Несмотря на все трудности, которые приходилось преодолевать руководителям и профессорам молодых университетов, деятельность их была высокопродуктивной. Они осуществляли, согласно уставу 1804 года, административное и учебно-методическое руководство государственными учебными заведениями и частными пансионами своего учебного округа, изучали и проверяли работу учителей, помогали открытию новых школ, вели большую краеведческую работу: исследовали естественные богатства края, лечебные свойства вод, залежи полезных ископаемых. Профессора и студенты медицинского факультета участвовали в борьбе с эпидемиями. Преподаватели университетов вели большую просветительную работу — участвовали в местных периодических изданиях, литературных и научных обществах. Так, преподаватели Харьковского университета способствовали возникновению и деятельности первой украинской газеты — «Харьковский еженедельник» (1812) и последующих изданий — «Харьковский демократ» (1816), «Украинский вестник» (1816–1819), «Украинский журнал» (1824–1825) и др. Профессора Казанского университета, проводя историко-археологическое, этнографическое и лингвистическое изучение края, составляли словари местных наречий, описания обрядов. На этой основе в Казанском университете стала успешно развиваться ориенталистика, а в отделении (факультете) словесных наук образована кафедра восточных языков.

Период 1820-х годов, обозначенный реакционной политикой правительства в области просвещения, особенно тяжелым был для университетов.

В 1819 году для инспектирования Казанского университета был послан симбирский губернатор, возглавлявший местное отделение Библейского общества, Магницкий, который пришел к заключению, что профессора там передают «тонкий яд неверия и ненависти к законным властям несчастному юношеству» и предлагал закрыть университет. На последнее правительство не согласилось; назначенному попечителем Казанского учебного округа Магницкому было предписано «исправить» крамольный университет. Начало этому исправлению было положено увольнением одиннадцати «неблагонадежных» профессоров. Затем Магницким была разработана инструкция ректору университета. Главная мысль ее сводилась к тому, что орудием воспитания должна быть религия, и в преподавании всех наук должен утверждаться «один дух святого Евангелия». В соответствии с этой установкой стал перестраиваться и учебный план — одни предметы исключались вовсе, другие начали излагаться в соответствии с новыми требованиями. Так, на юридическом факультете «для преподавания естественного права был составлен учебник христианского естественного права, вместо римского права ведено было преподавать византийское право, руководствуясь кормчей книгой».[45] Философские учения предлагалось излагать в духе апостольских посланий, политические науки — на основе Ветхого завета. При освещении исторических событий рекомендовалось не вдаваться в излишние подробности. Центром изложения должна была стать священная история, задачей лектора — показать добродетельность христиан и злодейство язычников. Историю России следовало в основном ограничить историей дома Романовых.

В результате «преобразованный Казанский университет по своей внутренней организации представлял из себя настоящий монастырь»,[46] — вспоминал один из его студентов. Эта монастырская дисциплина развивала дух ханжества, лицемерия и обмана — показным благочестием можно было заслужить благорасположение начальства. Говорили, что «никогда нравы студентов не были распущеннее, чем тогда», несмотря на то, что ужесточенная слежка за студентами достигла апогея. «Надзиратели, наблюдая за студентами и управляя их каждым шагом, должны водить их из одной комнаты в другую, устанавливать в ряды, осматривать волосы, платье, кровать — словом, быть настоящими ефрейторами, — писал тот же автор, — дежурный адъюнкт, принимая студентов от надзирателей, расставляет их по аудиториям и затем начинает осмотр студентов, который продолжается долго».[47] Только после этих многочисленных осмотров студенты допускались к занятиям, на которые оставалось все меньше времени. Неудивительно, что за годы попечительства Магницкого количество студентов Казанского университета значительно уменьшилось. За это же время там не было напечатано ни одного научного труда.

В то же время между профессорами процветали интриги, доносы, ссоры. Собрание ученого совета университета проходило во взаимных обвинениях в темных интригах, составлении фальшивых протоколов, во взяточничестве и т. п.

Автор многотомной истории Казанского университета Н. П. Загоскин так характеризовал эпоху попечительства Магницкого (1819–1826); «Массовые увольнения неугодных Магницкому профессоров, признанных им неблагонадежными, с заменой их попечительскими креатурами, фарисейская благонамеренность, часто скрывающая под своей личиной невежество и нравственные недостатки; развитие лицемерного ханжества среди учащих и учащихся; запрещение одних наук и ограничение в преподавании других рамками узких и тенденциозно составленных программ».[48]

Следующей жертвой реакции стал преобразованный в 1819 году из Главного педагогического института Петербургский университет. Первоначально он состоял из трех отделений: 1) наук юридических и философских, 2) наук исторических и словесных, 3) наук математических и физических. В отличие от Московского университета здесь не было четвертого, медицинского отделения, так как в Петербурге существовала Медико-хирургическая академия. Отделения возглавляли профессора Лодий, Герман и Чижов. Первым ректором Петербургского университета стал профессор М. А. Балутьянский, видный специалист в области политических и юридических наук, человек прогрессивных взглядов, друг Сперанского и автор многочисленных проектов по крестьянскому, финансовому и другим вопросам. Для преподавания были привлечены выдающиеся ученые и педагоги. Большую популярность заслужили такие профессора университета, как А. П. Куницын, блестящий оратор, любимый лицейский педагог, пламенный патриот, известный своими выступлениями и статьями в период Отечественной войны. Куницын читал естественное право и общую теорию права. В 1815–18 годах он опубликовал на страницах журнала «Сын Отечества» статьи, в которых отстаивал преимущества конституционной формы правления. Европейски образованный специалист, историк и литератор (впоследствии известный драматург) профессор Э. Раупах преподавал всеобщую историю. Курсы статистики и географии читали К. Ф. Герман и К. И. Арсеньев. Профессор К. И. Герман, «ученик знаменитого Шлёцера в Геттингене был, по отзывам современника, человек умный и ученый… честный и добрый». К. И. Арсеньев был учеником профессора Германа, его лекции привлекали студентов как доступностью и четкостью изложения, так и политическим анализом материала, антикрепостническими убеждениями. Талантливым педагогом и ученым был и декан математического отделения профессор Д. С. Чижов.