В конце августа у берега под Тулвоя была обнаружена русская дрейфующая мина 13-й модели. Это единственное сообщение о применении мин русскими.

Зима 1942/43 г. снова использовалась для того, чтобы отремонтировать корабли и снова организовать флотилию. Новым командиром стал капитан 1 ранга Х. Зёдерхольм. Охранная флотилия была разделена на дивизион канонерских лодок и разведывательный дивизион. Кроме того, был еще дивизион тральщиков, насчитывавший 10 катеров, ремонтная рота, а также озерная транспортная рота, лоцманская рота и рота озерной полиции.

После схода льда в конце апреля — начале мая начались первые операции. Советская Онежская военная флотилия, по данным допросов военнопленных, состояла теперь из 13 вооруженных пароходов, 6 моторных канонерских лодок и некоторого количества вооруженных буксиров.

В 1943 году советские ВВС тоже вели активные действия. Так, 24 мая 1943 г. восточнее Ялкалахти 9 самолетов атаковали «РМ 201» и лихтер «Р 1026». Малый буксир подбил один самолет и повредил один.

31 мая советский буксир буксировал две моторные канонерские лодки перед финскими позициями у Химйоки и Руоппаоя. После того как канонерские лодки обстреляли в течение определенного времени финские позиции, буксир снова увел их. Вскоре после этого их атаковала финская авиация, потопившая буксир восточнее Зоксу.

Налет советской авиации на порт Кархумяки нанес небольшие потери.

По железной дороге на Онежское озеро были доставлены дополнительные катера, чтобы поддерживать находившееся там соединение кораблей на требовавшемся уровне, поскольку значительная часть финских кораблей постоянно находилась в ремонте.

4-я рота морской полиции и подразделения 4-й озерной саперной роты были высажены на Лимосаари и Суисаари, чтобы не допустить высадки партизан.

В начале июля советские корабли обстреляли деревню Стелики, а 8 июля две советские моторные канонерские лодки выпустили 35 снарядов по финскому буксиру и парому у Каскесоя, но не попали.

12 сентября 1943 г. финская флотилия покинула Соксу, взяв курс на Лимосаари, чтобы потом идти на Реску. «Кархумяки» со скоростью 7 узлов вел на буксире «Контупохья» и «VTV 1». При полной луне флотилия у Луостариниеми на дальности 10 кабельтовых заметила две советские канонерские лодки, которые после короткого безрезультатного огневого боя скрылись.

Пробная финская минная постановка 7 июля 1943 г. прошла успешно. Но траление в 5 милях к западу от Гарницы не дало никаких результатов.

14 сентября 1943 г. три советские моторные канонерские лодки из «сталинских органов» обстреляли 406-ю легкую батарею. Одновременно с этим в другом месте были замечены 9 канонерских лодок и «Морской охотник».

В результате ложной тревоги вся охранная флотилия 23 сентября 1943 г. приготовилась к бою у Рески, но ничего не произошло.

Во время атаки русских самолетов 14 ноября 1943 г. у Тулвоя был потоплен катер «LA 102», при этом погиб его рулевой.

К особенностям этого театра военных действий относится то, что финские конвои два раза встречались с русскими. Буксируемые лихтеры бросать было нельзя, и огневой бой между медленно шедшими конвоями ни финнам, ни русским не казался привлекательным. Так и прошли оба неохраняемых конвоя на расстоянии всего 15 кабельтовых мимо друг друга без единого выстрела, и только когда они вышли к прибрежным водам, береговые батареи открыли безрезультатный огонь.

Канонерская лодка «Кархумяки» зимой 1943/44 г. использовалась в качестве опорного пункта на острове Шардонский, а канонерская лодка «Контупохья» выполняла ту же роль у Суисаари.

26 февраля 1944 г. в результате диверсии полностью сгорела столярная мастерская «легкого дивизиона», поэтому моторные катера ремонтировать стало невозможно.

900-тонный лихтер «Р 1063», севший на мель у Сиикакоски на Свири, был подожжен русским патрулем и уничтожен.

В остальном финская озерная флотилия во время относительно мягкой зимы 1943/44 г. снова была реорганизована. 25 мая 1944 г. буксир «Лаури» и паром «Р 1072» по пути из Кархумяки в Сунку два раза были атакованы советскими истребителями «МиГ». «Лаури» подбил один самолет, но и сам был поврежден. Буксир «Кульмус» 4 июня 1944 г. у Ваасени был атакован 12 самолетами и получил легкие повреждения.

В июне 1944 г. финская сторона уже обдумывала, как своевременно эвакуировать личный состав и вооружение с Онежского озера. Одновременно велись наблюдения, как советские корабли проводят учебные стрельбы по мишеням, хотя недостатка в настоящих целях не было.

3-й батальон 5-го пехотного полка был перевезен 8 июня 1944 г. из Суурлахти в Каило на 4 буксирах, 4 лихтерах и 1 катере. Канонерская лодка «Кархумяки», истребители 2-го авиационного полка и финские береговые батареи обеспечивали прохождение конвоя. По-видимому, три советские канонерские лодки, совершавшие набег на Руоппаоя, конвой не заметили.

С 16 июня 1944 г. финны начали отправлять в Финляндию зимнее снаряжение, важнейшие материалы и малые суда. На Свири к этому времени движение судов прекратилось. Часть 14-й морской транспортной роты 18 июня эвакуировала Вознесенье, и суда беспрепятственно дошли до Петрозаводска.

Каллио было обстреляно 20 июня 100 выстрелами с советской канонерской лодки «Морской охотник» и нескольких бронекатеров с дистанции 11 000 м. 21 июня финны эвакуировали Лимосаари, уничтожив все навигационные знаки, обозначивавшие фарватеры. При этом в результате советского налета на буксире «Аарно» погибли 2 человека.

В это время финские команды начали затапливать свои корабли. Деревянные суда были сожжены 24 июня 1944 г. в Лоисаари, корпуса моторных катеров после демонтажа моторов разбивались, а металлические корабли затапливались между Уусисельке и Луккосаари на глубине 21 метр путем открытия кингстонов и подрывов носовой части корпуса. Все материальные средства, не представлявшие необходимости для ведения боевых действий, финны из-за недостатка железнодорожных вагонов не смогли вывезти из Петрозаводска и затопили в портовой бухте. К 23 июня 1944 г. на плаву оставались только канонерская лодка «Контупохья», два буксира, один пассажирский пароход, несколько мотоботов, которые вывезли последних 25 человек с внешних островов. «VTV 1» по железной дороге был отправлен в Финляндию.

В 04.00 27 июня 1944 г. финны эвакуировали по озеру последнее прикрытие из Луккосаари, в 11.00 затопили последние корабли в порту Уусисельке и оставили Петрозаводск. Несколькими часами позже советская Онежская флотилия пришла в разрушенный порт города, чем и закончилась война на Онежском озере.

Оценивая действия сил на Онежском озере, можно сказать, что финнам, благодаря их организационным способностям и предприимчивости, удалось в 1943–1944 гг. без серьезных помех обеспечить перевозки и снабжать армию вдоль западного побережья озера. За время войны на Онежском озере ни советские корабли, ни финские воруженные буксиры и пароходы не провели каких-либо боев, заслуживающих внимания. При этом необходимо отметить, что финны имели, соответственно, только один военный корабль «VTV 1», а русские — 10–20 бронекатеров. Тем не менее и русские ограничились безрезультатными обстрелами побережья. Активно действовала и советская авиация, которая достигла некоторых успехов.