В июле 1949 года Кубаткина арестовали. В постановлении на арест говорилось, что «работая в 1941–1944 гг. на руководящих должностях в Ленинграде, он поддерживал преступную связь с группой лиц, враждебно настроенных против партии и правительства»…

Всех же арестованных по «Ленинградскому делу» более года готовили к суду, подвергали грубым издевательствам, зверским истязаниям, угрожали расправиться с семьями, помещали в карцер. Например, А. Кузнецову сломали позвоночник, разбили ушную раковину. Других сажали в бетонный куб и держали сутки без воды и еды, привязывали к железной кровати с колючими настилами. Также известно, что накануне и в ходе самого судебного разбирательства психологическая обработка обвиняемых усилилась. Подсудимых заставляли учить наизусть протоколы допросов и не отклоняться от заранее составленного сценария судебного фарса.

18 января 1950 года B.C. Абакумов представил И. В. Сталину список сорока четырех арестованных и предложил «судить в закрытом заседании выездной сессии Военной коллегии Верховного Суда СССР в Ленинграде без участия сторон, то есть обвинения и защиты, группу 9–10 человек основных обвиняемых», а остальных в общем порядке.

В Ленинград на процесс Кузнецова и Вознесенского полковник Комаров выехал вместе с десятью следователями. Перед отъездом министр строго предупредил его:

— Запомни самое главное, чтобы на суде не было упомянуто имя Жданова. Головой отвечаешь!

4 сентября 1950 года B.C. Абакумов и Главный военный прокурор A.B. Вавилов представили И. В. Сталину записку с предложением осудить к расстрелу H.A. Вознесенского, A.A. Кузнецова, П. С. Попкова, Я. Ф. Капустина, М. И. Родионова и П. Г. Лазутина, осудить к 15 годам лишения свободы И. М. Турко, к 10 годам — Т. В. Закржевскую и Ф. Е. Михеева.

А 30 сентября, по окончании судебного процесса (29–30 сентября) в Ленинграде, эти предложения были приняты Политбюро ЦК ВКП(б).

О том, как в МГБ из арестованных выбивали признательные показания, достаточно подробно рассказал в своем выступлении Генеральный прокурор СССР P.A. Руденко на собрании актива Ленинградской партийной организации 6 мая 1954 года: «По приказанию Абакумова Капустин был арестован и без санкции прокурора заключен 23 июля 1949 г. в тюрьму. Санкция на арест Капустина была получена у прокурора только 1 августа, т. е. через 8 дней после фактически произведенного ареста и после получения от Капустина так называемого «признания».

Бывший следователь Сорокин показал, что Абакумов требовал обязательно добиться любыми средствами показаний Капустина о том, что он английский шпион. Капустин на допросах отрицал свою принадлежность к английской разведке, что вызвало злобу и недовольство у Абакумова. После этого Абакумов приказал начать избивать Капустина.

Сорокин показал: «Мце было тогда же передано указание Абакумова о том, чтобы я не возвращался в министерство без показаний Капустина о шпионаже. После избиения Капустина он начал давать показания, что, находясь в командировке в Англии, он был завербован английской разведкой. Однако эти его показания были путаны и настолько нежизненны, что я не мог им поверить и не записал это в протоколе допроса».

Действительно, из материалов уголовного дела по обвинению Кузнецова, Капустина и других видно, что обвинение в шпионаже Капустину предъявлено не было, хотя он в этом преступлении и «сознался».

С 23 июля по 4 августа Капустин непрерывно допрашивался и 4 августа подписал сфальсифицированный протокол допроса о вражеской деятельности в Ленинграде, назвав ряд участников — Кузнецова, Попкова, Вознесенского и других.

Следствием по делу руководил лично Абакумов. Его ближайшим помощником являлся Комаров. Как показал Комаров, Капустин по указанию Абакумова подвергался избиениям. После получения от Капустина ложных показаний, были арестованы в августе 1949 г. остальные обвиняемые.

О методах следствия, о том, как получались «признания», дают представление показания Турко, Закржевской, Михеева.

Я зачту вам сейчас извлечение из показаний бывш. секретаря Ярославского обкома партии, а ранее второго секретаря Ленинградского обкома партии Турко, допрошенного мною.

Турко показал:

«… Действительно, на предварительном следствии я подписал протоколы, в которых признавал себя виновным в совершении ряда контрреволюционных преступлений и подтвердил свою виновность на суде, несмотря на то, что я никаких преступлений не совершал и виновным себя ни в чем не считал и не считаю. Показания же о якобы совершенных мною преступлениях я вынужден был дать в результате созданного мне тюремного режима, угроз со стороны следствия, помещения в карцер и систематических избиений. Сразу же после ареста меня вызвал следователь Путинцев и, не предъявляя каких-либо обвинений, начал в грубой форме требовать от меня признаний в совершенных мною преступлениях. Я заявил следователю, что не знаю, за что я арестован, т. к. никаких преступлений я не совершал. На это мне Путинцев ответил: «Подумайте. А чтобы легче было думать, я вас отправлю в военную тюрьму». В тот же день я был отправлен в Лефортовскую тюрьму, где и проходило следствие.

Меня систематически в ночное время вызывал следователь Путинцев и требовал, чтобы я сознался во вражеской деятельности и угрожал, что если я не сознаюсь, меня будут бить. Путинцев говорил мне, что они не таких, как я, уламывали. Но так как я отрицал свою вину, Путинцев начал меня систематически избивать на допросах. Он бил меня по голове, по лицу, бил ногами. Однажды он меня так избил, что пошла из уха кровь. После таких избиений следователь направлял меня в карцер. Он угрожал уничтожить мою жену и детей, а меня осудить на 20 лет лагерей, если я не признаюсь…»

Проверкой показаний Турко было установлено, что с 26 августа по 29 октября 1949 года он вызывался на допросы 41 раз. Большинство вызовов происходило в ночное время, причем допросы длились до утра. Такой метод также служил целям физического и морального изматывания арестованного, т. к. согласно правилам тюремного режима заключенные не имеют права спать в дневное время. Первый протокол допроса Турко с «признанием», причем не записанный от руки, а отпечатанный на пишущей машинке, датирован 30 октября. В этом протоколе Турко признал себя виновным в антисоветской вражеской деятельности и дал показания против других лиц.

Нужно указать, что 27 октября Турко был заключен на 5 суток в карцер. Он был освобожден из карцера досрочно 29 октября, после того как согласился подписать требовавшиеся от него фальсифицированные показания.

Бывший следователь Путинцев на вопрос о причинах заключения Турко в карцер показал: «Признаю, что заключение в карцер Турко по указанию Комарова и Абакумова было с целью получения признательных показаний… Я признаю, что по делу Турко было допущено нарушение законности, применялись угрозы, я заявлял Турко, что вас могут избить». Все это делалось на основании прямых указаний Абакумова и Комарова.

Если Комаров заходил на допросы Турко, то он, безусловно, его избивал, ибо это было у него обычным правилом… Должен откровенно признать, что я лично сомневаюсь в обвинениях, предъявленных Турко и Закржевской. Но мы требовали такие показания в результате давления Абакумова».