Несмотря на столь детальную постановку военным агентам разведывательных задач, в их число не было включено большинство вопросов, касавшихся военно-морской мощи вероятных противников, что отражало существовавшую в то время разобщенность двух основных видов вооруженных сил России и в целом снижало эффективность деятельности зарубежных сил и средств агентурной разведки. В морском ведомстве все еще не считали необходимым разработку общей Инструкции для военно-морских агентов и ограничивались разработкой отдельных наказов морским офицерам, отправляемым в командировку за границу в качестве представителей Морского министерства. Подобная ситуация была связана еще и с тем, что в рассматриваемый период ход и исход вооруженной войны между государствами определялся в основном на суше и военно-морскому флоту отводилась вспомогательная роль.

До этого времени большая часть интересовавших Военное и Морское министерства разведывательных сведений военные и морские агенты добывали с использованием легальных путей с официальных позиций: за счет изучения прессы, различных так называемых «открытых» изданий (официальных отчетов, статистических сборников, уставов, инструкций), а также путем личного наблюдения и осведомления в ходе официального посещения военных заводов и верфей. Однако для обеспечения надежной защиты национальных интересов России изучение иностранных государств, их военной политики, намерений и планов, а также вооруженных сил не могло быть сведено только к сбору открытых сведений. В подавляющем большинстве случаев информация, относящаяся к состоянию и перспективам развития вооруженных сил зарубежных стран, планам их развертывания и боевого применения с началом боевых действий, являлась секретом государства и охранялась им. К секретным относились и сведения по ряду важнейших аспектов деятельности вероятного противника в политической и военно-технической областях. Получить секретную информацию можно было только тайными путями — через третьих лиц (подобная практика в мирное время существовала всегда, но являлась исключением, а не правилом). В «Инструкции военным агентам (или лицам их заменяющим)» содержались указания по работе в целях создания сил и средств зарубежной военной агентурной разведки, в том числе и для деятельности в чрезвычайных условиях. Так, в документе прямо указывалось: «Существенною обязанностью их (военных агентов. — Примеч. авт.) должно быть и заблаговременное приискание надежных лиц, через посредство коих можно было бы поддерживать связи со страной в случае разрыва и получать верные сведения даже тогда, когда официальное наше представительство ее оставит». Подобное требование было сформулировано впервые и явилось результатом осмысления опыта привлечения военных агентов к сбору разведывательных сведений в ходе Русско-турецкой войны. Лица, используя которых предстояло проникать в секреты государства тайными путями, будут называться негласными (тайными) агентами.