Кенигсберг и Восточная Пруссия на четыре года оказались под властью «русских медведей». Фридрих был уверен, что Елизавета присоединит этот регион к своей обширной империи; вконец приуныв, он даже заявлял, что готов уступить ей отторгнутые земли. Он считал, что варвары с востока, по своему обыкновению, ограничатся тем, что будут «обжираться, пьянствовать и грабить», но никогда не совершат «ничего великого». Не тут-то было: русские вели себя образцово, управлять Кенигсбергом и Восточной Пруссией старались по справедливости. Король не смог скрыть возмущение, когда на тамошних придорожных указателях, ошарашивая путников, появилась надпись «Новая Россия». Разве не было это свидетельством намерения императрицы аннексировать территорию на веки вечные? Создала же она «Новую Сербию» для защиты своих границ! Да и контроль над Голштейнским герцогством, который князь Петр оставил за собой, говорил о желании России вмешиваться в германские дела. Намерение прибрать к рукам Восточную Пруссию выглядело логическим продолжением той же позиции. К тому же регион в этом случае создаст буферную зону, предохраняющую страну от прусской агрессии.

Опасения Фридриха подтверждались целым рядом важных признаков. Так, в первые же дни оккупации жителей Пруссии заставили принести клятву верности российской императрице, и новые хозяева края при всяком удобном случае напоминали им об этой волей-неволей обещанной преданности. Императорский указ, оглашенный в феврале 1758 года, повелевал во имя славы и чести защищать Восточную Пруссию как часть Российской империи. Если Фридрих попытается отвоевать ее обратно, совет прикажет армии все здесь опустошать, а мужчин, годных к воинской службе, мобилизовать, чтобы Гогенцоллерн не смог усилить за их счет свои войска.

«Генерал-губернатором Прусского королевства» стал Фермор; все решающие административные функции в области финансов, правосудия, охраны порядка были поручены русским военным немецкого или прибалтийского происхождения. Большинство германских политиков предпочли покинуть столицу Восточной Пруссии. Военный совет потребовал от Фермора еженедельных донесений о состоянии городского управления и взаимоотношениях русских и пруссаков, вынужденных жить бок о бок. Первым же очередным манифестом Елизавета предоставила Кенигсбергу ряд привилегий. Местному населению гарантировали свободу вероисповедания. Лютеран и кальвинистов, составлявших здесь большинство, избавили от обязанности пускать русских военных на постой. Каждый мог распоряжаться своим имуществом по собственному усмотрению и без помех заниматься своими делами. Коммерция не будет подвергаться утеснениям, однако тем не менее останется под контролем оккупационных властей. Никого не будут принуждать идти на службу к русским. Чиновники города и всего региона имеют право подать в отставку, но им придется уступить четвертую часть своего состояния, если, конечно, они не предпочтут отправиться в ссылку в Россию. Собственность всех тех, кто бежал, чтобы примкнуть к бранденбургскому властителю, будет конфискована. Пятьдесят семь селений, принадлежавших таким беглым землевладельцам, отныне меняли свой статус: крестьянам надлежало теперь выплачивать налоги в казну императрицы.

Местная пресса подстрекала предприимчивых людей переезжать в Россию, ведь в этой стране не хватает жестянщиков, оружейников, ткачей, суконщиков, дубильщиков, сапожников и даже полковых музыкантов. Это способствовало тому, что бюргеры и чиновники стали служить новой администрации, а взбешенный таким поворотом событий Фридрих II в ответ развязал в Саксонии жуткие репрессии. Так или иначе, приходится констатировать, что король по-прежнему весьма упорно воздерживался от комментариев но поводу судьбы Кенигсберга. Если он и вспоминал о ней, то лишь затем, чтобы выразить свое презрение к жителям города, всем этим трусам, изменникам, предателям, согласившимся присягнуть Елизавете.

С австрийской стороны все радовались столь успешному завоеванию; Мария Терезия пожаловала Фермору титул графа Священной Римской империи германской нации. А вот в Версале оккупацию Восточной Пруссии восприняли довольно кисло. Французская дипломатическая переписка того времени поражает своей двусмысленностью. Конечно, выигрышная позиция России в Восточной Пруссии позволяла Людовику и Марии Терезии сокрушить Фридриха, которого они именовали врагом рода человеческого. Но вместе с тем разговоры о вероятном разделе Польши или ее аннексии со стороны России уже были у всех на устах. Что до формальных обязательств Елизаветы отдать Восточную Пруссию королю Августу III в обмен на Курляндию и приграничные территории, об этом как та, так и другая сторона незамедлительно забыли. Людовику этот восточный фронт был необходим, ведь ему угрожали не менее тридцати тысяч пруссаков, стоявших у самого порога; вследствие этого Франция была вынуждена затыкать рот негодующим полякам. Король жаждал дать передышку своим войскам. Таким образом, выходило, что вопреки уверениям его представителей при дворах Центральной Европы в 1758 году Восточная Пруссия, Кенигсберг, да, чего доброго, и Польша отнюдь не входили в число первоочередных забот Людовика.

Фермор возвратился на театр военных действий в 1758 году. На прощание бюргеры Кенигсберга преподнесли ему походный шатер из зеленого шелка и 3000 флоринов. Генерал-аншеф, принимая столь щедрые дары, с трудом скрывал смущение. Спустя несколько недель в город торжественно въехал его преемник Николай Корф. Этот дипломат, военный высокого ранга и фактический кузен Елизаветы (по жене) оставался в подчинении главнокомандующего, но оба они зависели от решений совета. Корфу было приказано поддерживать строгую дисциплину в частях, стоявших на территории Восточной Пруссии, а населению дать почувствовать великодушие и добрую волю ее императорского величества но отношению к завоеванным народам. Во время правления этого аристократа, склонного к роскоши, жизнь в Кенигсберге изменилась.

Корф старался согласовать деятельность администрации города и всего региона с механизмами правления, принятыми на Руси; так, он учредил канцелярию Кенигсберга, призванную обеспечить централизацию управления краем. Новый правитель стремился заменять чиновников высокого ранга, не справляющихся с новой ситуацией или больных, молодыми и управляемыми из числа местных уроженцев, но за их работой должны были надзирать русские офицеры. Так, Андрей Болотов, великолепно владеющий немецким языком, был отозван из армии ради работы в канцелярии. Он изо дня в день фиксировал в своих записях трудности, возникающие в ее работе: оккупантам, не сведущим в местной юрисдикции и, главное, не знающим языка, мудрено разобраться в текущих делах; к тому же взаимопонимание между двумя нациями осложнено обоюдным недоверием, административная деятельность заторможена, особенно в сфере взимания налогов. В 1759 году в Восточную Пруссию были посланы десять студентов Московского университета; предполагалось, что они займутся переводом указов, законов и официальной корреспонденции. Но хотя эта задача превосходила их лингвистические возможности, их не отправили обратно на родину и они записались в университет Кенигсберга для дальнейшего обучения.

Факультет права этого университета стал высшей юридической инстанцией региона — русские сочли недопустимым, чтобы здешнее законодательство определялось Берлином, остававшимся под контролем Фридриха II. Ответственность за дела, имевшие касательство к русской армии, была возложена на военную канцелярию Кенигсберга. Русских солдат, подозреваемых в грабежах, подвергали тяжким карам. Жертвы имели возможность обращаться с жалобами — согласно распоряжению, компенсации зачастую могли превышать причиненный урон. С другой стороны, 18 июня 1760 года Корфу пришлось пригрозить населению штрафами или наказаниями в случае нападок на его людей и дать обитателям провинции понять, что по отношению к оккупантам надлежит держаться смирнее и достойнее. Но несмотря на свою видимую пассивность и на то, что некоторым пришлись по вкусу новшества, которые захватчики привносили в местный образ жизни, жители Восточной Пруссии оставались сторонниками Фридриха Великого. Военнопленные часто умудрялись сбегать от своих русских стражей и возвращаться домой, а местные жители охотно помогали беглецам. Многие молодые люди покидали Восточную Пруссию, чтобы присоединиться к неприятельскому войску; при этом они смело могли рассчитывать на содействие обитателей пограничной зоны. Существовали также отдельные подпольные группы, причастность к которым каралась смертью, хотя этот приговор Елизавета заменяла пожизненной ссылкой в Сибирь.