12 сентября 1801 года российский император Александр I подписал манифест об упразднении Картли-Кахетского царства, однако в управлении страной никаких изменений не произошло. Манифест тщательно скрывали до весны 1802 года, поэтому Временное правление Картли-Кахети во главе с генералом Лазаревым просуществовало до мая 1802 года. А в 1802 году российский император утвердил положение «Об управлении Грузией», и в мае 1802 года в Тбилиси вошло в силу прямое российское правление. Во главе Верховного правительства Картли-Кахети, которое называлось «Управление Грузией», стоял главнокомандующий или главноуправляющий Грузией. Первым таким деятелем был генерал Кноринг.

Главнокомандующий Грузией являлся представителем верховной власти России первоначально в Картли-Кахети, а затем во всем Закавказье. Помощником главнокомандующего Грузией считался «управитель Грузии», ведающий, в основном, гражданскими делами. Правление Картли-Кахети состояло из четырех экспедиций: 1) исполнительной, 2) гражданской, 3) уголовной, 4) казенного имущества. Все внутреннее управление царства Картли-Кахети было сосредоточено в этих четырех экспедициях. Это было так называемое Верховное правительство Грузии, сменившее старую систему правления. Управителем Грузии и начальником исполнительной экспедиции был назначен русский чиновник Коваленский. Начальниками остальных экспедиций были также российские чиновники.

Все бывшее царство было поделено на 5 уездов: Горийский, Дорийский, Душетский, Телавский и Сигпахский. Уездными начальниками назначались российские военные чиновники, именуемые капитан-исправниками. В каждом уезде были уездная полиция и уездный суд, в этих органах работали также представители грузинского дворянства. Управление городами возлагалось на комендантов, эту должность занимали российские офицеры, в основном, из Санкт-Петербурга.

Традиционное грузинское административное деление и система управления были уничтожены. Грузинский суд сменился российским судом. По политическим соображениям российские власти до середины 1820-х гг. временно оставили в силе судебник Вахтанга VI, однако по грузинскому правопорядку решались лишь гражданские дела. Судопроизводство велось только на русском языке.

После упразднения Имеретипского царства российский императорский двор в 1810 году на территории Имерети установил временное правление Имерети. Во главе временного правления стоял управляющий — руководящее лицо по военным и гражданским делам. Управляющий Имерети одновременно считался командующим расположенных на территории Западной Грузии российских войск. Официально он назывался «управляющим Имерети, Мегрелии, Гурии и Абхазии». Несмотря на это, фактически российское управление не распространилось на княжества. Имеретский управитель подчинялся главнокомандующему (главноуправляющему) Кавказом. В 1810 году первым управителем Имерети был назначен генерал Симонович, а его заместителем (вице-управителем) — Зураб Церетели. Имеретское временное правление не было разделено на экспедиции.

Вначале территорию Имерети должны были поделить на четыре округа (Кутаисский, Чхерский, Рачинский и Багдадский), но затем с учетом географических условий Имерети разделили на шесть округов: Кутаисский, Бакинский, Рачинский, Чхорский, Сачхерский и Багдадский. К 1830-м годам вся эта территория была разделена па четыре округа (Кутаисский, Бакинский, Шорапанский и Рачинский). Как и в Картли-Кахети, в Имерети судопроизводство осуществлялось по российским законам, Гражданское судопроизводство в Имерети временно велось тоже на основе судебника Вахтанга VI. В Имеретинском правлении и в суде господствовал русский язык.

В течение ряда столетий борьбу грузинского народа против завоевателей возглавляла царская династия Багратионов. Против российского господства борьбу развернули представители этой династии — царица Дареджан, супруга бывшего Ираклия II, и царевичи Александр Ираклиевич, Юлон Ираклиевич, Парнаваз Ираклиевич, Давид Георгиевич, Теймураз Георгиевич. Хотя между многочисленными сыновьями и внуками царя не было согласия, но российскому правительству это не давало повода для успокоения. Царевич Александр находился в Иране и ждал подходящего случая для начала борьбы. Позднее в Иране скрывался и царевич Теймураз.

Преследование представителей царской династии Багратионов началось с 1801 года. В Россию были высланы сыновья Георгия XII — Давид, Иоанэ, Баграт и Михаил. В 1803 году главнокомандующий Грузией генерал Павел Цицианов вынудил царицу Дареджан переселиться в Россию, что и было насильственно осуществлено; в 1804 году та же участь постигла царевичей Юлона и Парнаваза, а также других представителей рода Багратионов. Наряду с членами царской семьи Багратионов преследовались и их сторонники, остававшиеся в России.

Схожие меры принимались в сфере конфессионального управления грузинской территорией. В 1811 году был упразднен до того независимый Мцхетский католикосат, а католикоса Антона II отозвали в Россию. Епархии Мцхетского католикосата, расположенные на территории Картли-Кахетского царства, вошли в прямое подчинение Синоду Русской православной церкви. В 1814 году был упразднен и Абхазский католикосах. Во главе грузинской церкви было поставлено назначенное Синодом духовное лицо — экзарх, который заведовал грузинской церковью с помощью Грузино-Имеретинской синодальной конторы. Первым экзархом Грузии был назначен представитель рода Ксанских Эриставов Варлам, но впоследствии (с 1816-го) Россия направляла русских экзархов.

Эта церковь стала правонаследники движимого и недвижимого имущества церкви Грузии, в результате чего грузинское духовенство экономически сильно пострадало. Грузинские духовные лица получали жалованье от российского Синода и поэтому полностью зависели от него. Экзарх Грузии сознательно притеснял неугодных российской церкви грузин священников, многие из них были вынуждены эмигрировать. Прилагались также усилия к тому, чтобы в грузинских церквях богослужение велось на русском языке. Первоначально в выходные дни и в дни церковных праздников, а позднее (с 1830-х гг.) и в будние дни в крупных городах богослужение происходило на русском языке. Из-за этого грузинские священнослужители, не владевшие русским языком, остались без работы.

Вдобавок в 1803 году главнокомандующий Грузии из Ереванского ханства переселил в Квемо-Картли и в Тбилиси 11 тысяч армян. В 1811 году после взятия русскими Ахалкалаки жившие в Джавахети две тысячи армян переселились в Тбилиси. В 1818 году в Грузию переселили 500 семей германских колонистов. Им бесплатно выделили лучшие участки земли, оказали финансовую помощь.

После победы в войне с Турцией в 1828-1829 годах в состав России вошло Самцхе-Джавахети (южный регион современной Грузии). Жившие там грузинские мусульмане, испытывая невыносимый гнет со стороны новых чиновников, вынуждены были переселиться в Турцию. Российские власти не разрешили грузинам из Западной Грузии переселиться в Самцхе-Джавахети, зато из Турции туда были переселены 30 тысяч армян. Переселение армян в различные регионы Грузии продолжалось и в последующие десятилетия. В частности, в 1829-1831 годах в Земо-Картли обосновались 14 тысяч греческих и армянских «дымов». Помимо армян, Россия в большом количестве заселяла в Грузию демобилизованных из армии российских солдат и офицеров. Так образовались в Грузии многочисленные поселения русских военных. Плюс к тому из российской «глубинки» в Грузию на постоянное жительство переселяли русских сектантов. Но благодаря природной, исторической толерантности грузин между коренным населением и новыми поселенцами серьезных столкновений не происходило.