В середине апреля 1938 года, пригласив Пассова в свой кабинет, Ежов поинтересовался, как он смотрит на то, чтобы, в связи с предстоящей реорганизацией центрального аппарата, возглавить один из отделов ГУГБ. Поблагодарив за оказанное доверие, Пассов заявил, что вряд ли сможет соответствовать новой должности, так как даже обязанности заместителя начальника Контрразведывательного отдела не успел еще толком освоить, поскольку практически все служебное время приходится посвящать следственной работе.

Такое неверие в собственные силы Ежова, однако, не смутило, и несколько дней спустя он сообщил Пассову, что в самое ближайшее время тот будет назначен начальником Иностранного отдела и что, не дожидаясь этого, следует уже сейчас приступить к работе и начать знакомиться с местной спецификой.

Придя в отдел, Пассов первым делом стал разбираться с кадровым составом ИНО и был немало удивлен «ужасающей засоренности отдела вражескими элементами». Вот с чем, по его словам, ему пришлось тогда столкнуться:

Разобравшись с доставшимся ему наследством, Пассов проинформировал о своих открытиях Ежова и получил от него задание подвергнуть Иностранный отдел основательной чистке. Применительно к работе центрального аппарата, следовало прежде всего добиться, чтобы по крайней мере должности начальников отделений занимали люди, ничем себя не скомпрометировавшие. В отношении зарубежной сети указания Ежова сводились к тому, чтобы резидентуры, деятельность которых хорошо известна Сталину, по мере возможности сохранить, а работу остальных постепенно свернуть, поскольку большая часть их сотрудников наверняка уже перевербована местными спецслужбами.

Начинался новый этап в жизни Иностранного отдела, и теперь его старожилы имели все основания принять на свой счет слова, сказанные Ежовым на совещании руководящего состава НКВД 24 января 1938 года. Ежов тогда заявил:

«К каждому конкретно» в остальных подразделениях Главного управления государственной безопасности уже пригляделись и продолжали приглядываться, и лишь Иностранный отдел оставался островком относительной стабильности в окружающем его беспокойном море. Слуцкий как мог оберегал своих людей и «сдавал» их только в случае крайней необходимости, когда этого уже нельзя было избежать. Теперь работникам ИНО предстояло испить ту же чашу, что и их коллегам из других отделов. Основное отличие заключалось в том, что чистку в ИНО, учитывая специфику его работы, нужно было проводить намного деликатней, чтобы потенциальные жертвы из числа сотрудников зарубежных резидентур не смогли раньше времени догадаться о том, что их ожидает. Поэтому Пассову пришлось изрядно потрудиться, изобретая разнообразные и внешне достоверные причины отзыва работающих за границей чекистов. Так, сотрудники парижской резидентуры «Демиль» и «Длинный» получили приглашение приехать в Москву под предлогом предоставления им отпуска; резидентам в Бухаресте и Варшаве «Яну» и «Эрику» было указано, что они уже слишком долго работают за границей; представителей венской резидентуры отозвали со ссылкой на необходимость сокращения персонала советских учреждений в Австрии и т. д.

Поскольку вернувшиеся работники никем, как правило, не заменялись и никакие задания по новым вербовкам резидентуры не получали, работа заграничных разведывательных центров начала угасать. К концу лета 1938 года была фактически брошена на произвол судьбы или законсервирована агентура Иностранного отдела в Германии, Италии, Польше, Прибалтике и Скандинавии, в значительной степени свернута деятельность во Франции, Англии, США, Иране, Турции и ряде других стран. Прямым следствием такого положения стало, например, то, что в момент острейшего кризиса, связанного с подготовкой захвата немцами Чехословакии, Иностранный отдел не получил из Германии ни одного донесения, и сам, в свою очередь, на протяжении четырех месяцев не направлял руководству страны никаких информационных материалов. И хотя в дальнейшем отдел оправился от удара, нанесенного в 1938 г., последствия этого события сказались самым непосредственным образом на эффективности работы советской разведки накануне Великой Отечественной войны, до которой оставалось всего три года.