Яков Брюс скончался в Глинках 19 (30) апреля 1735 года. В надгробной проповеди, прочитанной при его погребении 14 мая пастором Фрейнгольдом, указывалось, что прожил он 65 лет 11 месяцев и 18 дней, то есть не дожил до шестидесяти шести лет всего 12 дней. В то время возраст достаточно солидный. А учитывая то обстоятельство, что Брюс довольно сильно болел — практически всю жизнь его мучили приступы подагры, — можно сказать, что смерть его не была чем-то неординарным. Тем более в 1728 году скончалась его жена Маргарита (Марфа Андреевна) Мантейфель и он был в последние годы одинок. И все же можно с уверенностью говорить о неожиданности смерти Брюса. Поскольку есть эпизоды, показывающие, что у Брюса были планы, которым не суждено было сбыться.

Первое: находясь в начале февраля в Москве, он покупает дом в Мясницкой части (современный адрес — Мясницкая, 15) в дополнение к тому, что был подарен Брюсу в 1706 году. Видимо, он рассчитывал использовать это здание в своей дальнейшей деятельности. Второе: Брюс заключает договор с вдовой подьячего Стефанидой Васильевой о том, что возьмет в обучение на пять лет ее девятилетнего сына Диму и подготовит его к поступлению в учебное заведение. Договор подписан 4 февраля, то есть за 72 дня до смерти.

И, наконец, третье и, наверное, самое главное обстоятельство, показывающее, что смерть была неожиданной. Находясь в эти дни в Москве, Брюс отправляет в Санкт-Петербургскую академию наук два ящика с приборами и инструментами из своей личной коллекции. При этом предполагается, что им будет написано завещание о судьбе всего научного кабинета и библиотеки и это будет дар Академии наук. Однако след отосланных ящиков затерялся, их судьба до сих пор неизвестна и завещание так и не было написано. Хотя на протяжении многих десятилетий после смерти Брюса ошибочно утверждалось, что якобы Брюс завещал все свое научное наследие академии.

Эту коллекцию и библиотеку Брюс собирал всю свою жизнь. В отличие от многих коллекционеров Брюс, по мнению исследователя С. П. Луппова, выступает перед нами не как простой собиратель, а как ученый, который приобретает то, что ему надо для занятий. И коллекция, и библиотека отражают широту его интересов.

Валентин Босс подчеркивал, что библиотека Брюса составлялась с определенной целью. Прежде всего она отражает интересы физика, естествоиспытателя, астронома, математика и инженера, который по возвращении из Лондона встал во главе сложного движения интеллектуального и социального преобразования России, во время которого русская наука и русский язык начали приобретать свой современный характер. Брюс заложил основы для нового математического научного образования, чем, в свою очередь, была подготовлена почва для основания Петербургской академии наук (в которой он также должен был играть соответствующую роль). Вот почему коллекция книг, инструментов и редких вещей, которые он собирал долгие годы, является уникальной для Петровской эпохи.

Каталог библиотеки Брюса печатался в двух вариантах. Первый, неполный, в 1859 году с коротким и неточным вступлением И. Е. Забелина, где говорилось, что «Тайдеману дана была инструкция, согласно которой он должен был принять вещи и бережно доставить их в Петербург». Принимать и считать вещи академия назначала по «росписи, которая от профессора и секретаря посольства господина Гроса учинена была», вероятно, еще при жизни и по поручению самого графа Брюса, и в инструкции, между прочим, в третьем параграфе говорилось: «Если он (Тайдеман) между оставшимися имениями еще разные печатные книги, и как до истории, так и до прочих наук и знаний принадлежащие рукописные тетради, картины, рисунки, гравюры, инструменты, машины, сосуды старинной или нынешней работы, из какой бы оныя материи не были, также и возвышенной и резной работы, камней, старинные и новые резные монеты и медали, звери, инсекты, коренья и всякие руды найдет, которые в показанной росписи не объявлены, то и имеет он особливую роспись о том учинить и оные вещи к прочим приложить». В конце августа вещи были приняты, уложены и до отправки в Петербург перевезены из дома Брюса в пустой дом князя Юрия Долгорукова, что близ Мясницких Ворот. Здесь они оставались до зимнего пути, потому что осенью Тайдеман везти побоялся, чтобы не учинилось вреда и траты некоторым ломким вещам, каковы были инструменты и посуда. В ноябре их отправили на тридцати подводах и с конвоем для береженья.

Второй вариант был напечатан в 1889 году в пятом томе «Материалов Императорской Академии Наук».

После смерти Брюса в мае 1735 года временно ответственным за библиотеку стал граф Салтыков. 6 июня того же года он получил письменное указание от Кабинета министров «назначить исключительно квалифицированного человека» составить список книг библиотеки Брюса. В этом же письме сообщалось, что академия высылает «специального курьера», чтобы помочь классифицировать «все курьезные вещи» для Кунсткамеры. Но этот специальный курьер так и не прибыл. Салтыков поручил это задание своим знакомым Богдану Аладину и капитан-лейтенанту Гурьеву, которые совершенно не понимали всей сложности возложенной на них задачи.

Поэтому первоначальная опись проводилась не квалифицированно, по-дилетантски, лишь грамотная помощь нотариуса Христофора Тайдемана дала возможность судить о подлинном богатстве библиотеки. Вот как об этом пишет канадский ученый Валентин Босс: «Трудности возникали и по той причине, что книги были на многих иностранных языках — на 12 языках (если не считать и одну неопознанную книгу). Транскрибировались названия книг кириллицей, хотя русских книг было всего 34. Иногда транскрипция названий давалась фонетическая, а иногда делалась попытка перевести название книги. Каждый из четырех составителей каталога вносил свою долю профанации при работе над ним. Неспециалисты Богдан Аладин и капитан-лейтенант Гурьев начали работу первыми, и поэтому в списке шестисот томов библиотеки отсутствуют даты изданий. Христофор Тайдеман подошел к делу более добросовестно, и поэтому немецкие книги во второй половине описи обработаны наиболее полно». Можно добавить, что Академия наук получила не только книги из библиотеки Брюса, но и коллекцию редкостей и ценных вещей, которые Брюс собирал всю жизнь (картины, монеты, приборы, атрибуты восточных культов и многое другое).

Нотариус Христофор Тайдеман и писарь Иван Пухорт прибыли для составления каталога 31 июля. Окончательный вариант каталога насчитывал 98 листов машинописного текста, включал 1579 наименований книг и редких рукописей, географические курьезности, карты, образцы минералов и ботаники, а также астрономические и математические приборы. Этот каталог был действительно единственным документом такого рода в первой половине XVIII века. Каталог наглядно показывает не только широкий диапазон интересов Брюса во всей его полноте, но и пути, по которым учение Ньютона проникало в Россию и становилось научным достоянием.

Этот каталог оставался долгое время нерасшифрованным, частично по вине И. Е. Забелина, который описал только часть книжного собрания, а также по причине языковых несообразностей каталога. Но если бы такие ученые, как С. Е. Фель, Ю. X. Копелевич, В. Л. Ченакал, С. Л. Соболь, B. А. Воронцов-Вельяминов и другие, писавшие о Брюсе, даже знали, что каталог Забелина в 789 наименований является лишь частью значительно большего списка, то все равно они не смогли бы понять этот каталог, так как (отмечает C. Е. Фель) «названия книг не даются как текст, а в сильно сокращенном виде, дата издания не указывается, фамилия автора сообщается редко». Например, труды Ньютона, имевшиеся в собрании Брюса, упоминаются без имени автора и без года издания. Более бережно отнеслось академическое начальство к книгам на английском языке. Научные связи с Англией и в 1730-е годы были редки, да и английским языком в то время владело ограниченное число ученых Петербургской академии наук, поэтому английские книги были большой редкостью и сразу же попали в иностранный фонд библиотеки, где и находились в течение двух столетий. Собрание Якова Вилимовича хронологически охватывает конец XVII — первую четверть XVIII века. Сохраняя связи с Англией и после отставки, Брюс получал литературу до последних дней жизни. Он был единственным в России обладателем полного комплекта научного журнала «Философские труды», печатавшегося в Лондоне с 1666 года. Последний том этого журнала, имеющийся в собрании Брюса, датируется 1730 годом. Из книг, опубликованных в Англии в конце 20-х — начале 30-х годов XVIII века, в библиотеке были переводная книга Г. Бургаве «Элементы химии», «Искусство миниатюры» и «Школа рисунка», издания 1732–1733 годов, и многие другие. Даже художественную литературу Я. В. Брюс, по мнению Е. А. Савельевой, предпочитал иметь в своей библиотеке на английском языке. Примером служат «Басни» Эзопа и «Дон Кихот» Сервантеса.