралось около двух сотен.

В то время как рождалось будущее графство Эдесское (март 1098 г.), остальные крестоносцы осаждали Антиохию. Осада огромного сирийского города началась 20 октября 1097 г. и продлилась до 3 июня 1098 г. Хотя разлад в среде мусульманских вождей этого региона и облегчил крестоносцам задачу, они столкнулись с необыкновенно мощными укреплениями: осада была очень сложной уже из-за одной протяженности крепостных стен. Несмотря на то, что Раймунд Сен-Жилльский предложил предпринять штурм в первые же дни, туркам хватило времени опомниться. Их рейды, прикрывавшие обозы с продовольствием для поддержания города, постоянно тревожили крестоносцев и мешали сообщению с булонской и византийской (состоявшей из английских судов под командованием последнего англо-саксонского короля Эдгара Этелинга, поступившего на службу к Василевсу) эскадрами, которые стояли в портах Сан-Симеона и Лаодикеи. В одной из таких вылазок турки, напавшие на Раймунда и Боэмунда, которые направлялись к Сан-Симеону, потерпели поражение (6 марта 1098 г.). Но в христианском лагере по-прежнему царил голод, так как турки не прекращали препятствовать подвозу продовольствия. Одна колонна, вверенная Боэмунду и Роберту Фландрскому, направилась в поисках фуража в среднюю долину Оронта: там крестоносцы наткнулись на турецко-арабскую армию, двигавшуюся из Хомса и Дамаска на помощь Антиохии. Боэмунд и Роберт одержали победу и помешали снятию осады, но в лагерь вернулись с пустыми руками (31 декабря 1097 г.). В условиях усилившегося голода, когда одни крестоносцы гибли, другие (как Петр Отшельник) дезертировали, Боэмунд спровоцировал уход византийского командира Татикия, присутствие которого мешало его планам в отношении Антиохии. Тогда мусульмане из Алеппо решились атаковать ослабленную армию: но, несмотря на численное превосходство нападавших, битва закончилась для них таким разгромом, что в бегстве они оставили франкам крепость Харим (9 февраля 1098 г.). Антиохийцы, сделав вылазку, не смогли соединиться с алеппской армией, а постройка крестоносцами многочисленных фортов затруднила поставку продовольствия в город, который снабжали даже христианские крестьяне этой области.

В конце концов, Боэмунд завязал отношения с отступником — армянином из города, который пообещал сдать ему крепостную башню. Норманн продолжил переговоры только после того, как заставил всех баронов уступить ему Антиохийскую сеньорию: эта договоренность становилась недействительной только в случае оказания помощи крестоносцам Алексеем Комниным. Один Раймунд Сен-Жилльский, который хотел оставить город себе, отказался от сделки. Боэмунд, не обратив на него внимание, добился сдачи башни, и весь город попал в руки франков, за исключением цитадели, которая находилась на самом высоком участке крепостной стены (а не в центре, как франкские донжоны; таким образом, цитадель сохранила сообщение с внешним миром). В этот момент «Карборан» (Курбука или Кербога, правитель Мосула), подошел с огромной армией, которая в течение месяца напрасно осаждала Эдессу; крестоносцы едва успели укрепиться в городе. 5 июня началась вторая осада Антиохии, но теперь уже воины огромной мусульманской коалиции, превосходившие числом своих противников, установили полную блокаду. Тем не менее несколько крестоносцев смогли бежать из окружения: Этьен Блуасский и Гильом Меленский присоединились в Анатолии к византийской армии, которая шла на помощь латинянам, а после их ложных заверений повернула обратно к Алексею Комнину. Осада продолжалась, голод царил в городе, которому грозила опасность как снаружи, так и со стороны цитадели, откуда турки делали вылазки в глубь антиохийских улочек.

Чудесная находка воскресила боевой дух христиан. Провансалец Пьер Бартелеми, озаренный видением, приказал начать раскопки в храме Св. Петра, откуда извлекли Св. Копье, которым был поражен в бок распятый Христос (14 июня 1098 г.). 28 июня франкская армия без помех построилась вне крепостных стен, так как в мусульманском лагере, охваченном распрями, и не подумали помешать ее выходу. Победоносный бросок Боэмунда разнес турецко-арабскую армию: она была рассеяна, а захваченная добыча — огромна. Захват всех продовольственных запасов Кербоги позволил крестоносцам надолго забыть о голоде, и цитадель сдалась Боэмунду.