Однако с воцарением Фёдора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 года боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.

В 1584—1585 годах в Боярской думе оказалось много сторонников Шуйских. Так, в 1584 году из окольничих в бояре попал Ф. В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В. В. Головин.

Коронация Фёдора даёт клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 года боярство получает князь Фёдор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 года боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Фёдор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.

Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те, и другие были родственниками царя Фёдора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Дмитрия и приход к власти Богдана Бельского с шайкой наглых и жадных Нагих.

После коронации Фёдора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а, наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьёзно болел. В августе 1584 года Никита окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были ещё сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.

Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 года сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем ещё молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраамия Палицына. Согласно «Сказанию...» Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 года Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 года.

Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф. М. Троекуров трижды (осенью 1584 года, летом 1586 года и летом 1587 года) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 года русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М. И. Головиным. В апреле 1586 года Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил для ведения переговоров доверенных лиц — «ближней думы» бояр И. В. Годунова, князя И. В. Сицкого и «ближних» дьяков Шелкаловых и Е. Д. Вылузгина.

Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казённый приказ — центральное финансовое ведомство государства.

Обычно владеть царской казной назначалось два казначея, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Пётр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Фёдоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казённый приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.

Пётр Иванович Головин имел большое влияние в Боярской думе. Показателем его положения служит его роль в коронации Фёдора, когда он нёс перед царём шапку Мономаха.

Осенью 1584 года Борис Годунов предложил Боярской думе провести ревизию царской казны. Под нажимом Годуновых и Романовых-Захарьиных Дума вынуждена была начать ревизию. Проверка наличности выявила огромные хищения. Пётр Иванович Головин был приговорён Боярской думой к смертной казни. Но и Годуновы, и Романовы-Захарьины прекрасно понимали, что Русь устала от террора Ивана Грозного и публичная казнь знатного боярина вызовет у народа нежелательные ассоциации. Поэтому Петра Головина вывели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с него одежду и занёс топор над головой. Но в этот момент была зачитана царская грамота о помиловании осуждённого и ссылке его в Арзамас.

По дороге в Арзамас П. И. Головин был убит. Подробности его смерти до нас не дошли, но, судя по всему, дело не обошлось без Бориса Годунова. Во всяком случае, известно, что позже Годунов сделал вклад в московский Симонов Успенский монастырь «по Петру Головину». В. В. Головин также был привлечён к суду, лишён чина окольничего и сослан. Брат казначея Михаил Иванович Головин бежал в Литву.

В опалу попал и окольничий И. П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных: Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Пётр Петрович Меньшой, Фёдор Васильевич Головины. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.

Противники Годуновых и Романовых-Захарьиных попытались устроить переворот. Шуйские, Воротынские и Колычевы начинают уговаривать престарелого князя Ивана Фёдоровича Мстиславского принять участие в убийстве Бориса Годунова. Мстиславский поначалу отказывается, он слабоволен и нерешителен, да и Борис Годунов всегда хорошо к нему относился. Мало того, Борис публично назвал себя сыном Ивана Фёдоровича, разумеется, имея в виду покровительство, а не кровное родство.

Но через некоторое время Мстиславский дал себя уговорить. Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского. Однако заговор был открыт. Но публичного суда не было. И. Ф. Мстиславский был очень популярен, а Годуновы и Романовы ещё слишком слабы, чтобы устраивать показательные процессы без риска нежелательных последствий. В итоге состоялось тайное соглашение, по которому И. Ф. Мстиславский обязался постричься в монахи.

23 июня 1585 года князь Мстиславский приехал в Соловецкий монастырь, но ему там, видимо, не понравилось, и он отправился на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре И. Ф. Мстиславский постригся и стал старцем Ионой. В обмен на пострижение Годуновы и Романовы позволили его сыну Фёдору Ивановичу Мстиславскому занять в Боярской думе место отца и сохранить все родовые вотчины.

В 1585 году — начале 1586 года гонениям подверглись князья А. П. Куракин, И. М. Воротынский и В. Ю. Голицын. Не пострадали только Шуйские, хотя их руководящая роль в борьбе с Годуновыми была очевидна.

В 1585 году положение в столице было крайне нестабильным. Об этом свидетельствует и передача Борисом Годуновым Троице-Сергиеву монастырю фантастической по тем временам суммы — тысячи рублей. Этот вклад должен был обеспечить будущее семьи Годуновых в случае победы их врагов.