По тематике Брюсова библиотека выгодно выделяется из общего перечня.

В библиотеке Д. М. Голицына (1665–1737), сенатора, члена Верховного тайного совета, президента Камер-коллегии, ведавшей финансами, в основном представлена гуманитарная литература с уклоном в сторону юридических наук и политики.

У Р. К. Арескина (ум. 1718), личного лечащего врача царя Петра, заведовавшего Кунсткамерой, в основном была литература медицинская и биологическая при наличии значительного количества книг по истории и географии.

В личной библиотеке императора Петра Алексеевича книги в основном были по кораблестроению, морскому и военному делу, географии, истории, архитектуре, садово-парковому делу. Одним словом, всё, чем Петр активно занимался самостоятельно. При этом в его библиотеке, в отличие от коллекций Голицына, Арескина и Брюса, было представлено довольно много — 457 названий религиозного содержания.

Это в какой-то степени противоречит сложившейся точке зрения, которая в последние годы поддерживается даже представителями высших слоев нашего духовенства о негативном отношении Петра к православной церкви. Петр Великий был глубоко верующим человеком, знавшим наизусть Евангелие, изучавшим богослужебные и церковные книги, жития святых, апостолов и великомучеников. К сожалению, по отношению к Петру часто применяется термин «антихрист». Но, согласитесь, какой же антихрист будет строить православные каменные храмы, а в Москве в начале XVIII века их были возведены десятки, в том числе и спроектированные самим царем. Например, храм Святых апостолов Петра и Павла на Новой Басманной улице — в бывшей Капитанской слободе. Именно Петр первым из российских монархов ввел новую должность в армии — полкового священника и установил, что во время военного похода при разбивке лагеря первым делом должен был появиться храм в виде палатки, шалаша, чтобы солдаты и офицеры не остались без слова Божьего, без благословения и причастия вдали от родных мест и своих приходов. Никто из предшественников Петра даже и не думал об этом.

Еще одна особенность библиотеки Петра Великого: более половины — 858 книг — были книги на русском языке. Для сравнения: у Голицына большая часть книг были иностранные, у Арескина иностранных было 97 процентов, а у Брюса — 93,5 процента.

Согласитесь, это выглядит несколько необычно после обвинений Петра в приверженности ко всему иностранному и неуважении российских традиций. На самом деле Петр Алексеевич, проводя реформирование всех сфер жизни российского общества, прекрасно знал и уважал традиции и историю российского народа, его верования и менталитет. Иначе бы никакие реформы в стране не были осуществлены, а главное, они не имели бы продолжения. Как правильно отметил в своих «Беседах с Петром» известный писатель Даниил Гранин: «После смерти Петра никто не сбросил с себя европейского покроя одежду, не стал отращивать бороду, не отказался от достижений европейской цивилизации», значит, то, что делал царь-реформатор, действительно пришлось ко двору.

Другое дело, что в борьбе за сохранение и отстаивание традиций часто используются внешние факторы, влияющие не на сознание, а на эмоции людей, способные манипулировать массовым сознанием, словом, то, что так часто применяется в политике. Такие методы борьбы имеют цель создания негативного образа любого преобразователя или ученого. Так было с Николаем Коперником, Джордано Бруно, Галилео Галилеем… Так получилось с Петром I и, соответственно, с Яковом Брюсом, стоявшим у горнила преобразовательной деятельности царя-реформатора. Практически Брюс был едва ли не единственным из окружения Петра человеком, представлявшим суть его преобразовательной деятельности, а главное, видевшим направленность и острую необходимость этих преобразований.

Это в полной мере отражает состав библиотеки Якова Вилимовича, в которой действительно были книги по всем научным дисциплинам, к тому времени известным человечеству, поскольку это была библиотека ученого.

К сожалению, судьба библиотеки Брюса оказалась печальной.

Коллекция была перевезена в Санкт-Петербург. Причем у Тайдемана обнаруживалась недостача в вещах Брюса, в которой он не мог отчитаться, и, видимо, в таких размерах, что после смерти Тайдемана (8 июля 1742 года) Академия наук назначила запрет на продажу его вещей до тщательной проверки книг и ценностей особой комиссией. Таким образом, уже в самом начале был причинен значительный ущерб библиотеке, да и урон ее целостности. К сожалению, на этом злоключения культурного наследства Брюса не закончились.

Академия наук приняла решение по существующей традиции разделить прибывшие книги по отраслям знания, а обнаруженные дублеты передать в академическую книжную лавку для продажи. Так часть книг из собрания Брюса покинула стены Академической библиотеки. Это деление собрания Я. В. Брюса не было последним. В 1812 году, после пожара Москвы, часть дублетного фонда Академической библиотеки поступила в библиотеку Московского университета. До сих пор в ней хранится ряд книг с экслибрисом Я. В. Брюса из его библиотеки. Позже, в 1827 году, после пожара в Абосском университете и открытия нового университета в Хельсинки, два больших раздела по каталогу 1742 года (Камерному каталогу) — «Теология» и «Юриспруденция» — были подарены вновь открытому университету. Среди этих книг находились и издания, ранее принадлежавшие Я. В. Брюсу. В настоящее время они хранятся в библиотеке Хельсинкского университета. Там представлено около тридцати томов из библиотеки Брюса. Таким образом, книжные богатства, ранее принадлежавшие Я. В. Брюсу, оказались в нескольких местах.

В 1763 году императрица Екатерина II заинтересовалась коллекцией Брюса и заказала значившийся по описи «большой сверток российских книг, между которыми капитуляции и пункты взятых лифляндских городов, на немецком языке и разные письменные каталоги книг». Оказалось, однако, что они пропали вместе с двумя пачками книг и библиографическими записями Брюса, содержание которых не было раскрыто в описях. По этому поводу академический библиотекарь Тауберт ответил императрице, что свертка с книгами и бумагами он не нашел, «но как оный оценен только в 50 копеек, то кажется в нем куриозного не было». Что же касается библиографических записей Брюса, то они, оказывается, библиотекарями были оценены «только в 5 копеек» и, «яко негодные ни к какому употреблению, уничтожены». Екатерина не поверила Тауберту. На полях его объяснения она иронически написала: «Хто ж выкрал? У меня в конюшни отцепили и продали за тридцать Рублев английскую лошадь, которая стоит пятьсот Рублев, но учинено незнающими людьми». Позднее, на документе, посвященном проекту Петра I о прокладке канала между Петербургом и Москвой, она оставила характерную пометку: «Если сии планы в Академии, то и спрашивать их не для чего, понеже верно украдены».

В настоящее время в библиотеке Российской академии наук проводится скрупулезная и очень сложная работа по выявлению книг, принадлежавших Я. В. Брюсу. Руководителем и главным вдохновителем этих поисков много лет выступает старший научный сотрудник библиотеки РАН Елена Алексеевна Савельева, автор каталога «Библиотека Я. В. Брюса», изданного в 1989 году. В этом каталоге отмечено более восьмисот печатных и рукописных книг Якова Вилимовича, сохранившихся до настоящего времени. Часть из этих книг не попала в опись 1735 года.