После смерти Георгия XII (в декабре 1800 года) важным событием является оглашение Манифеста от 12 сентября 1801 года в Тбилиси, состоявшееся 12 апреля 1802 года. Генерал Кноринг имел указание после прочтения манифеста в Сионском храме заставил, собравшийся во дворе храма народ присягнуть императору. Кноринг понимал, что это могло вызвать осложнения, поэтому Сионский храм и прилегающие к храму улицы были окружены войсками. Часть князей не присягнула, прорвала окружение и покинула столицу.

В июле 1802 года в Кахетии (в окрестностях Келменчаури) собрались князья-«отказники» и солидарное с ними население, всего несколько тысяч человек. Активными участниками политического выступления были царевичи Вахтанг Ираклиевич и Теймураз Георгиевич. Из кахетинских князей участвовали: Андроникашвили, Вачнадзе, Джандиери, Кобулашвили, Чавчавадзе. Согласно плану, составленному находящейся в Иране царицей Дареджан, имеретинский царь Соломон II, гянджинский хан и ахалцихский паша, а также лезгины Чар-Белакани должны были устроить совместный поход против частей российских войск, расположенных в Картли-Кахеги, и в случае победы возвести на царский трон Юлона Ираклиевича.

Эти же деятели решили обратиться в августе 1802 г. к российскому императору с петицией, которую подписали 69 человек. Кахетинские князья выражали недовольство Манифестом от 12 сентября 1801 года и требовали восстановления условий Георгиевского трактата. Князья просили согласия на утверждение царем Картли-Кахети Юлона Ираклиевича. Но выполнение условий Георгиевского трактата означало восстановление Картли-Кахетинского царства. В результате военных и политических мер антироссийские волнения в Кахетии была подавлены, а большинство князей-«отказников» вынудили присягнуть России.

Но в 1804 году в горной Картли вспыхнуло большое восстание. Россия готовилась к войне с Ираном и Турцией. Дорога, по которой следовало перевезти войско, находилась в состоянии негодности. Работу по строительству дороги должны были выполнять местные крестьяне из Арагвского ущелья. Условия, в которых они работали, были невыносимыми, особенно тяжело им приходилось зимой. Холод, голод и обвалы унесли в могилу жизнь многих грузин. Помимо всего, население страдало от произвола и издевательств русских чиновников, офицеров и солдат, которые нещадно избивали и оскорбляли крестьян.

В мае 1804 года восстание в упомянутом ущелье (горная Каргли) охватило почти всю Картли. К восставшим присоединились жители ущелий Гудамакари, Чартли, Хандо, а также шпавы, хевсуры и осетины Трусского ущелья. Восставшие ставили целью восстановление царской династии Багратионов. Они отправили гонцов к Юлону и Парнавазу в Имерети, которые вскоре направились в Картли для воссоединения с восставшими. Август 1804 года был самым успешным периодом для восставших. Военно-Грузинская дорога оказалась в их руках. Между тем российскому войску, осаждавшему Ереванскую крепость под командованием Цицианова, угрожали иранцы. Но Цицианов сиял с Еревана осаду и поспешно вернул войска в Грузию, а с Северной, Кавказа российское войско через Дарьяльское ущелье спешно двинулось к Арагвскому ущелью. Таким образом, восставшие во главе с царевичем Парнавазом попали под двойной огонь и не выдержали натиска регулярной армии. Царевичей Юлона и Парнаваза выслали в Россию. Всего были арестованы более 300 участников восстания.

То же имело место на востоке Грузии (район Телави) в 1812-м. Здесь борьба была более длительной, поэтому в этом районе было временно восстановлена грузинская автономная администрация.

Тем временем царевич Давид Багратиони представил проект восстановления автономного грузинского государства Александру I в 1812 году. Но проект был отвергнут. В 1817-м Давид представил второй аналогичный проект, который постигла та же участь.

Затем династия Багратиони инициировала антироссийские волнения в ряде районов Грузии, прежде всего в ее западном регионе (Мегрелия, Гурия и Абхазия). Они были подавлены войсками.

Тем временем в конце 50-х — середине 60-х гг. XIX в. заканчивается период автономного существования двух крупных западногрузинских княжеств, пользовавшихся этим статусом - Мегрельского (фактически в 1857 г., формально — в 1867 г.) и Абхазского (1864 г.). А значит, сворачивается и система косвенного управления в Грузии как одна из моделей управления кавказскими владениями Российской империи. С этот времени все западногрузинские территории становятся составной частью российской губернской административно-политической системы. И параллельно в Грузии (как и в других районах Закавказья) развиваются капиталистические отношения, формируется национальная интеллигенция, активизируется общественная мысль и, как следствие, традиционные национальные институты утрачивают свое значение.

Но грузинская элита не была солидарна во мнении о том, что только союз с Россией даст грузинам возможность выйти из тупика. Конкуренция взглядов по этому вопросу — важная черта внутренней жизни грузинского общества в тот период. Поэтому и в данном случае у модели «лавирования» нашлось немало сторонников. Об обстановке, в которой делался этот исторический для Грузии выбор, красноречиво свидетельствует, например, поэма классика грузинского романтизма князя Николоза Бараташвили «Судьба Грузии».

При этом необходимо отметить, что попытки найти ответ на вопрос о дальнейшей судьбе Грузии предпринимались в первую очередь элитой Центральной и Восточной Грузии. Не случайно поэтому, что именно Картли-Кахетинское царство, после того как выбор в пользу России был все-таки сделан, первое вступило на этот путь, что во многом предопределило в дальнейшем пророссийскую ориентацию других грузинских земель.

Как отмечает кандидат исторических наук Антон Рыбаков, «активные трансграничные контакты с Османской империей в течение длительного периода времени способствовали тому, что для элит западногрузинских Гурии и Абхазии османский имперский проект был если не более привлекательным, чем российский, то по крайней мере вполне сопоставимым с ним. Что, в свою очередь, оказывало непосредственное влияние на отношения представителей этих элит с российскими властями и наоборот. Действие данного фактора в Гурии сказывалось почти всю первую половину XIX в., а в Абхазии ослабло только в 60-х — 70-х гг., когда практически вся местная мусульманская элита оказалась вытесненной российскими властями за пределы Абхазии и оказалась в Османской Турции.

В Имерети идея восстановления царской власти еще долго сплачивала значительную часть местной элиты и, соответственно, формировала ее отношение к российским властям. Им понадобилось немало времени и социально-экономических и пропагандистских усилий, чтобы сделать российский имперский проект более привлекательным для местной аристократии, чем ее собственный проект реставрации в этой области монархии во главе с Багратионами».

Отметим далее, что отмена крепостного права, можно сказать, подлила масла в огонь антироссийских настроений в данном районе. Александр II отменил крепостничество в Грузии только в 1865-м, ибо местные знать и помещики решительно возражали против этого решения. Вплоть до попыток покушений на российских чиновников, в том числе землемеров. Только 13 октября 1865 г. был подписан Указ об освобождении первых крепостных в Грузии, хотя полностью крепостное право сошло на нет в Грузии только в 1870-е годы. Хотя условия, созданные реформой для землевладельцев в том же регионе, были лучше, чем для помещиков в России (в частности, была возможность длительного осуществления процесса освобождения крестьян и получения прежними владельцами большего выкупа за землю и крепостных), грузинские помещики в большинстве своем остались недовольны реформой, так как потеряли значительную часть доходов. Естественно, такие настроения тоже не могли не подпитывать антироссийские настроения в Грузии.