Панин, наставник сына Екатерины и ее советник, помогавший императрице спланировать и совершить переворот, тут же стал ее главным административным советником. В 1762 году Панину исполнилось сорок четыре года, он был невысоким полным холостяком с прекрасными манерами. По утрам Панин вставал поздно, работал, а после плотного обеда дремал или играл в карты. Екатерина ценила его ум и проницательность, однако с самого начала своего правления относилась к нему довольно сдержанно. Она знала, что двенадцать лет в качестве посла в Швеции внушили ему уважение к конституционной монархии, которую она считала неприемлемой для России. Также ей было хорошо известно о надеждах Панина на то, что она станет регентом своего сына Павла. Разумеется, идея регентства не привлекала Екатерину; она никогда не говорила и даже не намекала на то, что хотела бы править в качестве опекуна своего сына.

Кроме того, Екатерина видела, что Панин не одобрял тех многочисленных почестей, которые она оказывала братьям Орловым. Он боялся, что отношения между Екатериной и Григорием Орловым окажутся столь же губительными для упорядоченного, эффективного правления, как и влияние красивых молодых фаворитов на императрицу Елизавету. Однако Панин оставался реалистом. Он признавал, что Екатерина пришла к власти во многом благодаря влиянию Орловых на гвардию, и понимал, что ее признательность и личная привязанность к Григорию не позволят ей ослабить влияние братьев. Желая приспособиться к сложившейся ситуации, Панин сменил тактику. Еще до того, как он стал помогать Екатерине в свержении Петра, он в частной беседе выразил ей свои надежды на реорганизацию правительства России в более либеральную структуру – чем-то похожую на ту, которой он восхищался в свое время в Швеции. Теперь, когда Екатерина взошла на трон, он надеялся сделать ее правление более эффективным и полезным для нужд России. Он попытался убедить императрицу согласиться с ограничением ее властных полномочий. Ему нужно было действовать очень осторожно. Он не мог открыто предлагать ограничение абсолютистской власти; поэтому посоветовал организовать исполнительный парламентский институт, имперский совет с четко прописанными функциями и полномочиями, задача которого заключалась в том, чтобы «помогать» правителю. Панин предполагал, что этот новый институт наложит организационные ограничения на монаршие полномочия.

Екатерина, достигшая высшей власти, не имела намерений делиться ею или позволить ее ограничить. Тактика Екатерины, уже имевшей в руках всю полноту власти, заключалась в том, чтобы попросить Панина изложить свои идеи письменно. Панин сделал это быстро и до конца июля 1762 года представил Екатерине свои планы по созданию постоянного имперского совета. В этой новой структуре государь сохранял бы за собой роль главного лица в государстве, но ради эффективности должен делить свою власть с советом, состоящим из восьми имперских советников. Панин не объяснял, как и кто будет выбирать советников, хотя как минимум четыре из них должны были являться государственными секретарями, представляющими министерство военных дел, морского флота, иностранных дел и международных дел. (Чтобы сделать это предложение более приемлемым для Екатерины, Панин включил Григория Орлова в список кандидатов на одно из мест в совете.) Все дела, помимо Сената, ответственного за исполнение законов, перекладывались на совет, «как и на саму императрицу лично». Ни один декрет или устав, исходящий от совета, не будет считаться действенным без одобрительной подписи правителя.

Панин осознавал, что предлагая создать совет, он ставил себя в шаткое положение – своим планом он покушался на прерогативу монарха. Назначение советников должно было быть пожизненным, правитель не мог отправить их в отставку, их отзыв допускался бы лишь в случае серьезного проступка и при полном одобрении Сената. Когда Екатерина прочитала предложение Панина, она тут же поняла, что оно было создано для того, чтобы ограничить ее власть, сведя ее к праву выбирать и отправлять в отставку главных политических деятелей. После первого же прочтения план Панина оказался обречен: все эти годы Екатерина ждала трона не для того, чтобы смириться с ограничениями.

Всю свою жизнь Екатерина сохраняла твердую уверенность в том, что абсолютная монархия лучше подходила для Российской империи, чем правительство в виде маленькой группы парламентских чиновников. Большинство дворян также были против, чувствуя, что подобный совет передаст управление империей в руки ограниченного и сплоченного круга бюрократов. Правление самодержца было им намного привычнее. Негативные настроения дворянства подкрепили позицию Екатерины, и к началу февраля 1763 года стало ясно, что никакого совета не будет. Екатерина была осторожна и постаралась не обидеть Панина прямым отказом. Она притворилась, что заинтересована в его планах, а затем отложила проект и больше не упоминала о нем.

Решение Екатерины похоронить план по созданию имперского совета стало для Панина началом политического спада, но в августе 1763 года императрица улучшила его положение. Она назначила Панина старшим членом Коллегии иностранных дел. Бестужев, уставший и разбитый, предпочел уйти в отставку. Следующие восемнадцать лет – до 1781 года – Никита Панина оставался старшим министром иностранных дел России.

Стараясь преодолеть финансовый кризис, удовлетворить потребности армии, переориентировать международную политику России и сделать управление страной более эффективным, Екатерина также попыталась уладить все дела с Православной церковью. Она приняла православие и соблюдала все обычаи этой религии, что являлось разительным контрастом по сравнению с ее мужем, Петром. Во второй месяц своего краткого правления Петр издал указ о секуляризации церковной собственности и заявил, что Русская православная церковь должна преобразиться в религию, схожую с северо-германским протестантизмом. Поскольку высшее церковное духовенство верило, что Екатерина придерживается противоположных взглядов и отменит все решения мужа, оно с энтузиазмом поддержало ее приход к власти. После этого церковные иерархи поспешили получить награду, требуя навсегда вернуть церковную собственность. После своего восхождения на престол Екатерина отплатила свой политический долг перед церковью, отменив указы Петра. Однако в душе она колебалась. Несмотря на то что публично Екатерина демонстрировала свою религиозность, она считала богатство церкви чрезмерным и недопустимым и отказывалась смириться с тем, что считала разбазариванием национального богатства. Как и Петр Великий, она верила, что эти богатства нужно использовать во благо государства. Екатерина хотела, чтобы церковь под руководством государства играла бы активную роль в обеспечении социального благосостояния и образования. Проблема огромного разрыва между бедным населением, нуждами государства и богатством церкви, владеющей обширными землями и крепостными, по-прежнему оставалась неразрешенной.

Ко времени восхождения Екатерины на престол население России состояло из десяти миллионов крепостных, большая часть которых была крестьянами, составляющими подавляющее большинство сельскохозяйственных рабочих на территории преимущественно аграрной страны. С самого начала своего правления Екатерина хотела решить фундаментальную проблему крепостничества, но этот институт слишком глубоко врос в экономическую и социальную ткань русской жизни, и это не позволило ей заняться им в первые же месяцы