Джованни поручает Эцио доставить письмо Лоренцо Медичи, тот вскрывает письмо и таким образом узнает о заговоре против герцога Галеаццо Сфорцы в Милане. Это не было упомянуто в игре, хотя подразумевалось, что событие имело место.

Возлюбленного Клаудии в книге зовут Дуччо Довици (а не Дуччо де Лука, как в игре).

Анетта много помогает Эцио в романе, тогда как в игре о ней не упоминается после посещения Эцио дома Паолы.

В книге нет ни единого намека на орлиное зрение.

Когда Эцио приходит в голубятню, чтобы получить записку отца, он замечает надписи на стене: «Кто умножает познания, умножает скорбь» и «Где же Пророк?». В игре эти надписи не упоминаются.

В игре отец и братья Аудиторе были казнены одновременно, в то время как в книге первым казнят Петруччо, затем Федерико и, наконец, Джованни. Также в игре, в отличие от книги, на эшафоте видны четыре петли, одна из которых предназначена для Эцио.

В отличие от игры, в книге Эцио выкрадывает тела своих родных и совершает над ними погребальный обряд, отправляя трупы в лодке вниз по течению Арно.

В книге упоминается о внутреннем дворе в мастерской Леонардо, где тот наблюдает за полетом птиц. В игре, когда Эцио приходит к художнику с просьбой починить скрытый клинок, в мастерской нет ни помощников, ни внутреннего двора.

В книге не рассказывается о святилище, оно появляется только в книге «Brotherhood» как путь к отступлению для жителей Монтериджони.

В игре после убийства Уберто Эцио должен снизить свою известность в городе, срывая плакаты и подкупая глашатаев. В книге он почти сразу же отправляется с семьей в Монтериджони.

В книге Бернардо Барончелли был повешен без участия Эцио, в то время как в игре Эцио сам находит его и убивает.

Вместо Альвизе в книге экскурсию по Венеции проводит Неро.

Мария и Клаудия Аудиторе после побега из Флоренции поселяются в монастыре недалеко от Монтериджони. В игре они остаются на вилле Марио.

В книге упоминается Роберто, пьяный капитан Вьери, и его разговор с Эцио, тогда как в игре Роберто отсутствует.

В романе сцена, где Эцио впервые встречает Катерину Сфорцу, немного отличается от сцены в игре.

В книге Эцио ехал в Форли на одной лошади с Леонардо и убил людей Борджиа. В игре Эцио ехал в фургоне Леонардо. Кроме того, у Леонардо были телохранители, которые сбежали, едва почуяв опасность.

В книге при посвящении Эцио в ассасины другие члены ордена одеты в характерные капюшоны, а в игре на них обычная одежда.

События эпизодов «Битва за Форли» и «Костер тщеславия» упоминаются в романе. Однако сами эти эпизоды являются дополнительно загружаемым контентом для игры.

Битва с Чекко Орси в романе описывается иначе.

Джироламо Савонарола, как говорится в книге, был казнен вместе с двумя другими людьми, Доменико и Сильвестро.

Не Эцио, а Никколо Макиавелли бросает нож, который обезоружил Савонаролу. В игре же Никколо бросит нож, только если игрок не нажмет кнопку подсказки во время заставки.

В книге Эцио в поисках Савонаролы едет в Венецию, где встречается с неким Вестником, приспешником Джироламо, и знакомится с Пьеро Медичи.

В книге Эцио застрелил Савонаролу из пистолета. В игре он рванулся вперед и ударил Савонаролу скрытым клинком.

Путешествие Эцио в Испанию и конфронтация с инквизиторами не были упомянуты в романе.

Во время разговора Эцио и Минервы в хранилище богиня не упоминает о Дезмонде или современных ассасинах. Тем не менее она говорит, что ее сообщение предназначено не для Эцио.