Одновременно А.Х Бенкендорф был назначен шефом жандармского корпуса, отныне используемого для политического сыска по всей территории России, III отделение и сам А.Х. Бенкендорф и его помощники (фон Фокк и Дубельт) создали разветвленную агентурную сеть и привлекли к сотрудничеству ряд известных в русском обществе литераторов (Ф. Булгарин, Н. Греч, П. Толстой).

Деятельность III отделения была весьма продуктивна, однако имела зловещую репутацию в обществе в связи с делами Чаадаева, Герцена, Белинского, Лермонтова и др.

Непосредственно за борьбу со шпионажем отвечал Военно-ученый комитет Главного штаба русской армии.

Вторая половина XIX и начало XX в. приготовили России новые потрясения.

Стремительно развивалось протестное движение, вызванное реформами 60-х гг. и, прежде всего, «дарованием крепостным людям прав состояния свободных сельских обывателей». Крестьяне ответили на «освобождение» взрывом возмущения. На социальную и политическую арену выходит прослойка интеллигентов-разночинцев, в среде которых все более крепнут настроения разрушить существующий государственный строй.

Неспособность правящего класса приспособиться к изменившейся ситуации все больше приводила протестные группы к мысли о невозможности политических реформ без применения насилия. Для того чтобы «расшевелить народ», на вооружение был взят индивидуальный террор.

4 апреля 1866 г. в Летнем саду прозвучал первый выстрел террориста, покусившегося на жизнь самого русского императора.

Рескриптом царя от 13 мая 1866 г. Государственному совету было предписано навести порядок в стране. В результате закрыты журналы «Русское слово» и «Современник», ограничены права земств, расширены права губернаторов, усилен и без того жесткий контроль за университетами и студентами.

С этого момента пути правительства и интеллигенции окончательно разошлись. Для ведения пропаганды среди крестьян была создана в 1876 г. революционная организация «Земля и воля».

Правительство ответило жестокими репрессиями. Народ не понимал агитаторов «Земли и воли», в результате чего деятельность народников полностью провалилась.

Однако вскоре последовала серия терактов против высоких должностных лиц, что застало правительство врасплох. Власти вновь прибегли к жестким мерам: 9 августа 1878 г. был принят закон «О временном подчинении дел о государственных преступлениях и некоторых преступлениях против должностных лиц ведению военного суда, установленного для военного времени».

Покушение на Александра II 2 апреля 1879 г. вызвало Высочайший указ о разделении страны на 6 генерал-губернаторств. С апреля 1879 по июль 1880 г. оттуда было выслано без суда за неблагонадежность 575 человек. Производились повальные обыски и аресты.

К этому времени в стране возникают подпольные революционные организации экстремистской направленности. Создание «Народной воли» являлось новым этапом вооруженной борьбы с самодержавием.

Власти ответили не только совершенствованием полицейских методов. Законодательным образом было ликвидировано III отделение Собственной Его императорского величества канцелярии, а его функции переданы Департаменту государственной полиции Министерства внутренних дел в целях «политического розыска и наблюдения». Шефом Отдельного корпуса жандармов с этих пор являлся министр внутренних дел.

На местах розыскными и осведомительными источниками Департамента государственной полиции стали губернские жандармские управления.

С 1881 г. вступило в силу «Положение об охране», предусматривающее ряд чрезвычайных мер: губернаторы и градоначальники получали право на трехмесячные аресты и административные высылки, закрытие торговых и промышленных предприятий, приостановку периодических изданий, а также передачу на рассмотрение военного суда отдельных дел. Полицейским и жандармам было предоставлено право на обыски в любое время суток в любых помещениях и на задержание на две недели любых лиц, «внушающих подозрение». По сути дела, в стране было введено чрезвычайное положение.

В результате этих мер в совокупности с агентурным проникновением в революционно-террористическую среду полиции удалось нейтрализовать деятельность «Народной воли», на смену которой пришла, однако, новая сила — партия социал-революционеров. Особую активность в проведении террористических акций проявляла Боевая организация эсеров, которая поставила целью уничтожить представителей власти, признанных «наиболее опасными врагами свободы». Главной задачей террористов являлось внесение страха и дезорганизации в высшие эшелоны власти.

Количество террористических акций возросло в период революции 1905–1907 гг. Так, с октября 1905 по апрель 1906 г. в результате террористических акций погибли 288 человек, 388 должностных лиц получили ранения. В 1907 г. не установленными полицией лицами было совершено 3457 терактов.

Эти факты потребовали новых реформ политического сыска. В частности, в Департаменте полиции были созданы два особых отдела для ведения сыска в политических партиях и для контроля за массовым революционным движением. Возросло и число охранных отделений с трех в 1902 г. до 31 в 1908 г.

Дело Азефа, одного из руководителей Боевой организации эсеров и разоблаченного как провокатора в 1909 г., вызвало процесс распада партийных террористических структур. После ряда неудавшихся акций в начале 1911 г. Боевая организация была распущена. ЦК партии эсеров — «гнездо измены и провокаций» — было серьезно скомпрометировано в глазах рядовых ее членов.

Политический сыск в связи с ослаблением терроризма также претерпел изменения. Количество внутренней агентуры было значительно уменьшено, а охранные отделения ликвидированы, за исключением Московского, Варшавского и Петербургского.

Пока Россия, по выражению канцлера A.M. Горчакова, сосредотачивалась после поражения в Крымской войне, а затем приходила в себя из-за внутренних потрясений, связанных с ростом революционного движения и разгулом терроризма, ее будущие противники зорко наблюдали за военным, экономическим, моральным российским потенциалом.

После фактической денонсации Россией Парижского мирного договора 1856 г. как результата поражения Франции в войне с Пруссией в 1871 г., позволило русскому правительству приступить к воссозданию военного флота на Черном море. После русских побед в войне с Турцией 1877–1878 гг. Европе стало ясно: Российская империя вновь выходит на политическую арену как один из главных игроков, не считаться с которым теперь невозможно. Вполне естественно, что другие главные игроки различных политических комбинаций старались тайными методами заглянуть в карты российского партнера.

Не случайно отмечается активизация деятельности прежде всего австрийской и германской разведок на западных рубежах России именно в 1870—1880-е гг. В связи с этим российские власти начинают предпринимать ряд ответных мер профилактического характера».

В 1885–1892 гг. решалась проблема удаления иностранцев из районов военных крепостей и стратегических пунктов; были составлены специальные карты расселения лиц иноземного происхождения в районах Брест-Литовской и Новогеоргиевской крепостей. В 1898–1900 гг. велась интенсивная переписка между МВД и Штабами Военных округов о разрешении иностранцам путешествовать по России только по определенным маршрутам и под гласным надзором местных властей.