Ленин выступил с критикой сталинского проекта и предложил создание союза государств на федеративной основе заключения договоров между суверенными республиками и образования ряда общих органов власти и управления. Им же было предложено название страны — Союз Советских Социалистических Республик.

Борьба двух концепций (ленинской и сталинской) в решении национального вопроса во многом носила тактический характер. Ленин после Октября 1917 г. в принципе допускал создание и единого унитарного государства, и соединение в федерацию на правах автономии, и организацию союза самостоятельных социалистических республик. Выдвинутый Лениным принцип федерализма был удобен в период неустойчивого состояния советской власти. Сталинский принцип в большей степени соответствовал марксистской установке на денационализацию и создание в перспективе унитарного государства. Формально принимая ленинский принцип федеративного устройства, большевики реально проводили курс на создание унитарного государства и последовательное сворачивание прав республик до уровня автономий, как и планировал Сталин. В 1918 г. были созданы первые национально-областные объединения — Туркестанская Автономная Советская Социалистическая Республика (ТАССР), Трудовая коммуна немцев Поволжья, Советская Социалистическая Республика Тавриды (Крым). В период Гражданской войны отдельные образования были ликвидированы (Северо-Кавказская Советская Республика, Донская Республика), другие создавались заново. В марте 1919 г. была провозглашена Башкирская Автономная Советская Республика, в 1920 г. Татарская и Киргизская Автономные Республики, образовались Чувашская, Калмыцкая, Марийская, Вотская, Карачаево-Черкесская автономные области. В 1921–1922 г. провозглашаются Казахская, Горская, Дагестанская, Якутская, Крымская автономные республики.

Создание национальных автономий шло под контролем Совнаркома, Наркомнаца и лично Сталина. Нередко принимаемые ими решения ставили в невыгодное положение одни регионы в сравнении с другими, запрещали создание новых автономий. Так, казачество, проживавшее компактно (войсками), было повсеместно лишено права на автономию. Наделение горцев (ингушей, чеченцев) землей сопровождалось принудительным переселением в другие районы целых станиц с казачьим населением, «провинившимся, по словам Сталина, перед Советской властью». Казачьи округа были ликвидированы сначала на Северном Кавказе, затем в других районах России.

Смирившись с потерей западных областей, большевики не допускали возможности независимости Украины, Белоруссии и Закавказских республик. В Азербайджане в апреле 1920 г. после ухода англичан местный Военный революционный комитет при поддержке Красной Армии взял власть в свои руки. Такая же модель была использована в Армении и Грузии.

В 1921 г. Сталин в качестве особого порученца Ленина занимался закреплением вновь приобретенных национальных территорий к Москве, исполняя роль наместника Политбюро на Кавказе. Принцип самоопределения и образования автономий был в целом принят национальными массами России и сыграл важную роль в победе красных в Гражданской войне.

В 1922 г. начинается практическая работа по объединению советских республик в единый союз. Встал вопрос об упорядочении экономических, а затем и политических связей. В августе 1922 г. для выработки планов сближения советских республик ЦК РКП(б) была создана специальная комиссия под председательством Сталина. Но его в тот период в первую очередь интересовал не столько национальный вопрос, сколько выбор стратегического направления.

Сталин и Гражданская война. Вопреки тому, что говорилось в официальных биографиях, написанных при жизни вождя, в первые годы Гражданской войны Сталин все еще находился на вторых ролях. Как свидетельствуют документальные источники, он действительно был активным ее участником, но не был «непосредственным вдохновителем и организатором важнейших побед Красной Армии» и, тем более, ее создателем. Вклад Сталина в победу гораздо скромнее вклада Л. Троцкого, С.И. Гусева, А.С. Бубнова и других известных членов большевистского руководства. Всю Гражданскую войну Сталин находился при Ленине. Практически он не имел в этот период отношения к «большой «политике», какой она была представлена на съездах партии и конгрессах Коминтерна. Он выполнял, насколько это было возможно в тех условиях, обязанности народного комиссара — по делам национальностей и рабоче-крестьянской инспекции (РКИ). Не без иронии Ленин в одном письме А.А. Иоффе подчеркивал, что «судьба» не дала Сталину ни разу за три с половиной года быть ни наркомом РКИ, ни наркомом национальностей…»

Личное участие Сталина в Гражданской войне замечено скорее в политическом и пропагандистском плане, нежели в военном. Не случайно ни в одном из достаточно многочисленных документальных сборников о Гражданской войне, вышедших до начала 1930-х гг. имя Сталина фактически не упоминается. Лишь в1929 г. в «Правде» появилась статья Ворошилова «Сталин и Красная Армия», в которой ближайший соратник Кобы сделал робкую попытку переписать историю Гражданской войны, укрупнить фигуру И. Джуга-швили. В 1933 г. «Правда» уже прямо писала о Сталине как об «организаторе побед Красной Армии». Историки сегодня не обладают какими-либо достоверными данными о проявлениях полководческого таланта Сталина. Фактически за три года войны Сталин провел на фронтах всего лишь несколько месяцев, выполняя различные поручения Ленина. Обычно Сталин действовал в составе группы и строго реализовывал данные ему Ильичом установки, что главным образом и определяло успех миссии. К этому времени у вождя революции сложилось вполне определенное представление о Сталине как весьма надежном исполнителе, которому можно доверять сложные и ответственные поручения. Ленин использовал наркома Сталина главным образом как чрезвычайного уполномоченного ЦК, направляемого для инспекции или получения достоверной информации, расследования причин поражений на отдельных участках.

Одно из первых подобных поручений, данных Лениным, — организация в конце октября 1917 г. вместе с Дзержинским, Орджоникидзе, Подвойским, Свердловым и Урицким обороны Петрограда во время мятежа генерала Краснова. Сталин принимал участие в разработке оперативного плана разгрома мятежных войск, создании отрядов Красной гвардии на заводах и фабриках. Но наибольшую известность, благодаря усилиям самого Сталина получило другое поручение вождя.

В мае 1918 г. в Поволжье вспыхнул мятеж Чехословацкого легиона. Отказавшись разоружиться, чешские легионеры пошли на захват всей Транссибирской железной дороги от Пензы до самого Владивостока. Это позволило различным антибольшевистским группировкам в городах, расположенных вдоль дороги от Волги до Тихого океана, поднять флаг восстания. Мятеж чехословаков произошел в весьма критический период для Советской республики: она оказалась отрезанной от украинского и сибирского хлеба. Оставался только один район, откуда можно было добыть хлеб — юго-восток, Поволжье и Северный Кавказ, путь к которым проходил через Царицын.

В конце мая 1918 г. Сталин был командирован на юг России в качестве чрезвычайного уполномоченного ЦК по продовольственному снабжению. Вместе с народным комиссаром труда А.Г. Шляпниковым он получает чрезвычайные полномочия. О военных задачах еще не было и речи. Но Сталину сразу же пришлось ими вплотную заниматься. Прибыв 6 июня 1918 г. во главе отряда в 400 человек в Царицын, главный транспортный узел, откуда шло с перебоями продовольствие в Центральную Россию с Северного Кавказа, за сутки Сталин отменил свободную продажу хлеба, которая была в городе, ввел карточную систему и твердые цены. Обнаружил паровозы, на отсутствие которых ссылались местные власти, и наладил поставку продовольствия на север из Царицына.