Вследствие этого в августе 1880 г. по рекомендации генерала Лорис-Меликова Третье Отделение было вообще ликвидировано и заменено центральной политической полицией, сперва именовавшейся Департаментом государственной полиции, а с 1883 г. — просто Департаментом Полиции. Административно новое ведомство входило в состав Министерства Внутренних Дел, которое отныне стало главным стражем государственной безопасности в России. Список обязанностей нового Департамента был замечательно обширен. Департамент должен был печься об охране общественной безопасности и порядка и пресечении государственных преступлений. В дополнение к сему на него возлагалась ответственность за охрану государственной границы, выдачу паспортов, надзор за проживающими в России иностранцами и евреями, а также кабаками, противопожарными инструментами и взрывчатыми веществами. Он также имел широкие полномочия «по утверждению уставов разных обществ и клубов и разрешению публичных лекций, чтений, выставок и съездов.» [Свод Законов Российской Империи, т. I, ч. I. кн. V. СПб… 1892, стр. 10. Статья 362]. Департамент был разбит на несколько отделов, один из которых занимался «тайными» делами, т. е. политическим сыском. Под началом Департамента находились три жандармские дивизии со штабами в Санкт-Петербурге, Москве и Варшаве, а также целый ряд специализированных подразделений. Штат его оставался небольшим: в 1895 г. Департамент Полиции имел 161 постоянного служащего, а численность жандармского корпуса продолжала составлять менее 10 тыс. человек. В 1883 г., однако, полиция, насчитывавшая около 100 тыс. чинов, получила приказ всячески содействовать жандармерии, что резко увеличило личный состав последней. Министр Внутренних Дел был по должности шефом жандармов, но в действительности руководство ими осуществлял один из его заместителей, именовавшийся Директором Департамента Полиции и Командиром Корпуса жандармов. 9 июня 1881 г. был издан приказ, по которому жандармерия выходила из-под начала губернаторов и генерал-губернаторов и должна была подчиняться исключительно шефу полиции. Эта мера ставила жандармский корпус вне обычного административного аппарата и давала ему возможность жить по своим собственным законам. Департамент Полиции и Корпус жандармов продолжали заниматься исключительно политическими преступлениями, и когда их члены нападали на след уголовного правонарушения, они передавали дело полиции. Раз в год шеф жандармов представлял императору отчет о кампаниях, проведенных его ведомством против подрывных элементов, читавшийся, как военная сводка.

Чтобы облечь своевластные действия Департамента Полиции в покровы законности, Министр Внутренних Дел ввел в его состав особый «Судебный отдел». Этот орган занимался юридической стороной дел, попадавших в сферу деятельности Министерства Внутренних Дел, т. е. преступлений, наказуемых на основании политических статей Уложения о наказаниях и не передававшихся в обычные суды, а также совершенных в нарушение многочисленных чрезвычайных и временных законов, изданных в те годы.

В 1898 г., когда после многих лет затишья вновь появились признаки оживления политической жизни и возникло опасение возобновления терроризма, «тайный» отдел Департамента Полиции образовал «Особое отделение» сверхсекретный орган, который должен был служить нервным центром кампании против подрывных элементов. Это отделение вело непрерывную слежку за революционерами в России и за границей и устраивало хитроумные провокации для их выявления. Штаб-квартира отделения располагалась на четвертом этаже дома № 16 на Фонтанке и охранялась с большой строгостью; доступ в него имели только сотрудники.

В связи с «Временными Правилами» (о которых ниже, стр. #398-#400) 14 августа 1881 г., правительство упорядочило статус охранных отделений (или, сокращенно, охранок), образованных в 1870-х гг.; они также боролись с революционерами, причем делали это на довольно высоком профессиональном уровне. Формально являясь частью жандармского корпуса, они, видимо, действовали совершенно самостоятельно.

У Департамента Полиции было несколько заграничных отделений, главное из которых находилось в русском посольстве в Париже; в их задачу входила слежка за русскими эмигрантами. Местные полицейские власти нередко оказывали этим заграничным филиалам содействие из политических симпатий или корысти.

Хорошо продуманная и весьма гибкая система политической полиции, созданная в России в начале 1880-х гг., была уникальна в двух отношениях. До Первой мировой войны ни в одной другой стране мира не было двух видов полиции: одной для защиты государства, а другой — для защиты его граждан. Только страна с глубоко укоренившейся вотчинной психологией могла додуматься до такой двухъярусной системы. Во-вторых, в отличие от других стран, где полиция действовала как орудие закона и обязана была передавать арестованных судебным властям, единственно в царской России полицейские органы были свободны от этой обязанности. С 1881 г. там, где речь шла о политических преступлениях, жандармский корпус не подлежал судебному надзору; контроль за его деятельностью носил бюрократический, внутриведомственный характер. Члены его имели право производить обыски, заключать граждан в тюрьму и подвергать их ссылке своей собственной властью, без санкции прокурора. В 1880-х годах весь обширный набор преступлений, считавшихся политическими, стал в основном караться административными мерами, которые принимались органами безопасности. Эти две черты делают полицейские учреждения позднего периода царской России предтечами и, через посредство соответствующих коммунистических институтов, прототипами всех органов политической полиции двадцатого века.

В своих ответных мерах на террор правительство Александра II не ограничилось репрессиями. В его административных сферах имелся ряд высокопоставленных чиновников, достаточно дальновидных для понимания того, что репрессии, не сопровождаемые какими-то конструктивными мероприятиями, окажутся бесплодными, а может быть, и пагубными.

Не один раз в царствование Александра серьезно обдумывали проекты реформ, представленные правительственными чиновниками или влиятельными общественными деятелями. Эти проекты ставили себе целью в различной степени и разными способами привлечь к выработке политических решений тех, кого в то время звали «благонадежными» членами общества. Одни призывали к расширению Государственного Совета за счет включения в него выборных представителей; другие — предлагали созыв совещательных органов типа земских соборов Московской Руси; третьи — рекомендовали проведение реформы местного управления, которая бы расширила компетенцию земств и предоставила дворянам-землевладельцам дополнительную возможность участия в общественной деятельности. Надеялись, что подобные меры смогут изолировать крошечные группки террористов и вызвать к злоключениям правительства сочувствие образованного общества, в котором до сих пор наталкивались на равнодушие, перемешанное со злорадством. Среди выступавших за подобные меры чиновников были Министр Внутренних Дел П. А. Валуев, военный министр Д. А. Милютин и генерал Лорис-Меликов, получивший в последний год царствования Александра II диктаторские полномочия. Сам император относился к этим предложениям не без благосклонности, но не спешил с их проведением, так как столкнулся с сильным противоборством со стороны рядовых чиновников, равно как и своего сына и престолонаследника — будущего Александра III. Революционеры невольно содействовали этому консервативному крылу; всякий раз, когда они совершали очередное покушение на жизнь царя или убивали какого-нибудь высокопоставленного чиновника, противники политических реформ получали возможность настаивать на еще более строгих полицейских мерах и дальнейшем откладывании коренных преобразований. Будь они даже на жалованьи у полиции, террористы не могли бы лучше преуспеть в предотвращении политических реформ.