Предложение американца повлекло за собой длительную переписку, продолжавшуюся больше года, втягивание в процесс изучения этого предложения многих людей из разных ведомств как в Российской империи, так и в Великобритании. Через неделю письмо Бугакова былоо получено в Морском министерстве. Ознакомившись с донесением агента Морского министерства, адмирал Н.К. Краббе счел необходимым переправить его военному министру Д.А. Милютину. В Главном инженерном управлении Военного министерства описание опытов Мори было тщательно изучено. 3 марта 1865 г. военный министр направил управляющему Морским министерством ответное письмо, в котором, в частности, указал на то, что «некоторые из указываемых… усовершенствований… оказались уже известными у нас, по некоторым же другим и, в особенности по опыту, упомянутому под № 4, нельзя сделать никакого положительного суждения, не имея оттом более определительных суждений». Далее Д.А. Милютин отметил, что хотя и имеется подходящий офицер, но он не сможет выехать в Лондон до отъезда Мори в Америку. В этой связи Милютин предложил Краббе ограничиться «телеграфным сношением» с Бутаковым, в котором, пользуясь нахождением изобретателя в Англии, следовало предписать контр-адмиралу заказать мастерам, которые работали с Мори, «все его инструменты с усовершенствованиями», а также просить Мори составить краткую инструкцию по использованию его приборов. Но в марте 1865 г. Бутаков находился во Франции и к выполнению указаний из Петербурга приступил находившийся в его распоряжении капитан 2-го ранга А.Е. Кроуи[119]. В ходе встреч с американским ученым Кроун получил от него два немаловажных документа. Один из них являлся печатным отчетом комиссии Военного министерства Великобритании, изучившей в 1860 г. вопрос применения электричества в военных целях. Другой документ оказался рукописным. Это был рапорт австрийского инженера Эбнера своему правительству о подводных минах. Оба этих документа были отправлены в Морское министерство. 20 апреля Мори покинул Англию, распорядившись в его отсутствие все дела вести с его представителем — профессором Холмсом. В конце мая Милютин сообщил в Морское министерство о готовности послать в Англию офицера-сапера, специалиста минного дела, который может ознакомиться с сущностью секретного предложения Мори. В случае если оно окажется заслуживающим внимания, то русское правительство готово было войти с изобретателем «в соглашение о вознаграждении» за информацию о «секрете», который будет держаться «в совершенной тайне». Таким офицером явился штабс-капитан И.С. Черииловский-Сокол, прибывший в Лондон в августе месяце. События, происходившие в Лондоне с середины августа до середины сентября 1865 г. с участием Кроуна, Холмса и Чсрниловского-Сокола, остаются под покровом тайны. Известно лишь одно, что Черниловский-Сокол был «послан на короткое время с приказанием принять секрет без всяких условий и быть как можно осторожнее», по-английски он, как выяснилось вскоре, не говорил и 30 сентября 1815 г. вернулся в Петербург, где узнал о том, что месяц назад был произведен в капитаны. Впоследствии профессор Холмс передал капитану 2-го ранга Кроуну тетрадь, содержавшую «целый трактат о подводных минах». Посчитав, что трактат служит «неизбежным дополнением» к тем сведениям, которые были сообщены Черниловскому, Бутаков счел иеобходи-мым отправить полученную тетрадь в Петербург. В конце января 1866 г. адмирал Н.К. Краббе переслал тетрадь Холмса военному министру Д.А. Милютину. Для рассмотрения предложений М.Ф. Мори, относящихся к подводным минам, был учрежден Особый комитет, в который вошли представители Морского министерства и Главного инженерного управления военного ведомства, в числе которых был и капитан И.С. Черниловский-Сокол. Особый комитет в начале апреля 1866 г. подготовил свое заключение. В части разработок Мори отмечалось следующее: «Ввиду всего, что выработано у нас не только относительно подводных мин, но и вообще, относительно воспламенения пороховых зарядов, ни одно из сделанных предложений не может быть применимо к практике и всякое дальнейшее исследование этих предложений будет совершенно бесполезно». Отдельный «приговор» был вынесен и «трактату Холмса». Было отмечено, что профессор только систематизировал предложения Мори и разработал их в научном отношении, но все его изменения и улучшения «не составляют ничего особенно существенного», сохраняя в то же время недостатки изобретений Мори и делая систему обороны подводными минами крайне сложной и едва ли практически применимой в воен-ное время. 11 июня 1866 г. адмирал Н.К. Краббе отправил в Лондон Г.И. Бутакову замечания Особого комитета. Управляющий Морским министерством просил военно-морского агента поблагодарить М.Ф. Мори, уже вернувшегося в Англию, «за постоянную его преданность, которую Правительство наше вполне ценит, и выразить сожаление, что мы не можем воспользоваться дружественными и бескорыстными предложениями» (там же. С. 134–154).

В октябре 1866 г. Г.И. Бутаков получил чин вице-адмирала. 6 февраля 1867 г. он был избран президентом международной комиссии экспертов морского отдела Всемирной выставки в Париже.

17 июня 1867 г. Бутаков назначен начальником практической броненосной эскадры Балтийского флота, которой командовал в течение 11 лет. С 1878 г. состоял начальником береговой и морской обороны крепости Свеаборг, произведен в адмиралы. В сентябре 1878 г. был отстранен от дела, которому отдал все свои знания, всю жизнь. Высокопоставленные чиновники из Морского министерства постарались избавиться от «беспокойного адмирала». Г.И. Бутаков тем не менее, продолжал разрабатывать вопросы совершенствования боевой техники и тактического мастерства русских моряков. В 1879–1880 гг. он разработал и организовал новый вид тактической подготовки офицеров флота — военно-морскую игру. Такие игры способствовали не только уяснению тактических приемов морского боя, но и теоретическому разрешению многих вопросов морского дела. Они проводились обычно еженедельно зимой в Петербурге под руководством Бутакова в собрании Технического общества.

Более двух лет адмирал Бутаков оставался не у дел. Но вот в начале 1881 г. ему предложили ответственный пост — главного командира С.-Петербургского порта, который он занимал до 1882 г.

В марте адмирал Г.И. Бутаков назначен членом Государственного совета. Участвовал в работе нескольких комиссий по преобразованию флота. Автор ряда работ по военно-морскому искусству, положивших начало теории броненосной тактики. За выдающийся научный труд «Новые основания пароходной тактики» (СПб., 1863) удостоен полной Демидовской премии Петербургской академии наук. Кавалер ряда высших российских орденов: Св. Святослава 1-й степени (1861), Св. Анны 1 — й степени (1863), Св. Владимира 2-й степени (1871), Белого Орла (1874), Св. Александра Невского (1877). Скоропостижно скончался (31.05.1882) на 62-м году жизни, переезжая Неву на ялике. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры. £го именем названы несколько географических пунктов.