Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 года Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 года старец Иов преставился, причём недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современниками ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?

Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.

В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В. Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.

По отдалённым городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И. А. Татева сослали в Астрахань, И. Ф. Крюк-Колычева — в Нижний Новгород и т. д. На время из столицы был удалён и свояк Шуйских князь Д. А. Ногтев-Суздальский. Его ссылка была почётной — он стал воеводой в Свияжске.

Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589—1590 годах, видимо не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.

Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.

Коллегиальное управление, бывшее в России в 1584—1585 годах, постепенно превращается в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 годах царь Фёдор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в

1586 году Бориса большой северной волостью Вага.

Англичанин Горсей писал в 1589 году, что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают, по крайней мере, порядок богатства Годуновых.

Ещё в 1586 году Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис — величия России или усиления своей власти. С началом царствования Фёдора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.

26 января 1589 года константинопольский патриарх возвёл Иова на московский патриарший престол. За это Иеремии из царской казны отвалили небывало большую сумму на построение новой патриаршей резиденции и нового собора в Константинополе.

Не забывал Борис заручиться и поддержкой среднего духовенства. Семейство Годуновых делало огромные вклады, по тысяче и более рублей, в Троице-Сергиев, Соловецкий, Кирилло-Белозерский, Иосифо-Волоколамский монастыри. Таким образом, церковь в целом безоговорочно поддерживала Бориса.

15 мая 1591 года в Угличе погиб царевич Дмитрий. Это событие стало прологом к Великой смуте начала XVII столетия. Уже много столетий историки спорят о причинах смерти Дмитрия. Рассматриваются три основные версии.

Согласно первой версии, царевич Дмитрий был зарезан убийцами, нанятыми Борисом Годуновым. По второй версии, он зарезался сам в припадке эпилепсии. По третьей версии, семейство Нагих заранее узнало об опасности, грозившей Дмитрию, и заменило царевича другим мальчиком.

Начнём с последней версии. В маленьком Угличе чуть ли не все горожане знали в лицо царевича. Читателю нет нужды напоминать, что представители знати всегда занимали привилегированное положение в церквях на службах, во всевозможных церковных и светских шествиях, праздниках и т. п. Наконец, как могли обознаться многочисленные мамки, няньки, мальчики — товарищи по играм, служилые дворяне, представители городской администрации, видевшие труп младенца? А следственная комиссия из Москвы? Они что, тоже не осматривали труп убитого?

Бредовость третьей версии очевидна. Мало того, что реализация её была технически невозможна, даже идея подмены не могла прийти в головы Нагих. И дело не в том, что это семейство отличала скудность умственных способностей. Предположим, у Нагих нашлись умнейшие советники, так разве они не продумали бы последствий подмены? Не нужно было иметь семи пядей во лбу, чтобы сообразить, что после убийства подставного ребёнка последует ссылка или заточение Нагих. А как потом доказать, что царевич истинный? Ведь тогда московские правители могли без проблем объявить его самозванцем и посадить на кол без лишних разговоров.

Оппоненты могут возразить, мол, в 1605 году вся Россия поверила в чудесное спасение царевича Дмитрия. По сему поводу хорошо сказал современник, польский канцлер Ян Замойский: «Зарезали и не посмотрели кого, это что, Плавтова комедия?» А через два века Пушкин напишет:

«...ни король, ни папа, ни вельможи

Не думают о правде слов моих.

Дмитрий я иль нет — что им за дело?

Но я предлог раздоров и войны».

К словам поэта можно добавить, что до «правды слов» самозванца не было дела ни московским боярам, ни обнищавшим дворянам южных городов, ни купцам и, само собой, ни холопам, мечтавшим избавиться от кабалы и вдоволь пограбить. Были, естественно, и люди, искренне верившие в чудесное избавление царевича, но и сейчас, в начале XXI века, имеется значительный контингент людей, готовых верить в плачущие иконы, в инопланетян, в оживление мамонтов, найденных в Сибири, и т. д.

Несколько более правдоподобна первая версия об убийстве царевича. Согласно ей, злодей Годунов замыслил убить Дмитрия. Тут мы предоставим слово историку С. М. Соловьёву: «Сначала хотели отравить Дмитрия: давали ему яд в пище и питье, но понапрасну. Тогда Борис призвал родственников своих, Годуновых, людей близких, окольничего Клешнина и других, и объявил им, что отравой действовать нельзя, надобно употребить другие средства. Один из Годуновых, Григорий Васильевич, не хотел дать своего согласия на злое дело, и его больше не призывали на совет и чуждались. Другие советники Борисовы выбрали двух людей, по их мнению, способных на дело, — Владимира Загряжского и Никифора Чепчюгова; но они отреклись. Борис был в большом горе, что дело не даётся; его утешил Клешнин.